gt-ltrharvest - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gt-ltrharvest - توقع الينقولات العكسية LTR.

موجز

gt لتر الحصاد [خيار ...] -فهرس

الوصف

-فهرس [سلسلة]
تحديد اسم فهرس مصفوفة اللاحقة المحسنة (إلزامي) (افتراضي: غير محدد)

-نطاق [بداية النهاية]
حدد النطاق في تسلسل (تسلسلات) الإدخال التي يتم البحث فيها عن أزواج LTR (افتراضي:
[0..0])

-بذرة [قيمنا]
حدد الحد الأدنى لطول البذور للتكرارات الدقيقة (الافتراضي: 30)

-مينلتر [قيمنا]
حدد الحد الأدنى للطول لكل حرف LTR (الافتراضي: 100)

-ماكسلينلتر [قيمنا]
حدد أقصى طول لكل حرف LTR (الافتراضي: 1000)

-مذهل [قيمنا]
تحديد الحد الأدنى للمسافة لمواضع بدء LTR (الافتراضي: 1000)

-maxdistltr [قيمنا]
تحديد أقصى مسافة لأوضاع بداية LTR (الافتراضي: 15000)

-مشابه [قيمنا]
تحديد حد التشابه في النطاق [1..100٪] (الافتراضي: 85.000000)

-نعناع [قيمنا]
حدد الحد الأدنى للطول لكل TSD (الافتراضي: 4)

-maxtsd [قيمنا]
حدد الحد الأقصى للطول لكل TSD (الافتراضي: 20)

-عنصر [سلسلة]
حدد 2 نيوكليوتيدات بداية الفكرة + 2 نيوكليوتيدات فكرة داخلية: ** (افتراضي: غير محدد)

- الدافع [قيمنا]
حدد الحد الأقصى لعدد حالات عدم التطابق في الشكل [0,3،4] (افتراضي: XNUMX)

-فيك [قيمنا]
حدد عدد النيوكليوتيدات (إلى اليسار واليمين) التي سيتم البحث عنها
لـ TSDs و / أو الزخارف حول حدود 5 'و 3' من الينقولات العكسية المتوقعة LTR
(افتراضي: 60)

-تراكب [ ]
حدد لا | أفضل | الكل (الافتراضي: الأفضل)

-xdrop [قيمنا]
حدد xdropbelowscore لمحاذاة الامتداد (افتراضي: 5)

-حصيرة [قيمنا]
تحديد نتيجة المطابقة لمحاذاة الامتداد (افتراضي: 2)

-سوء [قيمنا]
تحديد عدم تطابق لمحاذاة الامتداد (افتراضي: -2)

-ins [قيمنا]
تحديد نقطة الإدراج لمحاذاة الامتداد (الافتراضي: -3)

-ديل [قيمنا]
تحديد نقاط الحذف لمحاذاة الامتداد (الافتراضي: -3)

-v [نعم | لا]
الوضع المطول (الافتراضي: لا)

-تابوت [نعم | لا]
إظهار قديم الإخراج المجدول بدلاً من GFF3 على stdout (الافتراضي: نعم)

الصقيع [نعم | لا]
استخدم أوصاف التسلسل بدلاً من الأرقام التسلسلية في إخراج GFF3 (الافتراضي: لا)

-md5 [نعم | لا]
إضافة تجزئات MD5 إلى seqids في إخراج GFF3 (افتراضي: لا)

-طويلة الإخراج [نعم | لا]
عزر إضافي / خرج TSD (افتراضي: لا)

-خارج [سلسلة]
حدد FASTA outputfilename (الافتراضي: غير محدد)

- روتيني [سلسلة]
حدد FASTA outputfilename للمناطق الداخلية (الافتراضي: غير محدد)

-gff3 [سلسلة]
حدد GFF3 outputfilename (الافتراضي: غير محدد)

-عوض [قيمنا]
تمت إضافة الإزاحة إلى إحداثيات GFF3 (الافتراضي: 0)

-مسح [نعم | لا]
امسح الفهرس بالتسلسل بدلاً من تعيينه في الذاكرة بالكامل (افتراضي: نعم)

-مساعدة
عرض المساعدة للخيارات الأساسية والخروج

-مساعدة +
عرض المساعدة لجميع الخيارات والخروج

-الإصدار
عرض معلومات الإصدار والخروج

ADDITIONAL معلومات

للحصول على معلومات مفصلة ، يرجى الرجوع إلى دليل ltrharvest.

التبليغ بق

إبلاغ عن الأخطاء إلىgt-users@genometools.org>.

استخدم gt-ltrharvest عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net