هذا هو الأمر tigr-extract الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
tigr-glimmer — مواضع البدء/الإيقاف الجيدة للجينات في تسلسل الجينوم
موجز
مستخلص النمر [ملف الجينوم والخيارات]
الوصف
يأخذ استخراج البرنامج ملف تسلسل بتنسيق FASTA وملفًا يحتوي على قائمة البدء/الإيقاف
المواضع في هذا الملف (على سبيل المثال، كما تم إنتاجها بواسطة برنامج long-orfs) والمقتطفات و
إخراج التسلسلات المحددة.
وسيطة سطر الأوامر الأولى هي اسم ملف التسلسل، الذي يجب أن يكون في FASTA
تنسيق.
وسيطة سطر الأوامر الثانية هي اسم الملف الإحداثي. يجب أن يحتوي على أ
قائمة أزواج المواضع في الملف الأول، واحدة في كل سطر. تنسيق كل إدخال هو:
>
يجب ألا يحتوي هذا الملف على أي معلومات أخرى، لذلك إذا كنت تستخدم مخرجات glimmer
أو طويلة orfs، سيتعين عليك قطع خطوط الرأس.
يذهب إخراج البرنامج إلى الإخراج القياسي ويحتوي على سطر واحد لكل سطر فيه
الملف الإحداثي. يحتوي كل سطر على IDstring، متبوعة بمسافة بيضاء، متبوعة
بواسطة السلسلة الفرعية لملف التسلسل المحدد بواسطة زوج الإحداثيات. على وجه التحديد،
تبدأ السلسلة الفرعية عند الموضع الأول للزوج وتنتهي عند الموضع الثاني
(شامل). إذا كان الموضع الأول أكبر من الثاني، فإن الحمض النووي ينعكس
يتم إنشاء تكملة لكل موقف. أزواج البدء/الإيقاف التي "تلتف حول" نهاية
الجينوم مسموح به.
OPTIONS
-يتخطى يجعل الإخراج يحذف الأحرف الثلاثة الأولى من كل تسلسل، أي أنه يتخطى
فوق كود البداية. كان هذا هو سلوك الإصدار السابق من
برنامج.
-l يجعل الإخراج يحذف تسلسلات أقصر من n أحرف. ن يشمل
تم تخطي 3 أحرف إذا كان مفتاح التبديل -skip واحدًا.
استخدم استخراج النمر عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net