هذا هو الأمر xplor2gmx الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
؛ xplor2gmx - تحويل قيود المسافة XPLOR إلى تنسيق Gromacs
موجز
xplor2gmx (بقايا عوض) المدخلات
الوصف
xplor2gmx يقرأ ملف إدخال XPLOR مع بيانات ضبط المسافة كما هو موجود أحيانًا في
قاعدة بيانات pdb (http://www.pdb.org). من ملف الإدخال هذا يجب أن تكون القيود ثنائية السطوح
تمت إزالتها ، بحيث يتم ترك قيود المسافة فقط. يمكن للبرنامج النصي التعامل مع الغموض
القيود. يقوم بتحويل قيود المسافة إلى تنسيق GROMACS.
يجب توفير ملف القيود (.dat) على STDIN ، وملف الإخراج المناسب (.itp) هو
إرسالها إلى STDOUT.
أمثلة
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb <restraints.dat> disre.itp
OPTIONS
xplor2gmx يتطلب خيارين لسطر الأوامر: أولاً ، إزاحة البقايا (عدد صحيح) ؛ ثانية،
اسم الملف .pdb. يجب أن يحتوي ملف pdb على أرقام ذرية صحيحة.
استخدم xplor2gmx عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net