هذا هو أمر rastep الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
rastep - (برنامج Ellipsoid الحراري Raster3D)
موجز
رستب [-h] [-iso] [-لون بمين Bmax] [-جرب بليفيل] [-توهم [0-3]] [-نصف القطر R] <
infile.pdb > الإهليلجية. r3d
رستب -تقطن [ملف جدولة] [-عن طريق_النمط] [-كوم [ملف comtab]] < infile.pdb >
الإحصاء
راستيب يقرأ ملف إحداثيات PDB. يجب أن يحتوي هذا الملف على تسجيلات ANISOU التي تصف
مكرر متباين الخواص. راستيب يمكن إما إنشاء ملف إدخال لـ Raster3D
تقديم البرنامج أو إجراء تحليل إحصائي للتباين الذري لمختلف
فئات ذرات الإدخال. بشكل افتراضي ، يقوم البرنامج بإنشاء مشهد ellipsoid + stick
الوصف الذي يتم فيه تمثيل كل ذرة بواسطة شكل بيضاوي يحيط بسطح متساوي لـ
دالة كثافة الاحتمال. تُعرف هذه عادةً باسم الإهليلجي الحراري.
يمكن تشغيل البرنامج في وضع بديل ، يتحكم فيه الخيار -tabulate ، حيث
الإخراج الأساسي إلى stdout هو قائمة القيم الذاتية لمصفوفة Uij ، متبوعة
التباين الذري المقابل و Ueq الخواص ، لكل ذرة في ملف الإدخال
مع كل من سجل ATOM وسجل ANISOU المطابق. يستخدم هذا الوضع من قبل ملف
أدوات التحقق من الصحة Parvati و Skittls.
أمثلة
لوصف الأشكال الإهليلجية الحرارية عند مستوى احتمال 50٪ ، بألوان CPK الافتراضية ، و
أرسله لتقديمه فورًا في ملف PNG
rastep <infile.pdb | render -png picture.png
لوصف نفس الأشكال الإهليلجية الملونة بواسطة Biso ، مع حذف تسجيلات الرأس بحيث يكون ملف
يمكن دمج ملف الإدخال الناتج مع مكونات المشهد الأخرى
rastep -h -Bcolor 10. 30. <infile.pdb> ellipsoids.r3d
cat header.r3d ellipsoids.r3d otherstuff.r3d | تقديم> picture.png
OPTIONS
-تلقاءي
اختيار تلقائي لزاوية الرؤية ، يتم اختياره لتقليل انتشار الذرات على طول العرض
الاتجاه.
-لون بمين Bmax
قم بتعيين الألوان بناءً على قيم B بدلاً من حساب سجلات ATOM مقابل الإدخال أو الافتراضي
سجلات COLOR. الذرات التي تحتوي على B <= Bmin سيتم تلوينها باللون الأزرق الداكن ؛ ذرات مع B> = سوف Bmax
أن يكون ملونًا باللون الأحمر الفاتح ؛ الذرات مع Bmin <B <Bmax سيتم تعيين ألوان التظليل بسلاسة
من خلال الطيف من الأزرق إلى الأحمر.
-توهم [0-6]
إنّ كافة أنواع عهود الـ -مولع ب يختار الخيار تمثيلات معقدة بشكل متزايد للأشكال الإهليلجية المقدمة.
-fancy0 [افتراضي] = سطح صلب
-fancy1 = المحاور الرئيسية للقطع الناقص ، مع سطح محيط شفاف
-fancy2 = المستويات الاستوائية الملونة للقطع الناقص
-الخيال 3 = مستويات استوائية ملونة بسطح محيط شفاف
-الخيال 4 = سطح إحاطة شفاف يحتوي على أطول محور رئيسي
-الخيال 5 = لمحبي ORTEP ، شكل بيضاوي صلب مع ثمانية أوكتان مفقود
-fancy6 = لمحبي ORTEP الذين يريدون الأوكتانت المفقود بلون منفصل
-h
قم بإلغاء تسجيلات الرأس في الإخراج. بشكل افتراضي رستب سينتج ملف الإخراج الذي
يبدأ بسجلات الرأس التي تحتوي على مجموعة افتراضية من خيارات القياس والمعالجة.
