এটি হল কমান্ড gmap যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmap - জিনোমিক ম্যাপিং এবং অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম
সাইনোপিসিস
gmap [বিকল্প...] <ফাস্তা নথি পত্র...>, or বিড়াল | gmap [বিকল্প...]
বিকল্প
ইনপুট অপশন (অবশ্যই অন্তর্ভুক্ত করা -d or -g)
-D, --dir=ডিরেক্টরি
জিনোম ডিরেক্টরি। ডিফল্ট (যেমন দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে --with-gmapdb কনফিগার প্রোগ্রামে)
is /var/cache/gmap
-d, --db=STRING এর
জিনোম ডাটাবেস। যুক্তি যদি হয় '?' (উদ্ধৃতি সহ), এই কমান্ডটি তালিকাভুক্ত করে
উপলব্ধ ডাটাবেস।
-k, --কিমি=INT
জিনোম ডাটাবেসে ব্যবহার করার জন্য kmer আকার (অনুমোদিত মান: 16 বা কম)। যদি না
নির্দিষ্ট করা হয়েছে, প্রোগ্রামটি জিনোমে সর্বাধিক উপলব্ধ কিমার আকার খুঁজে পাবে
ডাটাবেজ
-- নমুনা=INT
জিনোম ডাটাবেসে ব্যবহার করার জন্য নমুনা। নির্দিষ্ট না থাকলে, প্রোগ্রামটি খুঁজে পাবে
নির্বাচিত কে-মের আকারের মধ্যে জিনোম ডাটাবেসের মধ্যে সবচেয়ে ছোট উপলব্ধ নমুনা মান
-G, --জিনোমফুল
সম্পূর্ণ জিনোম ব্যবহার করুন (সমস্ত ASCII অক্ষর অনুমোদিত; সেটআপের সময় স্পষ্টভাবে নির্মিত), না
সংকুচিত সংস্করণ
-g, --gseg=ফাইলের নাম
ব্যবহারকারী দ্বারা সরবরাহকৃত জিনোমিক সেগমেন্ট
-1, --সেলফলাইন
stdin এর মাধ্যমে FASTA বিন্যাসে নিজের বিরুদ্ধে একটি ক্রম সারিবদ্ধ করুন (পাওয়ার জন্য দরকারী
একটি নিউক্লিওটাইড ক্রম প্রোটিন অনুবাদ)
-2, -- জোড়া লাগানো
FASTA ফর্ম্যাটে stdin এর মাধ্যমে দুটি সিকোয়েন্স সারিবদ্ধ করুন, প্রথমটি জিনোমিক এবং দ্বিতীয়টি
একটি হচ্ছে cDNA
--cmdline=STRING এর,STRING
কমান্ড লাইনে প্রদত্ত এই দুটি ক্রম সারিবদ্ধ করুন, প্রথমটি জিনোমিক এবং
দ্বিতীয়টি হচ্ছে cDNA
-q, -- অংশ=INT/আইএনটি
প্রতিটি n ক্রমগুলির মধ্যে শুধুমাত্র i-th প্রক্রিয়া করুন যেমন, 0/100 বা 99/100 (এর জন্য দরকারী
একটি কম্পিউটার খামারে কাজ বিতরণ)।
--ইনপুট-বাফার-আকার=INT
ইনপুট বাফারের আকার (প্রোগ্রাম দক্ষতার জন্য এক সময়ে এই অনেকগুলি ক্রম পড়ে)
(ডিফল্ট 1000)
গণনার বিকল্প
-B, --ব্যাচ=INT
ব্যাচ মোড (ডিফল্ট = 2)
মোড অফসেট পজিশন জিনোম
0 নোট mmap mmap দেখুন
1 নোট mmap দেখুন এবং mmap প্রিলোড করুন
(ডিফল্ট) 2 নোট mmap এবং প্রিলোড mmap এবং প্রিলোড দেখুন
3 দেখুন নোট বরাদ্দ mmap এবং preload
4 দেখুন নোট বরাদ্দ বরাদ্দ
5 প্রসারিত বরাদ্দ বরাদ্দ
