هذا هو الأمر gmx-trjorder الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-trjorder - ترتيب الجزيئات حسب المسافة التي تفصلها عن المجموعة
موجز
طلب جي ام اكس [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-نشل [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-xvg ] [خلق ]
[-da ] [-[لا كوم] [-r ] [- [لا] ض]
الوصف
GMX com.trjorder يرتب الجزيئات وفقًا لأصغر مسافة للذرات في المرجع
المجموعة أو على إحداثي z (مع الخيار -z). مع الطلب عن بعد، سوف يطلب منك أ
مجموعة من الذرات المرجعية ومجموعة من الجزيئات. لكل إطار من المسار
سيتم إعادة ترتيب الجزيئات المحددة وفقًا لأقصر مسافة بين الذرة
عدد -da في الجزيء وجميع الذرات في المجموعة المرجعية. مركز الكتلة
يمكن استخدام الجزيئات بدلاً من الذرة المرجعية عن طريق الإعداد -da إلى 0. جميع الذرات الموجودة
تتم كتابة المسار إلى مسار الإخراج.
GMX com.trjorder يمكن أن يكون مفيدًا على سبيل المثال تحليل المياه n الأقرب إلى البروتين. في هذا
في حالة تكون المجموعة المرجعية هي البروتين ومجموعة الجزيئات
جميع ذرات الماء. عندما يتم إنشاء مجموعة فهرس من المياه n الأولى، فإن الأمر
يمكن استخدام المسار مع أي برنامج GROMACS لتحليل المياه الأقرب.
إذا كان ملف الإخراج هو .pdb سيتم تخزين المسافة إلى الهدف المرجعي في الملف
حقل العامل B من أجل التلوين باستخدام Rasmol على سبيل المثال.
مع خيار -نشل عدد الجزيئات داخل غلاف نصف القطر -r حول
تتم طباعة المجموعة المرجعية.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk
-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (أمر.xtc) (اختياري)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
-نشل [<.xvg>] (nshell.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
خلق (3)
عدد الذرات في الجزيء
-da (1)
الذرة المستخدمة لحساب المسافة، 0 هو COM
-[لا كوم (لا)
استخدم المسافة إلى مركز كتلة المجموعة المرجعية
-r (0)
القطع المستخدم لحساب المسافة عند حساب عدد الجزيئات الموجودة
قذيفة حول على سبيل المثال البروتين
- [لا] ض (لا)
ترتيب الجزيئات على الإحداثي z
استخدم gmx-trjorder عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net