gmx-tcaf - عبر الإنترنت في السحابة

هذا هو الأمر gmx-tcaf الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت

برنامج:

اسم


gmx-tcaf - حساب لزوجة السوائل

موجز


جي إم إكس تي كاف [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-لا [<.xvg>]] [-وا [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-من [<.xvg>]]
[-أوك [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [- [لا] مول] [-[لا]ك34]
[-وزن ] [-تقلب ] [- [لا] تطبيع] [-P ]
[- فيتفن ] [-البدء ] [-نظافه ]

الوصف


GMX com.tcaf يحسب الارتباطات الذاتية الحالية العرضية. وتستخدم هذه لتقدير
لزوجة القص، إيتا. لمزيد من التفاصيل انظر: بالمر، فيز. القس ه 49 (1994) ص 359-366.

يتم حساب التيارات المستعرضة باستخدام المتجهات k (1,0,0،2,0,0،XNUMX) و (XNUMX،XNUMX،XNUMX) لكل منهما أيضًا
ال y- و z-الاتجاه، (1,1,0،1،1,0) و (2،-XNUMX،XNUMX) أيضًا في المستويين الآخرين (هذه
المتجهات ليست مستقلة) و (1,1,1،3،XNUMX) والأقطار الثلاثة الأخرى (أيضًا ليست كذلك
مستقل). لكل متجه k يتم استخدام الجيب وجيب التمام، بالاشتراك مع
السرعة في اتجاهين متعامدين. وهذا يعطي إجمالي 2*16*2=2 عرضيًا
التيارات. يتم حساب ارتباط تلقائي واحد لكل ناقل k، مما يعطي 16
TCAFs. تم تجهيز كل من TCAFs هذه بـ f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)))، v = -t/(2
tau)، W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2)، والذي يعطي 16 قيمة لـ tau وeta. القياس
تتحلل الأوزان بشكل كبير مع ثابت الوقت w (يعطى مع -وزن) مثل exp(-t/w)، و
يتم حساب TCAF والملاءمة حتى وقت 5*w. ينبغي تركيب قيم إيتا على 1 - أ
eta(k) k^2، والتي يمكن من خلالها تقدير لزوجة القص عند k=0.

عندما يكون الصندوق مكعبا، يمكن للمرء استخدام الخيار -أوك، والذي يبلغ متوسط ​​TCAFs على الإطلاق
ناقلات k بنفس الطول. وهذا يؤدي إلى TCAFs أكثر دقة. كلا مكعب
تتم كتابة TCAFs والنوبات ل -أوك تتم كتابة تقديرات إيتا المكعبة أيضًا -ov.

مع خيار -مول، يتم تحديد التيار العرضي للجزيئات بدلاً من الذرات. في
في هذه الحالة، يجب أن تتكون المجموعة الفهرسية من أرقام الجزيئات بدلاً من أرقام الذرات.

اللزوجة التي تعتمد على k في -ov يجب أن يكون الملف ملائمًا لـ eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
للحصول على اللزوجة عند الطول الموجي اللانهائي.

ملحوظة: تأكد من كتابة الإحداثيات والسرعات بشكل كافٍ. الأولي،
غير الأسي، جزء من وظيفة الارتباط التلقائي مهم جدًا للحصول على أ
لياقه جيده.

OPTIONS


خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.trr / .cpt / ...>] (تراج.trr)
مسار الدقة الكاملة: مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (اختياري)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-لا [<.xvg>] (transcur.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-وا [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr / xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr / xmgr

-من [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr / xmgr

-أوك [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr / xmgr

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

- [لا] مول (لا)
حساب TCAF من الجزيئات

-[لا]ك34 (لا)
استخدم أيضًا k=(3,0,0) وk=(4,0,0)

-وزن (5)
وقت الاضمحلال الأسي لأوزان TCAF المناسبة

-تقلب (-1)
طول ACF ، الافتراضي هو نصف عدد الإطارات

- [لا] تطبيع (نعم)
تطبيع ACF

-P (0)
ترتيب متعدد الحدود Legendre لـ ACF (0 يشير إلى لا شيء): 0 ، 1 ، 2 ، 3

- فيتفن (لا يوجد)
وظيفة مناسبة: لا شيء ، إكسب ، أكسب ، إكسب_كسب ، إكسب 5 ، إكسب 7 ، إكسب 9

-البدء (0)
حان الوقت لبدء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط

-نظافه (-1)
الوقت الذي يتم فيه إنهاء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط ، -1 حتى
النهاية

استخدم gmx-tcaf عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net



أحدث برامج Linux و Windows عبر الإنترنت