مرشح دلتا - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

مرشح دلتا - قراءة ملف محاذاة دلتا من nucmer أو promer وتصفية ملف
المحاذاة

موجز

مرشح دلتا [خيارات]

الوصف

-1 محاذاة 1 إلى 1 تسمح بإعادة الترتيب (تقاطع -r و -q المحاذاة)

-g المحاذاة العالمية 1 إلى 1 لا تسمح بإعادة الترتيب

-h عرض معلومات التعليمات

-i الطفو
قم بتعيين الحد الأدنى لهوية المحاذاة [0، 100]، الافتراضي 0

-l int قم بتعيين الحد الأدنى لطول المحاذاة، الافتراضي 0

-m محاذاة متعدد إلى متعدد مما يسمح بإعادة الترتيب (اتحاد -r و -q المحاذاة)

-q يقوم بتعيين كل موضع لكل استعلام إلى أفضل نتيجة له ​​في المرجع، مما يسمح بذلك
تداخلات مرجعية

-r يقوم بتعيين كل موضع لكل مرجع إلى أفضل نتيجة له ​​في الاستعلام، مما يسمح بذلك
تداخل الاستعلام

-u تعويم تعيين الحد الأدنى من تفرد المحاذاة، أي في المئة من

مطابقة المحاذاة للمرجع الفريد وتسلسل الاستعلام [0، 100]، الافتراضي 0

-o الطفو
قم بتعيين الحد الأقصى لتداخل المحاذاة لـ -r و -q الخيارات كنسبة مئوية من
طول المحاذاة [0، 100]، الافتراضي 100

-v قم بطباعة المحاذاة المهملة بدلاً من تلك التي تمرر عوامل التصفية

-b ازدواجية الخرائط (XOR of -r و -q المحاذاة، واحدة أو أخرى ولكن ليس كليهما)

يقرأ ملف محاذاة دلتا من nucmer أو promer ويقوم بتصفية المحاذاة بناءً على ذلك
على مفاتيح سطر الأوامر، مع ترك فقط المحاذاة المطلوبة التي يتم الإخراج إليها
stdout بنفس تنسيق دلتا مثل الإدخال. بالنسبة للمفاتيح المتعددة، ترتيب العمليات
هو كما يلي: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. إذا تم استبعاد المحاذاة بواسطة سابقة
العملية، سيتم تجاهلها من قبل العمليات اللاحقة.

فرق مهم بين -g الخيار و -1 و -m الخيارات هي ذلك -g
يتطلب أن تكون المحاذاة متسقة بشكل متبادل في ترتيبها، في حين أن -1 و -m
لا يشترط أن تكون الخيارات متسقة بشكل متبادل وبالتالي تتسامح مع عمليات النقل،
الانقلابات، وما إلى ذلك. في الحالات العامة، -m الخيار هو الخيار الأفضل، ولكن -1 يمكن أن يكون
مفيد للتطبيقات مثل العثور على SNP والتي تتطلب تعيين 1 إلى 1. وأخيرا ل
تعيين contigs الاستعلام، أو قراءات التسلسل، إلى الجينوم المرجعي، واستخدام -q.
النسخ المطبوعة مع -b الخيار -r و -q محاذاة غير موجودة في
محاذاة 1 إلى 1. هذه المحاذاة هي أيضًا الفرق بين -1 و -m
المحاذاة

استخدم عامل تصفية دلتا عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net