اتصال مجاني - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

freecontact - توقع سريع للاتصال بالبروتين

موجز

اتصال مجاني [خيار]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] <align.aln> جهات الاتصال.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' <align.fa | com.freecontact
--parprof evfold > Contacts.out

الاتصال المجاني --علي =ALIFILE --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --الكثافة=NUM --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --gapth=NUM --icme-timeout=NUM - تنسيق الإدخال =[مسطحة|xml]
--mincontsep=NUM - تنسيق الإخراج =[ايفولد|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-weight=NUM --رو=NUM - الخيوط =NUM --veczw=BOOL

اتصال مجاني - مساعدة - تصحيح - هادئ - الإصدار

الوصف

FreeContact عبارة عن أداة تنبؤ ببقايا البروتين تم تحسينها من أجل السرعة. يمكن الاتصال المجاني
تعمل كنقطة وصول سريعة لتنبؤات الاتصال المنشورة EVfold-mfDCA لـ
س. ماركس وآخرون. (2011) [1]، وPSICOV من D. جونز وآخرون. (2011) [2].

يتم تسريع FreeContact من خلال مجموعة من تعليمات المتجهات وخيوط متعددة و
تنفيذ أسرع للأجزاء الرئيسية. اعتمادًا على المحاذاة، يمكن زيادة السرعة بمقدار 8 أضعاف أو أعلى
ممكنة.

مطلوب محاذاة كبيرة بما فيه الكفاية للحصول على نتائج ذات مغزى. كحد أدنى، أ
محاذاة مع تسلسل فعال (بعد الترجيح) أكبر من طول
ينبغي استخدام تسلسل الاستعلام. محاذاة مع عشرات الآلاف من التسلسلات (الفعالة).
تعتبر مدخلات جيدة.

آلة ثقب(1) أو com.hhblits(1) يمكن استخدامها لإنشاء المحاذاة، على سبيل المثال.

[1] بلوس واحد. 2011؛6(١٢):هـ٢٨٧٦٦. دوى: 12/journal.pone.28766. النشر الإلكتروني 10.1371، 0028766 ديسمبر.
هيكل البروتين ثلاثي الأبعاد محسوب من تباين التسلسل التطوري. ماركس دي إس، كولويل إل جي،
شيريدان آر، هوبف تا، باجناني أ، زيكتشينا آر، ساندر سي.

[2] المعلوماتية الحيوية. 2012 يناير 15؛28(2):184-90. Epub 2011، 17 نوفمبر. PSICOV: دقيق
التنبؤ بالتلامس الهيكلي باستخدام تقدير التغاير العكسي المتناثر على المضاعفات الكبيرة
محاذاة التسلسل. جونز دي تي، بوشان دي دبليو، كوزيتو دي، بونتيل إم.

إدخال
التنسيقات التالية مدعومة:

مسطحة
يتم استخدام تنسيق ملف الإدخال البسيط التالي:

# بداية الاستعلام = 5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
تسلسل الاستعلام بدون فجوة أو إدراجات
-محاذاة---التسلسل--مع-الفجوات-----
محاذاة أخرى-----------تسلسل

خطوط الرأس "#" اختيارية. يتم استخدام خطوط الرأس لحساب بقايا الاتصال
الأرقام والبحث عن بقايا الاستعلام الخاصة بتنسيقات إخراج معينة.

إذا لم يتم تعريف أي استعلام، فسيتم استخدام التسلسل الأول في المحاذاة كاستعلام
تسلسل. يجب ألا يحتوي تسلسل الاستعلام على فجوات في المحاذاة.

يجب أن تكون كافة صفوف المحاذاة بنفس الطول، ويمكن أن تحتوي فقط على
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. تم تعيين [B] إلى [D]، وتم تعيين [Z] إلى [E]، و[JOUX]
تم تعيينه إلى [X]. [X] يطابق نفسه فقط للبرنامج بأكمله.

يمكن تحويل محاذاة إدخال A2M إلى التنسيق أعلاه باستخدام
/usr/share/freecontact/a2m2aln. يمكن استخدام a2m2aln لتوصيل المحاذاة مباشرة
في الاتصال الحر.

XML وثيقة XML مع واحدhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
العنصر، المحدد في مخطط FreeContact [4] المشتق من BioXSD [5].

على سبيل المثال: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

الناتج
يتم استخدام تنسيق إخراج EVfold-mfDCA أو PSICOV الأصلي بشكل افتراضي عند الحاجة إلى ذلك
تم تحديد ملف تعريف المعلمة.

evfold (EVfold-mfDCA)
5 ك 6 ل 0.332129 3.59798
| | | | | + درجة الاتصال المعيارية المصححة (CN).
| | | | + درجة المعلومات المتبادلة (MI).
| | | + اتصل برمز بقايا الأحماض الأمينية
| | + رقم بقايا الاتصال
| + اتصل برمز بقايا الأحماض الأمينية
+ رقم بقايا الاتصال

يتم فرز جهات الاتصال على رقم البقايا.

pfrmat_rr (بسيكوف)
تنسيق توقع فصل البقايا عن البقايا (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + درجة الاتصال
| | +-+ النطاق [Å] لمسافة Cb-Cb المتوقعة للزوج المتبقي
| | (C-ألفا للجليكينات)
| | هذين الحقلين ثابتان في الإخراج.
| + رقم بقايا الاتصال
+ رقم بقايا الاتصال

يتم فرز جهات الاتصال على النتيجة، تنازليا.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

com.bioxsd
وثيقة XML مع واحدhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
العنصر، المحدد في مخطط FreeContact [4] المشتق من BioXSD [5].

