bp_revtrans-motifp - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

bp_revtrans-motif - ترجمة عكسية لمخطط بروتيني شبيه بـ Profam

VERSION

نسخة 0.01

موجز

من ملف:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

باستخدام الأنابيب:

bp_revtrans-motif.pl <motifs.txt> output.txt

الاستخدام التفاعلي في موجه الأوامر:

$ bp_revtrans-motif.pl
مايئيل [VIKP]
1. أتجكنجكنججاراريتنفهن
[^ P] H (IW) {2,3،XNUMX}
2. NDNCAY (ATHTGG) {2,3،XNUMX}

الوصف

يأخذ هذا البرنامج النصي شكلاً بروتينيًا كمدخل ويعيد قليل النوكليوتيد المنحل
التسلسل المقابل لها. السبب الرئيسي للقيام بذلك هو التصميم المتدهور
الاشعال التي تضخم نمط تسلسل معين.

يتكون شكل الإدخال من سلسلة من المخلفات المكونة من حرف واحد ، مع أي مما يلي
العناصر النحوية:

[...] : موقف زائدة عن الحاجة.
موضع يُسمح فيه بأكثر من بقايا. مثال:

[TS] YW [RKSD]
^ ^ ^ ^ ^

[^ ...] : موقف سلبي.
موضع يُسمح فيه بأي بقايا ، ويتم حفظها بين قوسين. مثال:

[^ PW] MK [LAE]
^^

(...) {ن ، م ، ...} : عزر متكرر.
فكرة تتكرر n or m مرات. يمكن أن تحتوي على أي من القواعد النحوية السابقة
عناصر. مثال:

ا [SN] ج (TXX) {2,4,8،XNUMX،XNUMX}
^^^

الأحرف المسموح بها هي تلك التي تتوافق مع الأحماض الأمينية الطبيعية العشرين ، بالإضافة إلى:

ب = N + د
Z = Q + E.
X = الكل

OPTIONS

-i ملف الإدخال:
ملف مع قائمة الزخارف لعكس الترجمة.

-h
اعرض رسالة المساعدة هذه.

استخدم bp_revtrans-motifp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net