هذا هو فهرس الأوامر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
sindex - فهرسة قاعدة بيانات تسلسل لـ sfetch
موجز
com.sindex [خيارات] seqfile1 [seqfile2 ...]
الوصف
com.sindex فهارس واحد أو أكثر seqfiles لاسترجاع التسلسل في المستقبل بواسطة جلب. مباحث أمن الدولة
("فهرس تسلسل الحبار") يتم إنشاؤه في نفس الدليل مع ملفات التسلسل. بواسطة
افتراضي ، يسمى هذا الملف .ssi.
إذا كان هناك أكثر من ملف تسلسل واحد في سطر الأوامر ، فسيكون اسم ملف SSI
شيدت من اسم ملف التسلسل الأخير. قد لا يكون هذا ما تريده ؛ انظر ال -o
خيار لتحديد اسمك الخاص لملف SSI.
com.sindex قادر على فهرسة الملفات الكبيرة (> 2 جيجا بايت) إذا تم تمكين دعم LFS الاختياري
في وقت الترجمة. راجع إرشادات التثبيت المرفقة مع @ PACKAGE.
OPTIONS
-h طباعة تعليمات موجزة ؛ يتضمن رقم الإصدار وملخصًا لجميع الخيارات ، بما في ذلك
خيارات الخبراء.
-o <ssi الملف>
قم بتوجيه فهرس SSI إلى ملف يسمى . بشكل افتراضي ، سيذهب ملف SSI
إلى .ssi.
EXPERT OPTIONS
- 64 فرض ملف SSI في وضع 64 بت (ملف seq كبير) ، حتى إذا كان ملف seq صغيرًا.
لا تريد القيام بذلك إلا إذا كنت تقوم بالتصحيح.
--خارجي
القوة com.sindex للقيام بفرز السجل عن طريق الفرز الخارجي (على القرص). هذا فقط
مفيد لتصحيح الأخطاء أيضًا.
--معلومات
حدد أن ملف التسلسل هو بالتأكيد في التنسيق ؛ ملف تسلسل كتل
الكشف التلقائي عن التنسيق. هذا مفيد في خطوط الأنابيب الآلية ، لأنه يتحسن
المتانة (يمكن أن يحدث خطأ في الاكتشاف التلقائي أحيانًا على ملف
ملف). تتضمن الأمثلة الشائعة genbank أو embl أو gcg أو pir أو stockholm أو clustal أو msf أو
فيليب. راجع الوثائق المطبوعة للحصول على قائمة كاملة بأسماء التنسيقات المقبولة.
- pfamseq
اختراق لشركة Pfam ؛ يقوم بفهرسة ملف FASTA المعروف باحتوائه على خطوط تعريف بتنسيق
تنسيق "> [اسم] [انضمام] [وصف اختياري]". عادة فقط التسلسل
سيتم فهرسة name كمفتاح أساسي في ملف FASTA SSI ، لكن هذا يسمح
فهرسة كل من الاسم (كمفتاح أساسي) والمُدخل (كمفتاح ثانوي).
استخدم sindex عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net