هذا هو أمر fastaq-filter الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
fastaq_filter - تصفية التسلسلات للحصول على مجموعة فرعية منها
الوصف
الاستخدام: fastaq_filter [خيارات]
يقوم بتصفية ملف التسلسل حسب طول التسلسل و/أو حسب الاسم الذي يطابق التعبير العادي
الموضعية الحجج:
infile اسم ملف الإدخال المراد تصفيته
ملف
اسم ملف الإخراج
اختياري الحجج:
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج
--طول دقيقة INT
الحد الأدنى لطول التسلسل الذي يجب الاحتفاظ به [0]
--الحد الاقصى للطول INT
الحد الأقصى لطول التسلسل الذي يجب الاحتفاظ به [inf]
- ريجكس ريجكس
إذا تم تقديمه، فسيتم الاحتفاظ فقط بالقراءات التي تحمل اسمًا مطابقًا للتعبير العادي
--ids_file اسم الملف
إذا تم تقديمه، فسيتم استخدام القراءات التي يوجد معرفها في الملف المحدد فقط. معرف واحد لكل سطر من
ملف.
-v, --عكس
احتفظ فقط بالتسلسلات التي لا تتطابق مع المرشحات
متة ملف For اقرأ أزواج الخيارات:
--mate_in اسم الملف
اسم ملف الإدخال للزملاء. إذا استخدمت، يجب أن توفر أيضا --mate_out
--mate_out اسم الملف
اسم ملف الإخراج الزملاء
--both_mate_pass
افتراضيًا، إذا مرر أي من الشريكين عامل التصفية، فسيقوم كلاهما بقراءة الإخراج. استخدم هذه العلامة ل
تتطلب أن تقوم كلا القراءتين للزوج بتمرير المرشح
استخدم fastaq-filter عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net