على سبيل المثال: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

ملحوظة: نظرًا لأن BioXSD قيد التطوير النشط بالتعاون مع FreeContact، فإن
قد يكون مخطط FreeContact مشتقًا بالفعل من إصدار غير متوفر بعد في [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

قد لا يسرد الإخراج جميع جهات الاتصال الممكنة.

المراجع

مُقَدَّم. FreeContact: تنبؤ سريع ومجاني بالاتصال المباشر بالبقايا.
كاجان إل، سوستيك ما، ماركس دي إس، هوبف تا، كالاس إم، روست بي.

OPTIONS

-a [ --threads ] arg
المواضيع للاستخدام [0-). 0 يعني ما يصل إلى النوى.

--apply-gapth arg
عندما يكون صحيحًا، استبعد الأعمدة والصفوف المتبقية ذات تردد الفجوة الموزونة > --gapth
من مصفوفة التغاير [منطقية].

-c [ --clustpc ] arg
نسبة تجمعات BLOSUM [0-100].

--cov20 ar
إذا كان هذا صحيحًا، فاترك حمضًا أمينيًا واحدًا خارج مصفوفة التغاير، مما يجعله غير محدد بشكل زائد
[منطقية].

-d [ --الكثافة ] arg
كثافة مصفوفة الدقة المستهدفة [0-1]. تعيين 0 لعدم التحكم في الكثافة.

--Debug
قم بتشغيل التصحيح.

--estimate-ivcov arg
استخدم تقدير مصفوفة التغاير العكسي بدلاً من انعكاس المصفوفة [منطقي].

-f [ --علي ] أرج (=-)
ملف المحاذاة [المسار]. إذا كان '-'، الإدخال القياسي. تقصير: '-'.

-g [ --gapth ] arg
عتبة تردد الفجوة المرجحة (0-1).

-ح [ -- مساعدة ]
أنتج رسالة المساعدة هذه.

-i [ --input-format ] arg (=مسطح)
تنسيق الإدخال [مسطح|xml].

--icme-timeout arg (= 1800)
مهلة تقدير مصفوفة التغاير العكسي بالثواني [0-). تطبق على كل نسخة
اتصل بشكل مستقل. في حالة انتهاء المهلة، يخرج البرنامج بالحالة 2.

--mincontsep arg
الحد الأدنى من فصل زوج بقايا الاتصال بالتسلسل الوارد في الأحماض الأمينية مثل
(جي>=أرج). 1 للبقايا المجاورة. [1-).

-o [-تنسيق الإخراج] arg
تنسيق الإخراج [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=افتراضي)
ملف تعريف المعلمة (اختياري) [افتراضي|evfold|psicov]. الملف الشخصي الافتراضي هو evfold.

يمكن استخدام وسيطات سطر الأوامر لتجاوز قيم ملف التعريف.

evfold
مشغلات وضع التوافق EVfold-mfDCA [1].

بسيكوف
مشغلات وضع التوافق PSICOV [2].

بسيكوف-SD
مشغلات PSICOV [2] الوضع الافتراضي المعقول: rho الافتراضي الثابت، لا يوجد تحكم في الكثافة.

-w [ --pscount-weight ] arg
الوزن الزائف [0-1].

-p [ --pseudocnt ] arg
العد الزائف [0-).

--بيب
طباعة المعلمات الفعالة على الخطأ القياسي. استخدم هذا الخيار لمعرفة المعلمات
com.freecontact(١) تقدم بالتفصيل. وهذا مفيد بشكل خاص عندما --parprof
يتم استخدام الخيار مع خيارات أخرى.

--رو أرج
القيمة الأولية لمعلمة تنظيم Glasso [0-). إذا كانت سلبية، اختر القيمة
تلقائيا.

--وسيطة هادئة (=0)
لا تطبع سوى رسائل الخطأ عند الخطأ القياسي. لا يؤثر --Debug.

--veczw ar
استخدم ترجيح التسلسل المتجه عندما يكون متاحًا [منطقي].

--الإصدار
النسخة المطبوعة.

EXIT الوضع

0 لا خطأ - النجاح.

1 خطأ غير محدد.

2 مهلة (انظر --icme-timeout) حدث.

أمثلة

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' |
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

الملاحظات

للحصول على الأداء الأمثل، استخدم برنامج الجبر الخطي المضبوط تلقائيًا (ATLAS)
مكتبة جمعت on ال آلة حيث يتم تشغيل الاتصال المجاني.

استخدم الاتصال المجاني عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net