create_matrix - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

create_matrix - জিনোমের প্রাচুর্যের সাদৃশ্য ম্যাট্রিক্স গণনা করুন

সাইনোপিসিস

create_matrix [অপশন] নামস

বর্ণনাঃ

সাদৃশ্য ম্যাট্রিক্স গণনা করুন।

প্রথমত, একটি রিড সিমুলেটর ব্যবহার করে প্রতিটি রেফারেন্স জিনোমের জন্য রিডের একটি সেট সিমুলেট করা হয়
core/tools.py এর মাধ্যমে নির্দিষ্ট করা হয়েছে -s. দ্বিতীয়ত, প্রতিটি প্রজাতির সিমুলেটেড রিড ম্যাপ করা হয়
উল্লেখিত ম্যাপার ব্যবহার করে সমস্ত রেফারেন্স জিনোমের বিরুদ্ধে -m. তৃতীয়ত, ফলাফল
সাদৃশ্য ম্যাট্রিক্স গণনা করতে SAM-ফাইলগুলি বিশ্লেষণ করা হয়। সাদৃশ্য ম্যাট্রিক্স সংরক্ষণ করা হয়
একটি নমপি ফাইল হিসাবে (-o).

বিকল্প

নামস নাম ফাইলের ফাইলের নাম; প্লেইন টেক্সট নাম ফাইল প্রতি একটি নাম থাকা উচিত
লাইন নামটি পুরো অ্যালগরিদমে শনাক্তকারী হিসাবে ব্যবহৃত হয়।

-h, --help
এই সাহায্য বার্তাটি দেখান এবং প্রস্থান করুন

-s সিমুলেটর, --সিমুলেটর=কাল্পনিক
core/tools.py এ সংজ্ঞায়িত রিড সিমুলেটরের শনাক্তকারী [ডিফল্ট: কোনোটিই নয়]

-r REF, -- রেফারেন্স=REF
রিড সিমুলেটরের জন্য রেফারেন্স সিকোয়েন্স ফাইল প্যাটার্ন। নামটির জন্য স্থানধারক
"%s"। [ডিফল্ট: ./ref/%s.fasta]

-m ম্যাপার, --ম্যাপার=ম্যাপার
core/tools.py এ সংজ্ঞায়িত ম্যাপারের শনাক্তকারী [ডিফল্ট: কোনোটিই নয়]

-i সূচক, --সূচক=এর INDEX
রিড ম্যাপারের জন্য রেফারেন্স ইনডেক্স ফাইল। নামের জন্য স্থানধারক হল "%s"।
[ডিফল্ট: ./ref/%s.fasta]

-t TEMP, --তাপ=টেম্প
অস্থায়ী সিমুলেটেড ডেটাসেট এবং SAM ফাইল সংরক্ষণ করার জন্য ডিরেক্টরি। [ডিফল্ট: ./temp]

-o আউট, --আউটপুট=আউট
আউটপুট সাদৃশ্য ম্যাট্রিক্স ফাইল। [ডিফল্ট: ./similarity_matrix.npy]

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে create_matrix অনলাইন ব্যবহার করুন