hhsearch - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

hhsearch - ابحث في قاعدة بيانات HMMs مع محاذاة استعلام أو استعلام HMM

موجز

com.hhsearch -i سؤال -d قاعدة بيانات [الخيارات]

الوصف

HHsearch الإصدار 2.0.16 (يناير 2013) ابحث في قاعدة بيانات HMMs مع محاذاة استعلام أو
الاستعلام HMM (C) Johannes Soeding ، Michael Remmert ، Andreas Biegert ، Andreas Hauser Soding ،
الكشف عن تجانس البروتين بمقارنة HMM-HMM. المعلوماتية الحيوية 21: 951-960 (2005).

-i
إدخال / استعلام محاذاة تسلسل متعدد (a2m ، a3m ، FASTA) أو HMM

-d
قاعدة بيانات HMM من HMMs المتسلسلة بتنسيق hhm أو HMMER أو a3m ، أو ، إذا كان الملف به
extension pal ، قائمة بأسماء ملفات HMM ، واحد لكل سطر. متعددة dbs أو HMMs أو pal
الملفات مع -d " ... "

قد يكون "stdin" أو "stdout" طوال الوقت.

الناتج الخيارات:
-o
كتابة النتائج في تنسيق قياسي إلى ملف (افتراضي = )

عفا
اكتب محاذاة زوجية للمطابقات الهامة بتنسيق FASTA المماثل لـ
الإخراج بتنسيق a3m و a2m و psi (على سبيل المثال -أو 3 م)

-وا 3 م
اكتب MSA للمطابقات المهمة بتنسيق a3m بشكل مماثل للإخراج في a2m ، psi ،
وتنسيق hhm (على سبيل المثال -أهم)

-e [0,1]
قطع القيمة الإلكترونية للإدراج في محاذاة متعددة (def = 0.001)

-seq
الأعلى. عدد تسلسلات الاستعلام / القالب المعروضة (def = 1) احذر من الفائض! الجميع
يتم تخزين هذه التسلسلات في الذاكرة.

-سلبيات إظهار تسلسل الإجماع كتسلسل رئيسي للاستعلام MSA

-المقابس
لا تظهر تسلسل الإجماع في المحاذاة (افتراضي = إظهار)

نوبريد
لا تظهر الهيكل الثاني المتوقع في المحاذاة (افتراضي = إظهار)

-nodssp
لا تُظهر بنية DSSP الثانية في المحاذاة (افتراضي = إظهار)

-ssconf
إظهار الثقة للهيكل الثاني المتوقع في المحاذاة

-p
الحد الأدنى من الاحتمالية في قائمة الملخص والمحاذاة (معرف = 20)

-E
الحد الأقصى للقيمة الإلكترونية في قائمة الملخص والمحاذاة (معرف = 1E + 06)

-Z
الحد الأقصى لعدد الأسطر في قائمة النتائج الموجزة (عريف = 500)

-z
الحد الأدنى لعدد الأسطر في قائمة النتائج الموجزة (التعريف = 10)

-B
الحد الأقصى لعدد المحاذاة في قائمة المحاذاة (معرف = 500)

-b
الحد الأدنى لعدد المحاذاة في قائمة المحاذاة (معرف = 10)

-اليو [40، .. [
عدد الأعمدة لكل سطر في قائمة المحاذاة (معرف = 80)

-دبسترلين
أقصى طول لسلسلة قاعدة البيانات ليتم طباعتها في ملف hhr

تصفية الاستعلام محاذاة تسلسل متعدد

-هوية شخصية [0,100،90] الحد الأقصى لمعرف التسلسل الزوجي (٪) (معرف = XNUMX)

-الفرق [0، inf [
قم بتصفية MSA عن طريق اختيار مجموعة متنوعة من التسلسلات ، مع الاحتفاظ بهذا العدد على الأقل
المتسلسلة في كل كتلة MSA بطول 50 (def = 100)

-كوف [0,100،0] الحد الأدنى من التغطية مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)

-قم [0,100،0] الحد الأدنى من هوية التسلسل مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)

-QSC [0,100،20.0] الحد الأدنى من الدرجات لكل عمود مع الاستعلام (معرف = -XNUMX)

-نف [1، inf]
التنوع المستهدف للمحاذاة (افتراضي = إيقاف)

إدخال اكتساب شكل:
-M a2m استخدم A2M / A3M (افتراضي): الأحرف الكبيرة = مطابقة ؛ أحرف صغيرة = إدراج ؛ '-' = حذف ؛ "." =
الفجوات المحاذاة للإدخالات (يمكن حذفها)

-M أول
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها بقايا في التسلسل الأول هي حالات مطابقة

-M [0,100]
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها فجوات أقل من X٪ هي حالات مطابقة

-العلامات لا تحيد علامات His- و C-myc و FLAG وتسلسل التعرف على التربسين إلى
توزيع الخلفية

هممم-هم اكتساب الخيارات:
-Norealign
لا تقم بإعادة محاذاة النتائج المعروضة باستخدام خوارزمية MAC (def = إعادة التنظيم)

-تأثير [0,1،XNUMX [
حد الاحتمال الخلفي لإعادة محاذاة MAC (عريف = 0.350) ضوابط المعلمات
جشع المحاذاة: 0: عالمي> 0.1: محلي

الكرة/ -loc
استخدام وضع المحاذاة العالمية / المحلية للبحث / الترتيب (def = local)

- بديل
تظهر على هذا العديد من المحاذاة البديلة الهامة (تعريف = 2)

