alien_hunter - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

alien_hunter - زخارف النظام المتغير المحرف لتعريف أفقيًا
اكتسب الحمض النووي

موجز

صياد أجنبي [مزيد من الخيارات]

الوصف

Alien_hunter هو تطبيق للتنبؤ بنقل الجينات الأفقي المفترض
(HGT) مع تنفيذ زخارف الطلبات المتغيرة (IVOMs). ان
يستغل نهج IVOM التحيزات التركيبية باستخدام توزيعات عزر الترتيب المتغير و
يلتقط بشكل أكثر موثوقية التركيب المحلي للتسلسل مقارنة بالترتيب الثابت
طُرق. اختياريًا ، يمكن تحليل التنبؤات إلى حالة ماركوف المخفية من الدرجة الثانية
نموذج (HMM) ، في إطار عمل اكتشاف نقطة التغيير ، لتحسين توطين ملف
حدود المناطق المتوقعة. يمكن أن تكون التنبؤات (تنسيق embl) تلقائيًا
تحميلها في عارض جينوم Artemis متاح مجانًا على:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

الإدخال: تسلسل الجينوم الخام التنبؤ: مناطق HGT بناءً على ترتيب متغير محرف
حجج الزخارف (IVOMs):


تسلسل الجينوم الخام


اسم الملف لبيانات الإخراج

وسيطات اختيارية:

-a لتحميل ملف التنبؤ في Artemis

-c تحسين الحدود المتوقعة مع كشف نقطة التغيير 2 الحالة الثانية HMM

ملفات الإخراج:


التنبؤات (ملف علامة التبويب) بتنسيق embl

.يختار، يقرر
تنبؤات محسّنة (HMM) (ملف علامة تبويب) بتنسيق embl

.حبكة
يتم تحميل التنبؤات بتنسيق Artemis User Plot يدويًا باستخدام الرسم البياني -> إضافة
مؤامرة المستخدم ...

.opt.plot
تنبؤات (HMM) المحسنة بتنسيق Artemis User Plot ليتم تحميلها يدويًا باستخدام
رسم بياني -> إضافة مخطط مستخدم ...

.sco
الدرجات على جميع النوافذ المنزلقة - لفحص توزيع النقاط

ملاحظة: التنبؤات التي تتداخل مع عامل rRNA مذكورة في مؤهل الملاحظة

استخدم alien_hunter عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net