cleanasn - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

التنظيف - تنظيف المخالفات في كائنات NCBI ASN.1

موجز

ينظف [-] [-A اسم الملف] [-C شارع] [-D شارع] [-F شارع] [-K شارع] [-L اسم الملف] [-M اسم الملف]
[-N شارع] [-P شارع] [-Q شارع] [-R] [-S شارع] [-T] [-U شارع] [-V شارع] [-X شارع] [-Z شارع] [-a شارع]
[-b] [-c] [-d شارع] [-f شارع] [-i اسم الملف] [-j اسم الملف] [-k اسم الملف] [-m شارع] [-n مسار]
[-o اسم الملف] [-p مسار] [-q مسار] [-r مسار] [-v مسار] [-x تحويلة]

الوصف

ينظف هو برنامج فائدة لتنظيف المخالفات في كائنات NCBI ASN.1.

OPTIONS

يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.

- طباعة رسالة الاستخدام

-A اسم الملف
ملف قائمة الانضمام

-C شارع عمليات التسلسل ، حسب الأعلام في شارع:
ج ضغط
د فك الضغط
v الفجوات الافتراضية داخل تسلسل مجزأ
s تحويل مجموعة مجزأة إلى تسلسل دلتا

-D شارع تنظيف واصفات ، حسب الأعلام في شارع:
t إزالة العنوان
c إزالة التعليق
n إزالة عنوان مجموعة Nuc-Prot
e قم بإزالة عنوان Pop / Phy / Mut / Eco Set
م إزالة عنوان mRNA
p إزالة عنوان البروتين

-F شارع تنظيف الميزات ، حسب الأعلام في شارع:
u إزالة كائنات المستخدم
د إزالة db_xrefs
ه إزالة /شهادة و /الإستنباط
r إزالة xrefs الجينات الزائدة عن الحاجة
فيوز ميزات مكررة
ك منطقة ترميز الحزمة أو ميزات الأجزاء
z حذف أو تحديث أرقام EC

-K شارع قم بإجراء تنظيف عام ، حسب الأعلام الموجودة في شارع:
(ب) BasicSeqEntryCleanup
p C ++ BasicCleanup (عبر أداة خارجية)
برنامج SeriousSeqEntryCleanup
ز GpipeSeqEntryCleanup
n تطبيع ترتيب واصف
u إزالة كائنات مستخدم NcbiCleanup
ج تزامن الشفرات الجينية
د إعادة مزامنة أجزاء CDS
م إعادة مزامنة أجزاء mRNA
ر إعادة مزامنة أجزاء الببتيد
أ ضبط لصق الإجماع
أقوم بالترقية إلى "أسوأ" التسلسل ID

-L اسم الملف
ملف تسجيل

-M اسم الملف
ملف ماكرو

-N شارع تنظيف الروابط ، حسب الأعلام في شارع:
o ربط CDS mRNA عن طريق التداخل
p ربط CDS mRNA حسب المنتج
r إعادة تعيين معرفات الميزات
f إصلاح معرّفات الميزة المتبادلة المفقودة
ج مسح معرفات الميزات

-P خيارات النشر:
(أ) قم بإزالة كافة المنشورات
s إزالة الرقم التسلسلي
f إزالة الشكل والترقيم والاسم
r إزالة الملاحظة
u تحديث منشور PMID فقط
# استبدال غير المنشورة بميد

-Q شارع أبلغ عن:
ج عدد السجلات
r تقرير ASN.1 BSEC
تقرير s ASN.1 SSEC
n NORM مقابل تقرير SSEC
e تقرير PopPhyMutEco AutoDef
o تقرير التداخل
ل فرق خطوط الطول والعرض البلاد
د سجل الاختلافات SSEC
g GenBank SSEC فرق
و asn2gb / asn2flat فرق
ح فرق Seg-to-delta GenBank
v المدقق SSEC فرق
م تحديث الجين / RNA / PCR
u بحث حانة غير منشور
ع بحث منشور في حانة
ي تقرير دفتر يومية غير مفهرس
x فحص مخصص

-R الجلب عن بعد من المعرف (قواعد بيانات تسلسل NCBI)

-S شارع مرشح الفروق الانتقائي (تخطي الأحرف الكبيرة)
ق SSEC
(ب) منظمة التعاون الاقتصادي في منطقة البحر الأسود
مؤلف
ع المنشور
ل الموقع
ص RNA
q ترتيب فرز المؤهل
كتلة Genbank ز
ك حزمة CdRegion أو ميزات أجزاء
م نقل النشر
o اترك منشور Bioseq مكررًا
د خط تعريف تلقائي
خط تعريف مجموعة Pop / Phy / Mut / Eco

-T بحث التصنيف

-U شارع التحديث حسب الأعلام في شارع:
ج الجينات
ص RNA
ف PCR الاشعال

-V شارع إزالة الميزات حسب خطورة المدقق:
ص رفض
هـ خطأ
w تحذير
ط معلومات

-X شارع خيارات متنوعة لكل شارع:
د خط تعريف تلقائي
خط تعريف مجموعة Pop / Phy / Mut / Eco
n إنشاء عنوان NC
m إنشاء عناوين NM
x عناوين XM خاصة
ع عناوين البروتين مثيل
ج إنشاء mRNAs لتسلسل الترميز
f إصلاح معرّف البروتين المتبادل / معرّف النسخ

-Z شارع قم بإزالة كائن المستخدم المشار إليه

-a شارع نوع ASN.1
أ أي (افتراضي)
تسلسل الدخول
ب بيوزك
s Bioseq- مجموعة
م تسلسل تقديم
t معالجة مجمعة [سلسلة]

-b الإدخال ASN.1 هو ثنائي

-c تم ضغط الإدخال ASN.1

-d شارع قاعدة بيانات المصدر
أ أي (افتراضي)
ز بنك الجينات
ه EMBL
د DDBJ
ب EMBL أو DDBJ
ص المرجع
ن NCBI
v متواليات مجزأة فقط
w استبعاد التسلسلات المجزأة
x استثناء EMBL / DDBJ
y استبعاد gbcon و gbest و gbgss و gbhtg و gbpat و gbsts

-f شارع مرشح السلسلة الفرعية

-i اسم الملف
ملف الإدخال الفردي (الافتراضي إلى stdin)

-j اسم الملف
اسم الملف الأول

-k اسم الملف
اسم الملف الأخير

-m شارع وضع Flatfile:
الإصدار
ه انتريز
ق الترتر
د تفريغ

-n مسار
asn2flat قابل للتنفيذ (الافتراضي هو / netopt / ncbi_tools / bin / asn2flat)

-o اسم الملف
ملف الإخراج الفردي (الافتراضي إلى stdout)

-p مسار
معالجة جميع الملفات المطابقة بتنسيق مسار

-q مسار
ffdiff قابل للتنفيذ (الافتراضي هو / netopt / genbank / subtool / bin / ffdiff)

-r مسار
مسار النتائج

-v مسار
أسنفال قابل للتنفيذ (الافتراضي هو / netopt / ncbi_tools / bin / asnval)

-x تحويلة لاحقة اختيار الملف للاستخدام مع -p (الافتراضي إلى .ent)

استخدم Cleanasn عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net