هذا هو الأمر gmod_gff3_preprocessor.plp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
$0 - يقوم بإعداد ملف GFF3 للتحميل المجمع في قاعدة بيانات Chado.
موجز
% gmod_gff_preprocessor [خيارات] --gfffile
سطر الأوامر OPTIONS
--gfffile الملف الذي يحتوي على GFF3 (اختياري ، يمكن قراءته
من stdin)
--outfile اسم النواة الذي سيتم استخدامه لتسمية ملفات النتائج
--splitfile قم بتقسيم الملفات إلى أجزاء أكثر قابلية للإدارة ، مما يوفر
حجة للسيطرة على الانقسام
--onlysplit قم بتقسيم الملفات ثم قم بإنهائها (على سبيل المثال، لا تقم بالفرز)
--nosplit لا تقم بتقسيم الملفات (أي الفرز فقط)
--hasrefseq قم بتعيين هذا إذا كان الملف يحتوي على سطر تسلسل مرجعي
(مطلوب فقط في حالة عدم تقسيم الملفات)
--dbprofile حدد اسم ملف تعريف gmod.conf (خلاف ذلك استخدم الافتراضي)
--inheritance_tiers كم عدد مستويات الميراث التي تتوقعها من ملف tis
لديك (الافتراضي: 3)
الوصف
Splitfile - سيؤدي تعيين هذه العلامة إلى 1 فقط إلى تقسيم الملف حسب المرجع
تسلسل. إذا قدمت وسيطة اختيارية، فسيتم تقسيمها أيضًا وفقًا لـ
هذه القواعد:
source = 1 يقوم بتقسيم الملفات وفقًا للقيمة الموجودة في العمود المصدر
source = a، b، c يضع سطورًا بمصادر تطابق (عبر تعبير عادي)
"أ" أو "ب" أو "ج" في ملف منفصل
type=a,b,c يضع أسطرًا تحتوي على أنواع تطابق "a" أو "b" أو "c" في
ملف منفصل
على سبيل المثال ، إذا أردت إدخال جميع نتائج التحليل في ملف منفصل ، فأنت
يمكن أن يشير إلى "--splitfile type=match"، وجميع cDNA_match وEST_match و
ستنتقل ميزات cross_genome_match إلى ملفات منفصلة (منفصلة حسب التسلسل المرجعي).
inheritence_tiers - عدد مستويات وراثة هذا الملف. على سبيل المثال، إذا
يحتوي الملف على جينات "العقيدة المركزية" (gene/mRNA/ exon، polypeptide)، ثم يحتوي على 3.
إلى 4 مدعوم ولكن كلما زاد الرقم ، كان أداؤه أبطأ. إذا لم تفعل ذلك
أعلم أن الرقم 3 هو تخمين معقول.
فاستا تسلسل
إذا كان ملف GFF3 يحتوي على تسلسل FASTA في النهاية، فسيتم وضع التسلسل في ملف
ملف منفصل بالملحق ".fasta". يمكن تحميل ملف fasta هذا بشكل منفصل بعد ذلك
يتم تحميل ملفات GFF3 المقسمة و/أو المصنفة باستخدام الأمر:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
استخدم gmod_gff3_preprocessor.plp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net