لا يمحى - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

لا يمحى - محاكاة قوية ومرنة للتطور البيولوجي

موجز

متعذر محوه

لا يمكن تمرير أي خيارات عبر سطر الأوامر.

الوصف

متعذر محوه يمكنه محاكاة تطور النوكليوتيدات متعددة الأقسام أو الأحماض الأمينية أو الكودون
مجموعات البيانات من خلال عمليات الإدراج والحذف والاستبدال بشكل مستمر
وقت. يتم دعم جميع النماذج التطورية الشائعة.

الوثائق الكاملة ل متعذر محوه متاح تحت
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

CONFIGURATION

متعذر محوه يقرأ إعدادات عملية المحاكاة من ملف اسمه control.txt في ال
الدليل الحالي. يتم تقسيم الملف إلى كتل، حيث تتحكم كل كتلة في كتلة واحدة
جانب خاص من المحاكاة. قد تحتوي الكتل على كتل فرعية أخرى. التعليقات يمكن
يتم تقديمها بأسلوب C أو C++. لو متعذر محوه يتم تنفيذه بدون وجود ملف تحكم، وهو
يتم إنشاء ملف المثال.

[يكتب] نوع
يجب أن يبدأ كل ملف تحكم بـ النوع حاجز. الأنواع المحتملة هي النوكليوتيدات,
حمض أمينيو كودون.

[الإعدادات]
تحدد هذه الكتلة تفضيلات المستخدم غير الأساسية مثل أنواع ملفات الإخراج و
التنسيقات، والبذور الخاصة بمولد الأرقام العشوائية، وما إذا كان سيتم الإخراج بالتفصيل
التقارير.

[نموذج] اسم النموذج
تبدأ هذه الكتلة نموذجًا تطوريًا جديدًا لاستخدامه في المحاكاة. ال
معلمات معينة بما في ذلك نماذج الاستبدال ومعدلات indel وموقع الكودون
يتم التحكم في النماذج عبر النماذج الفرعية. اسم النموذج يمكن أن يكون أي اسم من اختيارك.

[شجرة] اسم الشجرة نيويك
يتم استخدام هذه الكتلة لتحديد شجرة دليل بالاسم المحدد اسم الشجرة.
يتم تمثيل المسافات التطورية كأطوال فرع للشجرة نيويك
تنسيق.

[الفروع]
تُستخدم هذه الكتل لمحاكاة العمليات غير الثابتة وغير المتجانسة.
يمكن تحديد نماذج مختلفة في فروع مختلفة من شجرة الدليل مما يسمح بذلك
الفروع لديها نماذج مختلفة من الاستبدال، وتوزيع طول إندل، ومعدل
عدم التجانس والتكوين الأساسي وما إلى ذلك.

[الأقسام] اسم القسم
أثناء كل تشغيل يمكن محاكاة أقسام تسلسل متعددة. لكل قسم
يجب تحديد شجرة الدليل والنموذج التطوري وطول التسلسل.

[تطور]
ضمن هذه الكتلة يمكن إنشاء نسخ متماثلة متعددة للقسم.

حقوق الطبع والنشر

حقوق الطبع والنشر © 2010 William Fletcher License GPLv3+: GNU GPL الإصدار 3 أو الأحدث.
هذا برنامج مجاني: أنت حر في تغييره وإعادة توزيعه. لا يوجد ضمان ،
إلى الحد الذي يسمح به القانون. نص الترخيص الكامل متاح على
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

شكر وتقدير

وليام فليتشر وزيهينج يانج (2009). INDELible: محاكاة مرنة للبيولوجية
تطور التسلسل, جزيئي علم الاحياء و التطور، 26(8): 1879-1888.

استخدم خدمة لا تمحى عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net