দ্রষ্টব্য: একটি একক অনুক্রমের জন্য, সমস্ত ডেটা স্ট্রাকচার mmap ব্যবহার করে
যদি mmap উপলব্ধ না হয় এবং বরাদ্দ না বেছে নেওয়া হয়, তাহলে ফাইলিও ব্যবহার করবে (খুব ধীর)
সম্পর্কে নোট করুন --ব্যাচ এবং অফসেট: অফসেটের সম্প্রসারণ নিয়ন্ত্রণ করা যেতে পারে
স্বাধীনভাবে দ্বারা --প্রসারিত-অফসেট পতাকা দ্য --ব্যাচ=5 বিকল্পের সমতুল্য
--ব্যাচ=4 যোগ --প্রসারিত-অফসেট=1
--প্রসারিত-অফসেট=INT
জিনোমিক অফসেট সূচকের মানগুলি প্রসারিত করতে হবে কিনা: 0 (না, ডিফল্ট), বা 1 (হ্যাঁ)।
সম্প্রসারণ দ্রুত প্রান্তিককরণ দেয়, কিন্তু আরো মেমরি প্রয়োজন
--নোসপ্লিসিং
স্প্লিসিং বন্ধ করে (একটি জিনোমে জিনোমিক ক্রম সারিবদ্ধ করার জন্য দরকারী)
--মিন-ইনট্রনলেংথ=INT
একটি অভ্যন্তরীণ ইন্ট্রনের জন্য ন্যূনতম দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 9)। এই আকারের নীচে, একটি জিনোমিক ফাঁক
একটি intron এর পরিবর্তে একটি মুছে ফেলা হিসাবে বিবেচিত হবে৷
-K, -- অন্তর্দৈর্ঘ্য=INT
একটি অভ্যন্তরীণ ইন্ট্রনের জন্য সর্বাধিক দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 200000)
-w, --স্থানীয় স্প্লাইসিস্ট=INT
সিকোয়েন্সের শেষে পরিচিত স্প্লাইস সাইটগুলির জন্য সর্বাধিক দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 2000000)
-L, --মোট দৈর্ঘ্য=INT
সর্বাধিক মোট ইন্ট্রন দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 2400000)
-x, --কাইমেরা-মার্জিন=INT
অসংযুক্ত অনুক্রমের পরিমাণ যা অবশিষ্ট অনুক্রমের জন্য অনুসন্ধান শুরু করে
(ডিফল্ট 30)। কাইমেরিক রিডের সারিবদ্ধকরণ সক্ষম করে এবং কিছুতে সাহায্য করতে পারে
নন-কাইমেরিক পড়া। বন্ধ করতে, শূন্য সেট করুন।
--নো-কাইমেরাস
কাইমেরা খুঁজে পাওয়া বন্ধ করে। হিসাবে একই প্রভাব --কাইমেরা-মার্জিন=0
-t, --nথ্রেড=INT
কর্মী থ্রেড সংখ্যা
-c, --chrsubset=স্ট্রিং
প্রদত্ত ক্রোমোজোমে অনুসন্ধান সীমাবদ্ধ করুন
-z, --অভিমুখ=STRING এর
cDNA দিক (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter, or
স্বয়ংক্রিয় (ডিফল্ট))
-H, --ট্রাইমেন্ডেক্সন=INT
প্রদত্ত সংখ্যার চেয়ে কম সংখ্যার সাথে শেষের এক্সন ট্রিম করুন (nt, ডিফল্ট 9)
--ক্যাননিকাল-মোড=INT
ক্যানোনিকাল এবং সেমি-ক্যাননিকাল ইন্ট্রোনের জন্য পুরস্কার 0=কম পুরস্কার, 1=উচ্চ পুরস্কার
(ডিফল্ট), 2=উচ্চ-পরিচয় ক্রমগুলির জন্য কম পুরস্কার এবং অন্যথায় উচ্চ পুরস্কার
--ক্রস-প্রজাতি
ক্যানোনিকাল স্প্লিসিংয়ের জন্য আরও সংবেদনশীল অনুসন্ধান ব্যবহার করুন, যা বিশেষত এর জন্য সহায়তা করে
