هذا هو الأمر fuzznuce الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
fuzznuc - البحث عن أنماط في متواليات النوكليوتيدات
موجز
com.fuzznuc -تسلسل seqall -نمط النمط -إطراء منطقية -ملف تقرير
com.fuzznuc -مساعدة
الوصف
com.fuzznuc هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). وهي جزء من مجموعة (مجموعات) القيادة "النووية: الدوافع".
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل seqall
-نمط النمط
يتم استخدام رموز IUPAC القياسية المكونة من حرف واحد للنيوكليوتيدات. الرمز "n"
يستخدم لموقف يتم فيه قبول أي نوكليوتيد. يشار إلى الغموض بواسطة
سرد النيوكليوتيدات المقبولة لموضع معين ، بين قوسين مربعين '[
] '. على سبيل المثال: يرمز [ACG] إلى A أو C أو G. كما يشار إلى الغموض بالرمز
سرد بين قوسين معقوفين "{}" النيوكليوتيدات غير المقبولة
في موقع معين. على سبيل المثال: يرمز {AG} إلى أي نيوكليوتيدات باستثناء A و G.
عنصر في نمط مفصول عن جاره بواسطة "-". (اختياري في fuzznuc).
يمكن الإشارة إلى تكرار عنصر من النمط باتباع هذا العنصر
بقيمة عددية أو نطاق رقمي بين قوسين. أمثلة: N(3)
يتوافق مع NNN ، N (2,4،XNUMX) يتوافق مع NN أو NNN أو NNNN. عندما يكون النمط
يقتصر على نهاية التسلسل 5 أو 3 ، فإن هذا النمط إما يبدأ بـ a
رمز "<" أو على التوالي ينتهي برمز ">". فترة تنتهي النمط.
(اختياري في fuzznuc). على سبيل المثال ، [CG] (5) TG {A} N (1,5،XNUMX) C.
متقدم قسم
-إطراء منطقية
القيمة الافتراضية: N
الناتج قسم
-ملف تقرير
استخدم fuzznuce عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net