هذا هو الأمر obminimize الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
تقنع - تحسين الهندسة وتقليل طاقة الجزيء
موجز
تقنع [OPTIONS] اسم الملف
الوصف
يمكن استخدام أداة obminimize لتقليل طاقة الجزيئات داخل جزيء (متعدد)
الملفات (على سبيل المثال ، MOL2 ، إلخ.)
OPTIONS
إذا لم يتم إعطاء اسم ملف ، فستعطي obminimize جميع الخيارات بما في ذلك المتاح
فورسفيلدز.
-n سلم
حدد الحد الأقصى لعدد الخطوات (الافتراضي = 2500)
-CG استخدم خوارزمية التدرجات المترافقة (افتراضي)
-SD استخدم خوارزمية النسب الأكثر انحدارًا
-c المعايير
تعيين معايير التقارب (افتراضي = 1e-6)
-ف ميدان القوة
حدد Forcefield
أمثلة
عرض الخيارات الممكنة ، بما في ذلك Forcefields المتاحة:
تقنع
قلل من طاقة الجزيء (الجزيئات) في اختبار الملف. mol2:
obminimize test.mol2
قلل طاقة الجزيء (الجزيئات) في اختبار الملف. mol2 باستخدام حقل القوة الكيميائية:
obminimize -ff اختبار الكيمياء. mol2
قلل طاقة الجزيء (الجزيئات) في اختبار الملف mol2 بأخذ 300 هندسة على الأكثر
خطوات التحسين
obminimize -n 300 اختبار. mol2
قلل من طاقة الجزيء (الجزيئات) في اختبار الملف mol2 باستخدام أقصى نزول
معايير الخوارزمية والتقارب 1e-5:
obminize -sd -c 1e-5 test.mol2
استخدم obminimize عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net