ক্রস-প্রজাতির প্রান্তিককরণ এবং অন্যান্য কঠিন ক্ষেত্রে
--অনুমতি-বন্ধ-ইন্ডেল=INT
একে অপরের কাছাকাছি সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলার অনুমতি দিন (0=না, 1=হ্যাঁ (ডিফল্ট), 2=শুধুমাত্র
উচ্চ মানের প্রান্তিককরণের জন্য)
--মাইক্রোএক্সন-স্প্লিসপ্রব=ভাসা
স্প্লাইস সাইটের সম্ভাব্যতাগুলির মধ্যে একটি এর চেয়ে বেশি হলেই মাইক্রোএক্সনকে অনুমতি দিন
মান (ডিফল্ট 0.95)
--cmetdir=STRING এর
মিথাইলসাইটোসিন ইনডেক্স ফাইলের জন্য ডিরেক্টরি (সিমেটিন্ডেক্স ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল
ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা জিনোম সূচক ফাইলের অবস্থান -D, -V, এবং -d)
--অটোইডির=STRING এর
A-to-I RNA সম্পাদনা সূচক ফাইলের জন্য ডিরেক্টরি (atoiindex ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল
ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা জিনোম সূচক ফাইলের অবস্থান -D, -V, এবং -d)
--মোড=STRING এর
প্রান্তিককরণ মোড: স্ট্যান্ডার্ড (ডিফল্ট), সেমিট-স্ট্র্যান্ডেড, সিমেট-ননস্ট্র্যান্ডেড, অ্যাটোই-স্ট্র্যান্ডেড,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, বা ttoc-nonstranded. অ-মানক মোড প্রয়োজন
আপনি আগে cmetindex বা atoiindex প্রোগ্রামগুলি চালাতে হবে (যা কভার করে
ttoc মোড) জিনোমের উপর
-p, --প্রুনলেভেল
ছাঁটাই স্তর: 0=নো ছাঁটাই (ডিফল্ট), 1=দরিদ্র সেক, 2=পুনরাবৃত্ত সেক, 3=দরিদ্র এবং
পুনরাবৃত্তিমূলক
আউটপুট প্রকার
-S, --সারসংক্ষেপ
শুধুমাত্র প্রান্তিককরণের সারাংশ দেখান
-A, -- সারিবদ্ধ
প্রান্তিককরণ দেখান
-3, --একটানা
তিনটি একটানা লাইনে সারিবদ্ধতা দেখান
-4, --একটানা-বাই-এক্সন
প্রতি এক্সন তিনটি লাইনে প্রান্তিককরণ দেখান
-Z, -- কম্প্রেস
সংকুচিত বিন্যাসে প্রিন্ট আউটপুট
-E, --এক্সন=STRING এর
প্রিন্ট এক্সন ("cdna" বা "জিনোমিক")
-P, --প্রোটিন_ডিএনএ
প্রিন্ট প্রোটিন সিকোয়েন্স (cDNA)
-Q, --প্রোটিন_জেন
প্রোটিন ক্রম প্রিন্ট করুন (জিনোমিক)
-f, --ফরম্যাট=INT
আউটপুট জন্য অন্যান্য বিন্যাস (এছাড়াও নোট করুন -A এবং -S বিকল্প এবং অন্যান্য বিকল্প তালিকাভুক্ত
আউটপুট প্রকারের অধীনে):
psl (বা 1) = PSL (BLAT) ফরম্যাট,
gff3_gene (বা 2) = GFF3 জিন বিন্যাস,
gff3_match_cdna (বা 3) = GFF3 cDNA_match বিন্যাস,
gff3_match_est (বা 4) = GFF3 EST_match বিন্যাস,
