هذا هو الأمر tcodee الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المتعددة المجانية عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
tcode - تحديد مناطق ترميز البروتين باستخدام إحصائية Fickett TESTCODE
موجز
com.tcode -تسلسل seqall -ملف البيانات ملف البيانات -نافذة او شباك عدد صحيح -step عدد صحيح -حبكة تبديل
-ملف تقرير -رسم بياني xygraph
com.tcode -مساعدة
الوصف
com.tcode هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البرنامج المفتوح الأوروبي للبيولوجيا الجزيئية
وهو جزء من مجموعة الأوامر "البحث عن الجينات النووية".
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل seqall
-ملف البيانات ملف البيانات
ملف البيانات الافتراضي هو Etcode.dat ويحتوي على احتمالات الترميز لكل قاعدة.
الاحتمالات تتعلق بمعلومات الموقع والتركيب. افتراضيًا
القيمة: Etcode.dat
مطلوب: قسم
-نافذة او شباك عدد صحيح
هذا هو عدد قواعد النوكليوتيدات التي سيتم حساب إحصائية TESTCODE عليها
يتم تنفيذه في كل مرة. ثم تنزلق النافذة على طول التسلسل، وتغطي نفس
عدد القواعد في كل مرة. القيمة الافتراضية: ٢٠٠
متقدم قسم
-step عدد صحيح
ستنزلق النافذة المحددة، بشكل افتراضي، على طول تسلسل النوكليوتيدات بمقدار ثلاثة
القواعد في وقت واحد، مع الاحتفاظ بالإطار (على الرغم من أن الخوارزمية ليست حساسة للإطار).
يمكن تعديل هذا لزيادة أو تقليل حجم الشريحة. القيمة الافتراضية:
3
الناتج قسم
-حبكة تبديل
عند التحديد، يتم رسم رسم بياني للتسلسل (محور X) مقابل درجة الترميز (Y
سيتم عرض المحور). التسلسل الموجود أعلى الخط الأخضر مُرمَّز، والتسلسل الموجود أسفل الخط الأحمر
السطر غير مُرمَّز. القيمة الافتراضية: N
-ملف تقرير
-رسم بياني xygraph
استخدم tcodee عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net