gmx-energy - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-energy - xvg ফাইলে শক্তি লেখে এবং গড় প্রদর্শন করে

সাইনোপিসিস

gmx শক্তি [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[- viol [<.xvg>]] [-জোড়া [<.xvg>]] [-ওরা [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-ওডা [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-ওটেন [<.xvg>]] [-কর [<.xvg>]]
[-ভিস [<.xvg>]] [- ravg [<.xvg>]] [-ওধ [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [- [না] w] [-xvg ] [-[কোন] ফি]
[-fetemp ] [-শূন্য ] [- [না] যোগফল] [-[না] ডিপি]
[-এনবিমিন ] [-nbmax ] [-[না]মুটোট] [-এড়িয়ে যান ]
[- [না] এভার] [-nmol ] [-[না]ফ্লাক্ট_প্রপস]
[-[না] ড্রিফ্টকর] [-[না] ফ্লাক] [-[না]ওরিনস্ট] [- [না] ovec]
[-acflen ] [-[না] স্বাভাবিক করা] [-P ]
[-fitfn ] [- শুরু করা ] [-এন্ডফিট ]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স শক্তি একটি শক্তি ফাইল থেকে শক্তি উপাদান বা দূরত্ব সংযম ডেটা বের করে। দ্য
ব্যবহারকারীকে ইন্টারেক্টিভভাবে পছন্দসই শক্তি শর্তাবলী নির্বাচন করতে অনুরোধ করা হয়।

গড়, RMSD, এবং ড্রিফ্ট সিমুলেশন থেকে সম্পূর্ণ নির্ভুলতার সাথে গণনা করা হয় (দেখুন
মুদ্রিত ম্যানুয়াল)। ড্রিফ্ট গণনা করা হয় a-তে ডেটার ন্যূনতম-বর্গক্ষেত্র ফিট করে
সোজা লাইন. রিপোর্ট করা মোট প্রবাহ হল প্রথম এবং শেষের ফিট পার্থক্য
বিন্দু গড় একটি ত্রুটি অনুমান 5 ব্লকের উপর একটি ব্লক গড় উপর ভিত্তি করে দেওয়া হয়
পূর্ণ-নির্ভুল গড় ব্যবহার করে। ত্রুটি অনুমান একাধিক ব্লক উপর সঞ্চালিত করা যেতে পারে
বিকল্পগুলির সাথে দৈর্ঘ্য -এনবিমিন এবং -nbmax. বিঃদ্রঃ যে অধিকাংশ ক্ষেত্রে শক্তি ফাইল
সমস্ত MD ধাপে গড় ধারণ করে, অথবা ফ্রেমের সংখ্যার চেয়ে অনেক বেশি পয়েন্ট
শক্তি ফাইল। এই তোলে জিএমএক্স শক্তি পরিসংখ্যান আউটপুট তুলনায় আরো সঠিক .xvg
আউটপুট যখন সঠিক গড় শক্তি ফাইলে উপস্থিত থাকে না, তখন পরিসংখ্যান উল্লেখ করা হয়
উপরে কেবলমাত্র একক, প্রতি-ফ্রেমের শক্তির মানগুলির উপরে রয়েছে।

ফ্লাকচুয়েশন শব্দটি RMSD-কে সর্বনিম্ন-বর্গক্ষেত্র ফিট করে।

কিছু ওঠানামা-নির্ভর বৈশিষ্ট্য সঠিক শক্তি শর্তাবলী প্রদান করে গণনা করা যেতে পারে
নির্বাচিত হয়, এবং যে কমান্ড লাইন বিকল্প -fluct_props দেওয়া হয়. পরবর্তী
বৈশিষ্ট্য গণনা করা হবে:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│সম্পত্তি │ শক্তি শর্তাবলী প্রয়োজন │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│তাপ ক্ষমতা C_p (NPT সিমস): │ এনথালপি, টেম্প │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│তাপ ক্ষমতা C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│তাপ সম্প্রসারণ coeff. (NPT): │ Enthalpy, Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│আইসোথার্মাল সংকোচনযোগ্যতা: │ ভলিউম, টেম্প │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│Adiabatic বাল্ক মডুলাস: │ Vol, Temp │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

আপনাকে সর্বদা অণুর সংখ্যা নির্ধারণ করতে হবে -nmol. C_p/C_v গণনা করে না
কোয়ান্টাম প্রভাবের জন্য কোনো সংশোধন অন্তর্ভুক্ত করুন। ব্যবহার জিএমএক্স এর আপনার যদি এটির প্রয়োজন হয় তবে প্রোগ্রাম (এবং
তুমি কর).