splicesites (বা 6) = splicesites আউটপুট (GSNAP স্প্লাইসিং ফাইলের জন্য),
introns = introns আউটপুট (GSNAP স্প্লিসিং ফাইলের জন্য),
map_exons (বা 7) = IIT FASTA এক্সন মানচিত্র বিন্যাস,
map_ranges (বা 8) = IIT FASTA রেঞ্জ মানচিত্র বিন্যাস,
coords (বা 9) = টেবিল বিন্যাসে coords,
sampe = SAM ফরম্যাট (প্যায়ারড_রিড বিট পতাকায় সেট করা),
samse = SAM ফরম্যাট (paired_read bit সেট না করে)
আউটপুট বিকল্পগুলি
-n, --এনপথ=INT
দেখানোর জন্য সর্বাধিক সংখ্যক পাথ (ডিফল্ট 5)। 1 এ সেট করা হলে, GMAP রিপোর্ট করবে না
কাইমেরিক প্রান্তিককরণ, যেহেতু সেগুলি দুটি পথ বোঝায়। আপনি একটি একক প্রান্তিককরণ চান
প্লাস কাইমেরিক প্রান্তিককরণ, তারপর এটি 0 তে সেট করুন।
--সাবঅপ্টিমাল-স্কোর=INT
শুধুমাত্র সেই পাথের রিপোর্ট করুন যার স্কোর সেরা পথের এই মানের মধ্যে রয়েছে। গতানুগতিক,
যদি এই বিকল্পটি প্রদান করা না হয়,
প্রোগ্রামটি পাওয়া সমস্ত পথ প্রিন্ট করে।
-O, -- আদেশ করা হয়েছে
ইনপুট হিসাবে একই ক্রমে প্রিন্ট আউটপুট (শুধুমাত্র যদি একাধিক কর্মী থাকে
সুতো)
-5, --md5
প্রতিটি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের জন্য MD5 চেকসাম প্রিন্ট করুন
-o, --কাইমেরা-ওভারল্যাপ
কাইমেরা ব্রেকপয়েন্টে দেখাতে ওভারল্যাপ, যদি থাকে
-- ব্যর্থভাবে
শুধুমাত্র ব্যর্থ প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন, যার কোনো ফলাফল নেই
--নোফেলস
ব্যর্থ প্রান্তিককরণের মুদ্রণ বাদ দিন
-V, --snpsdir=STRING এর
SNPs সূচক ফাইলগুলির জন্য ডিরেক্টরি (snpindex ব্যবহার করে তৈরি) (ডিফল্ট হল এর অবস্থান
জিনোম সূচক ফাইলগুলি ব্যবহার করে নির্দিষ্ট করা হয়েছে -D এবং -d)
-v, --use-snps=STRING এর
পরিচিত SNPs ধারণকারী ডাটাবেস ব্যবহার করুন (এ .iit, পূর্বে ব্যবহার করে নির্মিত
snpindex) SNP-এর প্রতি সহনশীলতার জন্য
--বিভক্ত-আউটপুট=STRING এর
একাধিক-ফাইল আউটপুটের জন্য বেসনেম, আলাদাভাবে নোম্যাপিংয়ের জন্য,
uniq, mult, (এবং chimera, if --কাইমেরা-মার্জিন নির্বাচিত)
--ফেলড-ইনপুট=STRING এর
প্রদত্ত ইনপুট FASTA বা FASTQ বিন্যাস হিসাবে সম্পূর্ণরূপে ব্যর্থ প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন
ফাইল যদি --বিভক্ত-আউটপুট ফ্ল্যাগও দেওয়া হয়, এই ফাইলটি ছাড়াও তৈরি হয়
.nomapping ফাইলের আউটপুটে।
--সংযোজন-আউটপুট
কখন --বিভক্ত-আউটপুট or --ফেলইনপুট দেওয়া হয়, এই পতাকা আউটপুট যোগ করবে
বিদ্যমান ফাইল। অন্যথায়, ডিফল্ট নতুন ফাইল তৈরি করা হয়.