-فيت استخدم خوارزمية Viterbi للبحث / الترتيب (افتراضي)

-ماك استخدام خوارزمية الدقة القصوى (MAC) للبحث / الترتيب

-إلى الأمام
استخدام الاحتمال الامامي للبحث

-غير شامل
استبعاد مواضع الاستعلام من المحاذاة ، على سبيل المثال "1-33,97،168-XNUMX"

-تحول [-1,1،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX]
تعويض النتيجة (def = -0.03)

-كور [0,1]
وزن المصطلح للارتباطات الزوجية (def = 0.10)

-SC درجة الأحماض الأمينية (tja: template HMM في العمود j) (def = 1)

0 = مجموع log2 (tja * qia / pa) (pa: aa background Frequencies)

1 = log2 Sum (tja * qia / pqa) (pqa = 1/2 * (pa + ta))

2 = مجموع log2 (tja * qia / ta) (ta: av. aa freqs في القالب)

3 = مجموع log2 (tja * qia / qa) (qa: av. aa freqs في الاستعلام)

5 ـ تصحيح تكوين الأحماض الأمينية المحلية

-سم {0 ، .. ، 4}
0: no ss الذي يسجل 1,2،2: ss بعد أو أثناء المحاذاة [افتراضي = 3,4] XNUMX،XNUMX: ss
التهديف بعد أو أثناء المحاذاة ، المتوقعة مقابل المتوقعة

-ssw [0,1،0.11] وزن درجة SS مقارنة بدرجة العمود (معرف = XNUMX)

-سا [0,1،1] مصفوفة الاستبدال SS = (XNUMX-ssa) * I + ssa * مصفوفة استبدال SS كاملة
[def = 1.00)

فجوة التكلفة الخيارات:
جاب [0، inf [
الانتقال المختلط العد الزائف (def = 1.00)

-Gapd [0، inf [
الانتقال إلى إضافة العد الزائف للفجوة المفتوحة (الافتراضي = 0.15)

-تثاءب [0,1.5]
الانتقال مضافات العد الزائفة لتمديد الفجوة (def = 1.00)

-جابف ] 0 ، inf]
عامل لزيادة / تقليل الفجوة المفتوحة للعقوبة للحذف (def = 0.60)

-جابج ] 0 ، inf]
عامل لزيادة / تقليل الفجوة المفتوحة للعقوبة للإدخالات (عيوب = 0.60)

-غف ] 0 ، inf]
عامل لزيادة / تقليل الفجوة تمديد العقوبة للحذف (def = 0.60)

-جابي ] 0 ، inf]
عامل لزيادة / تقليل الفجوة تمديد العقوبة للإدخالات (عيوب = 0.60)

-egq [0، inf [جزاء (بت) للفجوات النهائية المتوافقة مع مخلفات الاستعلام (def = 0.00)

-الفصل [0 ، inf [جزاء (بت) للفجوات النهائية المحاذاة مع بقايا القالب (def = 0.00)

العد الكاذب (الكمبيوتر) الخيارات:
-بسم {0 ، .. ، 3}
اعتماد الموضع على مزيج الكمبيوتر الشخصي "تاو" (وضع الكمبيوتر ، الافتراضي = 2) 0: لا يوجد عدد زائف:
tau = 0 1: ثابت tau = a 2: يعتمد على التنوع: tau = a / (1 +
((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: عدد المتسلسلات الفعالة في MSA المحلي حول العمود i)
3: التعددية الزائفة للتنوع المستمر

-PCA [0,1،1.0] خليط العد الكاذب العام (def = XNUMX)

-ثنائي الفينيل متعدد الكلور [1 ، INF [قيمة عتبة Neff لـ -بسم 2 (def = 1.5)

-pcc [0,3،XNUMX] الأس الانقراض ج لـ -بسم 2 (def = 1.0)

سياق محدد التهم الزائفة:
-nocontxt
استخدام مصفوفة الاستبدال بدلاً من الأعداد الزائفة الخاصة بالسياق

-الاتصال ملف سياق لحساب الأعداد الزائفة الخاصة بالسياق
(افتراضي =. / data / Context_data.lib)

-cslib
ملف حالة العمود للترشيح المسبق لقاعدة البيانات السريعة (افتراضي =. / data / cs219.lib)

-csw [0، inf] وزن الموضع المركزي في وضع العد الكاذب cs (def = 1.6)

-CSB [0,1،0.9] معلمة تناقص الوزن للوظائف في وضع الكمبيوتر cs (def = XNUMX)

أخرى الخيارات:
-وحدة المعالجة المركزية
عدد وحدات المعالجة المركزية (CPUs) المراد استخدامها (للذاكرة المشتركة SMPs) (افتراضي = 1)

-v
الوضع المطول: 0: بدون خرج شاشة 1: تحذيرات فقط 2: مطول

- ماكسريس
الحد الأقصى لعدد أعمدة HMM (معرف = 15002)

-الأقوى [1 ، inf [الحد الأقصى للذاكرة المتوفرة بالجيجابايت (def = 3.0)

-درجات كتابة الدرجات لجميع المقارنات الزوجية للملف

-هدوء {0، ..، 3} معايرة درجة تجريبية لـ 0: استعلام 1: نموذج 2: كلاهما

الافتراضي 3: التقدير المستند إلى الشبكة العصبية لمعلمات EVD

مثال: hhsearch -i أ 1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

استخدم hhsearch عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net