এটি হল bp_revtrans-motifp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
bp_revtrans-motif - বিপরীত অনুবাদ একটি Profam মত প্রোটিন মোটিফ
সংস্করণ
সংস্করণ 0.01
সাইনোপিসিস
একটি ফাইল থেকে:
bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt
পাইপ ব্যবহার করে:
bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt
কমান্ড প্রম্পটে ইন্টারেক্টিভভাবে ব্যবহার করা:
$bp_revtrans-motif.pl
MAEEL [VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
বর্ণনাঃ
এই স্ক্রিপ্টটি ইনপুট হিসাবে একটি প্রোটিন মোটিফ নেয় এবং একটি ক্ষয়প্রাপ্ত অলিগোনিউক্লিওটাইড প্রদান করে
এটির সাথে সঙ্গতিপূর্ণ ক্রম। এটা করার প্রধান কারণ হল ডিজাইন ডিজেনারেট করা
প্রাইমার যা একটি প্রদত্ত ক্রম প্যাটার্নকে প্রশস্ত করে।
ইনপুট মোটিফ এক-অক্ষরের অবশিষ্টাংশের একটি স্ট্রিং নিয়ে গঠিত, নিচের যেকোনো একটি সহ
সিনট্যাকটিক উপাদান:
[...] : অপ্রয়োজনীয় অবস্থান।
একটি অবস্থান যেখানে একাধিক অবশিষ্টাংশ অনুমোদিত। উদাহরণ:
[টিএস]ওয়াইডব্লিউ[আরকেএসডি]
^^ ^^^^
[^...] : নেতিবাচক অবস্থান।
একটি অবস্থান যেখানে কোনো অবশিষ্টাংশ অনুমোদিত, বন্ধনীর মধ্যে থাকা লোকদের জন্য সংরক্ষিত। উদাহরণ:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : বারবার মোটিফ।
একটি মোটিফ যা পুনরাবৃত্তি হয় n or m বার এটির আগের যেকোনো সিনট্যাক্টিক থাকতে পারে
উপাদান উদাহরণ:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
অনুমোদিত অক্ষরগুলি হল যেগুলি 20টি প্রাকৃতিক অ্যামিনোঅ্যাসিডের সাথে মিলে যায়, প্লাস:
B = N + D
Z = Q + E
X = সব
বিকল্প
-i ইনপুট ফাইল:
বিপরীত অনুবাদের মোটিফগুলির একটি তালিকা সহ একটি ফাইল৷
-h
এই সাহায্য বার্তা প্রদর্শন করুন.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে bp_revtrans-motifp ব্যবহার করুন