--আউটপুট-বাফার-আকার=INT
আউটপুট থ্রেডের জন্য বাফার আকার, প্রশ্নে (ডিফল্ট 1000)। যখন সংখ্যা
প্রিন্ট করা ফলাফল এই আকার অতিক্রম, কর্মী থ্রেড পর্যন্ত থামানো হয়
ব্যাকলগ সাফ করা হয়
-F, --পূর্ণদৈর্ঘ্য
মেট দিয়ে শুরু করে পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রোটিন ধরে নিন
-a, --cdsstart=INT
প্রদত্ত নিউক্লিওটাইড থেকে কোডন অনুবাদ করুন (1-ভিত্তিক)
-T, -- ছাঁটা
পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রোটিনের চারপাশে প্রান্তিককরণ ছেঁটে নিন, মেট টু স্টপ ইমপ্লিস -F পতাকা।
-Y, --সহনশীল
ফ্রেমশিফ্টের জন্য সংশোধন সহ cDNA অনুবাদ করে
GFF3 আউটপুট জন্য বিকল্প
--gff3-অ্যাড-সেপারেটর=INT
প্রতিটি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের পরে একটি ### বিভাজক যোগ করতে হবে কি না মান: 0 (না), 1 (হ্যাঁ,
ডিফল্ট)
SAM আউটপুট জন্য বিকল্প
--নো-স্যাম-হেডার
'@' দিয়ে শুরু হওয়া হেডার প্রিন্ট করবেন না
--sam-use-0M
পিকার্ড দ্বারা প্রয়োজনীয় সন্নিহিত সন্নিবেশ এবং মুছে ফেলার মধ্যে CIGAR-এ 0M সন্নিবেশ করান,
কিন্তু অন্যান্য টুলে ত্রুটি হতে পারে
--force-xs-dir
RNA-Seq প্রান্তিককরণের জন্য, XS:A: অনুমোদন করে? যখন ইন্দ্রিয় দিক অস্পষ্ট, এবং
এই মানটিকে ইচ্ছামত XS:A:+ দিয়ে প্রতিস্থাপন করে। কিছু প্রোগ্রামের জন্য দরকারী হতে পারে, যেমন
Cufflinks হিসাবে, যে XS পরিচালনা করতে পারে না:A:? যাইহোক, আপনি যদি এই পতাকা ব্যবহার করেন, তাহলে
XS:A:+ এর রিপোর্ট করা মান এই ক্ষেত্রে অর্থবহ হবে না।
--md-ছোট হাতের-snp
MD স্ট্রিং-এ, যখন পরিচিত SNP গুলি দ্বারা দেওয়া হয় -v পতাকা,
পার্থক্য নিউক্লিওটাইডগুলিকে ছোট হাতের হিসাবে মুদ্রণ করে যখন তারা,
রেফারেন্স থেকে ভিন্ন কিন্তু একটি পরিচিত বিকল্প অ্যালিলের সাথে মেলে
--ক্রিয়া-যদি-সিগার-ত্রুটি
CIGAR দৈর্ঘ্য এবং সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্যের মধ্যে কোনো মতভেদ থাকলে ব্যবস্থা নিতে হবে
অনুমোদিত মান: উপেক্ষা, সতর্কতা (ডিফল্ট), বাতিল
--পড়ুন-গ্রুপ-আইডি=STRING এর
রিড-গ্রুপ আইডি (RG-ID) ফিল্ডে রাখার মান
--পড়ুন-গোষ্ঠীর নাম=STRING এর
রিড-গ্রুপ নেম (RG-SM) ফিল্ডে রাখার মান
--পড়ুন-গ্রুপ-লাইব্রেরি=STRING এর
রিড-গ্রুপ লাইব্রেরি (RG-LB) ফিল্ডে রাখার মান
--পড়ুন-গ্রুপ-প্ল্যাটফর্ম=STRING এর
রিড-গ্রুপ লাইব্রেরি (RG-PL) ফিল্ডে রাখার মান
মানের স্কোর জন্য বিকল্প
--গুণমান-প্রটোকল=STRING এর
