هذا هو تطبيق Linux المسمى codonPhyML والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له كـ codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق المسمى codonPhyML عبر الإنترنت مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
لقطات الشاشة:
كودون
الوصف:
يستخدم codonPhyML نماذج ماركوفيان كودون للتطور في إعادة بناء نسالة. بالنظر إلى مجموعة من الأنواع التي تتميز بتسلسل الحمض النووي الخاص بها كمدخلات ، سيعيد codonPhyML شجرة النشوء والتطور التي تصف علاقتها التطورية بأفضل شكل. تم نشر ورقتنا البحثية التي تصف codonPhyML في مجلة "Molecular Biology and Evolution" (MBE). لمزيد من التفاصيل اتبع الرابط: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML على غلاف MBE! تحقق من ذلك (أغسطس 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.بالنسبة للإصدار متعدد النماذج من CodonPhyML ، يرجى استخدام كرة تار "codonphyml_multi.tgz".
المميزات
- نماذج كودون ماركوفيان للتطور: Goldman & Yang 1994 ، Muse & Gaut 1994 ، Kosiol et al 2007 ، Schneider et al 2005 ، Yap et al 2010
- البحث عن طوبولوجيا شجرة NNI و SPR
- معلمات معدل الاستبدال المقدرة بالاحتمالية القصوى
- دعم متعدد النواة من خلال OpenMP
- احتمالية قابلة للمقارنة عبر نماذج مختلفة (مثل AA و NT و CODON)
الجمهور
العلوم / البحث والتعليم
واجهة المستخدم
وحدة التحكم / المحطة الطرفية ، سطر الأوامر
لغة البرمجة
C
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.