যখন - viol বিকল্প সেট করা হয়েছে, গড় লঙ্ঘনের সময় প্লট করা হয়েছে এবং চলছে
লঙ্ঘনের সময়-গড় এবং তাত্ক্ষণিক যোগফল পুনরায় গণনা করা হয়। উপরন্তু চলমান
নির্বাচিত জোড়ার মধ্যে সময়-গড় এবং তাত্ক্ষণিক দূরত্বের সাথে প্লট করা যেতে পারে
-জোড়া বিকল্প।

অপশন সমূহ -ওরা, -ort, -ওডা, -odr এবং -odt অভিযোজন সংযম ডেটা বিশ্লেষণের জন্য ব্যবহৃত হয়।
প্রথম দুটি বিকল্প অভিযোজন প্লট, শেষ তিনটি বিচ্যুতি
পরীক্ষামূলক মান থেকে অভিযোজন। একটি 'a' প্লটে শেষ হওয়া বিকল্পগুলি
সংযমের একটি ফাংশন হিসাবে সময়ের সাথে গড়। একটি 't' এ শেষ হওয়া বিকল্পগুলি প্রম্পট করে
সংযম লেবেল সংখ্যার জন্য ব্যবহারকারী এবং সময়ের একটি ফাংশন হিসাবে ডেটা প্লট। বিকল্প -odr
সংযমের একটি ফাংশন হিসাবে RMS বিচ্যুতি প্লট করে। যখন রান ব্যবহৃত সময় বা ensemble
গড় অভিযোজন সীমাবদ্ধতা, বিকল্প -orinst তাৎক্ষণিক বিশ্লেষণ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে,
সময় এবং ensemble পরিবর্তে ensemble-গড় অভিযোজন এবং বিচ্যুতি না
গড়

পছন্দ -ওটেন প্রতিটি ওরিয়েন্টেশনের জন্য আণবিক অর্ডার টেনসরের eigenvalue প্লট করে
সংযম পরীক্ষা। বিকল্প সহ -ওভেক এছাড়াও eigenvectors প্লট করা হয়.

পছন্দ -ওধ মুক্ত শক্তির ডেটা বের করে এবং প্লট করে (হ্যামিলটিয়ান পার্থক্য এবং/অথবা
হ্যামিলটোনিয়ান ডেরিভেটিভ ডিএইচডিএল) থেকে ener.edr ফাইল.

সঙ্গে - ফি একটি আদর্শ গ্যাসের সাথে মুক্ত-শক্তির পার্থক্যের জন্য একটি অনুমান গণনা করা হয়
অবস্থা:

ডেল্টা A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
ডেল্টা G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

যেখানে k বোল্টজম্যানের ধ্রুবক, T দ্বারা সেট করা হয় -fetemp এবং গড় ensemble উপর হয়
(অথবা একটি গতিপথে সময়) মনে রাখবেন যে এটি শুধুমাত্র গড় করার সময় নীতিগতভাবে সঠিক
পুরো (বোল্টজম্যান) এনসেম্বল এবং সম্ভাব্য শক্তি ব্যবহার করে। এই জন্য অনুমতি দেয়
ব্যবহার করে একটি এনট্রপি অনুমান:

ডেল্টা S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - ডেল্টা এ)/টি
ডেল্টা S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - ডেল্টা G)/T

যখন একটি দ্বিতীয় শক্তি ফাইল নির্দিষ্ট করা হয় (-f2), একটি মুক্ত শক্তি পার্থক্য গণনা করা হয়:

dF = -kT ln( _ক),

যেখানে E_A এবং E_B হল প্রথম এবং দ্বিতীয় শক্তি ফাইল থেকে পাওয়া শক্তি এবং গড়
এনসেম্বল A এর উপরে। মুক্ত শক্তির পার্থক্যের চলমান গড় a এ মুদ্রিত হয়
দ্বারা নির্দিষ্ট করা ফাইল - ravg. বিঃদ্রঃ যে শক্তি উভয় একই থেকে গণনা করা আবশ্যক
ট্রাজেক্টোরি