ইনপুট মানের স্কোর জন্য প্রোটোকল. অনুমোদিত মান: ইলুমিনা (ASCII 64-126)
(সমতুল্য -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (এর সমতুল্য -J 33 -j 0)
ডিফল্ট হল স্যাঞ্জার (কোন গুণমান প্রিন্ট শিফট নয়)
SAM আউটপুট ফাইলের স্যাঞ্জার প্রোটোকলে মানের স্কোর থাকা উচিত
অথবা আপনি এই পতাকা দিয়ে মুদ্রণ স্থানান্তর নির্দিষ্ট করতে পারেন:
-j, --গুণমান-প্রিন্ট-শিফ্ট=INT
আউটপুটে এই পরিমাণ দ্বারা FASTQ মানের স্কোর স্থানান্তর করুন (সাংগারের জন্য ডিফল্ট 0
প্রোটোকল; ইলুমিনা ইনপুটকে সেঞ্জার আউটপুটে পরিবর্তন করতে নির্বাচন করুন -31)
বাহ্যিক মানচিত্র ফাইল বিকল্প
-M, --mapdir=ডিরেক্টরি
মানচিত্র ডিরেক্টরি
-m, --মানচিত্র=iitfile
মানচিত্র ফাইল। যুক্তি যদি হয় '?' (উদ্ধৃতি সহ),
এই উপলব্ধ মানচিত্র ফাইল তালিকা.
-e, --ম্যাপেক্সন
প্রতিটি এক্সনকে আলাদাভাবে ম্যাপ করুন
-b, --ম্যাপবোথ
জিনোমের উভয় স্ট্র্যান্ড থেকে হিট রিপোর্ট করুন
-u, --পাশে থাকা=INT
ফ্ল্যাঙ্কিং হিট দেখান (ডিফল্ট 0)
--প্রিন্ট-মন্তব্য
প্রতিটি আঘাতের জন্য মন্তব্য লাইন দেখান
প্রান্তিককরণ আউটপুট বিকল্প
-N, --দৈর্ঘ্য
প্রান্তিককরণে কোন ইন্ট্রন দৈর্ঘ্য নেই
-I, --ইনভার্টমোড=INT
জিনোমিক (-) স্ট্র্যান্ডে প্রান্তিককরণের জন্য মোড: 0 = cDNA (ডিফল্ট) উল্টাবেন না
1=সিডিএনএ উল্টান এবং জিনোমিক (-) স্ট্র্যান্ড মুদ্রণ করুন 2=সিডিএনএ উল্টান এবং জিনোমিক মুদ্রণ করুন (+)
তীরভূমি
-i, --ইন্টরঙ্গপ=INT
নিউক্লিওটাইডগুলি ইনট্রনের প্রতিটি প্রান্তে দেখানো হবে (ডিফল্ট 3)
-l, -- মোড়ানো=INT
সারিবদ্ধকরণের জন্য মোড়ানো দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট 50)
ফিল্টারিং আউটপুট বিকল্প
--মিনিট-ট্রিমড-কভারেজ=ভাসা
এই মান কম ছাঁটা কভারেজ সহ প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করবেন না (ডিফল্ট=0.0, যা
কোন ফিল্টারিং মানে) নোট করুন যে chimeric প্রান্তিককরণ এটি নির্বিশেষে আউটপুট হবে
ছাঁকনি
--মিন-পরিচয়=ভাসা
এই মান কম পরিচয় সহ প্রান্তিককরণ প্রিন্ট করবেন না (ডিফল্ট=0.0, যার মানে নেই
ফিল্টারিং) মনে রাখবেন এই ফিল্টার নির্বিশেষে কাইমেরিক সারিবদ্ধকরণ আউটপুট হবে
সাহায্য বিকল্প
--চেক
কম্পাইলার অনুমান পরীক্ষা করুন
--সংস্করণ
সংস্করণ দেখান
--help এই সাহায্য বার্তা দেখান
GMAP স্যুটের অন্যান্য টুল /usr/lib/gmap-এ অবস্থিত
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmap ব্যবহার করুন