إنّ كافة أنواع عهود الـ -h ستعمل العلامة على منع سجلات الرأس هذه. هذا الخيار مفيد لإنتاج الملفات
التي تصف جزءًا فقط من المشهد ، والتي سيتم دمجها لاحقًا مع الواصف
من الملفات التي تنتجها برامج أخرى.
-iso
قوة السطوح الاحتمالية الخواص (المجالات). بشكل افتراضي ، سيبحث rastep عن ANISOU
السجلات في ملف PDB واستخدمها لإنشاء أشكال بيضاوية. إذا لم يكن هناك سجل ANISOU
الحاضر لذرة معينة ، سيتم استخدام القيمة B الواردة في سجل ATOM / HETATM لـ
بدلا من ذلك إنشاء مجال. اختيار -iso الخيار سيجبر البرنامج على استخدام ب
القيمة في سجل ATOM حتى في حالة وجود سجل ANISOU أيضًا.
-صغير
التوجيه التلقائي (كما هو الحال في-تلقائي) ومؤامرة صغيرة الحجم (176 × 208).
-نوهيدروجين
لا ترسم الهيدروجين ، حتى لو كانت موجودة في ملف PDB.
-جرب بليفيل
بشكل افتراضي ، يتم رسم الأسطح المتساوية لإحاطة مستوى احتمال 50٪ بالكثافة
الدالة الموصوفة بواسطة قيم Uij في سجل ANISOU. ال -جرب الخيار يتيح لك
حدد مستوى احتمال مختلف بدلاً من ذلك. إذا كان 0 <مستوى <1 يتم تفسير هذه القيمة
ككسر إذا كان Plevel> 1 يتم تفسير هذه القيمة على أنها نسبة مئوية.
-نصف القطر R
بشكل افتراضي ، يرسم rastep روابط نصف قطرها 0.10A بين الذرات المجاورة باستخدام نفس الشيء
الخوارزمية كقضبان. يتيح لك هذا الخيار تغيير نصف قطر الروابط. إذا كان الشعاع
مضبوط على 0 ولا يتم رسم أية روابط.
-تقطن [ملف جدولة]
يتطلب خيار -tabulate أن يقوم البرنامج بتجميع وطباعة الإحصائيات على
توزيع تباين الخواص بين الذرات في ملف الإدخال بدلاً من إنتاج مدخلات
ملف لتقديم. تتم كتابة المحاور الأساسية وتباين الخواص لكل ذرة على أنها stdout. ان
يتم كتابة الملخص الإحصائي الإجمالي في ملف tabfile إذا تم تحديده ، وإلا فإنه سيتم كتابة البيانات القياسية.
-عن طريق_النمط
الخيار -by_atomtype هو معدّل للتثبيت. يسبب تقسيمًا فرعيًا إضافيًا لـ
الذرات حسب نوع الذرة في إعداد الملخصات الإحصائية. أنواع الذرة مأخوذة من
الأعمدة 77:78 من سجلات PDB ATOM.
-كوم [ملف comtab]
جدولة توزيع التباين في الأصداف عن طريق المسافة من مركز الكتلة. مخرجات الى
comtabfile إذا تم تحديده ، بخلاف ذلك إلى stdout.
الملاحظات
هناك القليل من التناسق ، إن وجد ، في التنسيق بين البرامج المختلفة التي تكتب
معلمات الإزاحة متباينة الخواص. يفسر هذا البرنامج قيم Uij بالترتيب
المحدد لسجلات ANISOU بتنسيق PDB. وهذا يعني أن الأعمدة 29-70 من سجل PDB هي
يتم تفسيرها على أنها أعداد صحيحة تمثل 10000 * Uij ، بالترتيب U11 U22 U33 U12 U13 U23.
لاحظ على وجه الخصوص أن ترتيب المصطلحات المتقاطعة ليس هو نفسه المستخدم بواسطة ORTEP
أو shelx ، ولا يستخدم أي منهما تنسيق PDB على أي حال. ومع ذلك ، فإن البرنامج shelxpro سوف
إنتاج سجلات PDB منسقة بشكل صحيح من ملف إحداثيات shelx.
مصدر
الويب URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html الاتصال ب:
إيثان ميريت
جامعة واشنطن ، سياتل WA 98195
merritt@u.washington.edu
استخدم rastep عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net