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.edr>] (ener.edr)
শক্তি ফাইল

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (ঐচ্ছিক)
শক্তি ফাইল

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (ঐচ্ছিক)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.xvg>] (energy.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

- viol [<.xvg>] (violaver.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-জোড়া [<.xvg>] (pairs.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ওরা [<.xvg>] (orienta.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ওডা [<.xvg>] (orideva.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ওটেন [<.xvg>] (oriten.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-কর [<.xvg>] (enecorr.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ভিস [<.xvg>] (visco.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

- ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

-ওধ [<.xvg>] (dhdl.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)

-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)

- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

-[কোন] ফি (NO)
একটি বিনামূল্যে শক্তি অনুমান করুন

-fetemp (300)
বিনামূল্যে শক্তি গণনার জন্য রেফারেন্স তাপমাত্রা

-শূন্য (0)
একটি শূন্য-বিন্দু শক্তি বিয়োগ করুন

- [না] যোগফল (NO)
সবগুলো প্রদর্শন না করে নির্বাচিত শক্তি পদের যোগফল

-[না] ডিপি (NO)
উচ্চ নির্ভুলতা মধ্যে শক্তি মুদ্রণ

-এনবিমিন (5)
ত্রুটি অনুমানের জন্য ব্লকের ন্যূনতম সংখ্যা

-nbmax (5)
ত্রুটি অনুমানের জন্য ব্লকের সর্বাধিক সংখ্যা

-[না]মুটোট (NO)
উপাদানগুলি থেকে মোট ডাইপোল মুহূর্ত গণনা করুন

-এড়িয়ে যান (0)
ডেটা পয়েন্টের মধ্যে ফ্রেমের সংখ্যা এড়িয়ে যান

- [না] এভার (NO)
এছাড়াও শক্তি ফ্রেমে সংরক্ষিত সঠিক গড় এবং rmsd প্রিন্ট করুন (শুধুমাত্র যখন 1 টার্ম
অনুরোধ করা হচ্ছে)

-nmol (1)
আপনার নমুনায় অণুর সংখ্যা: শক্তিগুলি এই সংখ্যা দ্বারা বিভক্ত

-[না]ফ্লাক্ট_প্রপস (NO)
শক্তির ওঠানামার উপর ভিত্তি করে বৈশিষ্ট্য গণনা করুন, যেমন তাপ ক্ষমতা

-[না] ড্রিফ্টকর (NO)
শুধুমাত্র ওঠানামা বৈশিষ্ট্য গণনার জন্য দরকারী. মধ্যে প্রবাহ
ওঠানামা বৈশিষ্ট্য গণনা করার আগে পর্যবেক্ষণযোগ্য বিয়োগ করা হবে।

-[না] ফ্লাক (NO)
শক্তির পরিবর্তনের স্বয়ংক্রিয় সম্পর্ক গণনা করুন

-[না]ওরিনস্ট (NO)
তাত্ক্ষণিক অভিযোজন ডেটা বিশ্লেষণ করুন

- [না] ovec (NO)
এছাড়াও eigenvectors সঙ্গে প্লট -ওটেন

-acflen (-1)
ACF এর দৈর্ঘ্য, ডিফল্ট ফ্রেমের সংখ্যার অর্ধেক

-[না] স্বাভাবিক করা (হ্যাঁ)
ACF কে স্বাভাবিক করুন

-P (0)
ACF এর জন্য Legendre বহুপদীর ক্রম (0 কোনটি নির্দেশ করে না): 0, 1, 2, 3

-fitfn (কিছুই নয়)
ফিট ফাংশন: কিছুই নয়, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

- শুরু করা (0)
পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের সূচকীয় ফিট শুরু করার সময়

-এন্ডফিট (-1)
সময় যেখানে পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের সূচকীয় ফিট শেষ হবে, -1 হল পর্যন্ত
শেষ

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-energy ব্যবহার করুন