إحصائيات vcf - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

إحصائيات vcf - إحصائية لملف VCF

موجز

احصائيات vcf [OPTIONS] file.vcf.gz

OPTIONS

-d, --أحمق
خذ ملف تفريغ موجود وأعد إنشاء الملفات (يعمل مع -p)

-f, - فلاتر
قائمة المرشحات مثل العمود / الحقل (أي قيمة) ، العمود / الحقل = bin: max (الكتلة في
صناديق) ، العمود / الحقل = القيمة (القيمة الدقيقة)

-p, --اختصار
بادئة ملفات الإخراج. في حالة وجود خطوط مائلة ، سيتم إنشاء الدلائل.

-s, - عينات
معالجة العينات المدرجة فقط - بدون. يمكن استبعاد العينات غير المرغوب فيها
زيادة الأداء بشكل كبير.

-h، - ؟، --مساعدة
رسالة المساعدة هذه.

أمثلة

# احسب الإحصائيات بشكل منفصل لحقل المرشح والجودة وإحصائيات vcf غير المستقلة
file.vcf.gz -f الفلتر ، الجودة = 10: 200 ، INFO / INDEL = خطأ -p خارج/

# احسب الإحصائيات لجميع عينات vcf-stats file.vcf.gz -f FORMAT / DP = 10: 200 -p خارج/

# احسب الإحصائيات فقط لعينة NA00001 vcf-stats file.vcf.gz -f
العينة / NA00001 / DP = 1: 200 -p خارج/

vcf-stats file.vcf.gz> perl.dump

استخدم إحصائيات vcf عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net