এটি হল gmx-helix কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-helix - আলফা হেলিক্সের মৌলিক বৈশিষ্ট্য গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx হেলিক্স [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-আর 0 ] [- [না] q] [-[না]এফ]
[-[না] ডিবি] [-[না]ইভ] [-ahxstart ] [-ahxend ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স হেলিক্স হেলিক্স বৈশিষ্ট্য সব ধরনের গণনা. প্রথমত, পেপটাইড খুঁজে বের করতে পরীক্ষা করা হয়
দীর্ঘতম হেলিকাল অংশ, হাইড্রোজেন বন্ড এবং phi/psi কোণ দ্বারা নির্ধারিত। যে বিট হয়
চারপাশে একটি আদর্শ হেলিক্স লাগানো z-অক্ষ এবং উৎপত্তির চারপাশে কেন্দ্রীভূত। এরপর
নিম্নলিখিত বৈশিষ্ট্য গণনা করা হয়:
· হেলিক্স ব্যাসার্ধ (ফাইল radius.xvg) এটি শুধুমাত্র দুটি মাত্রায় RMS বিচ্যুতি
সমস্ত ক্যালফা পরমাণুর জন্য। এটি sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) হিসাবে গণনা করা হয় যেখানে N
মেরুদণ্ডের পরমাণুর সংখ্যা। একটি আদর্শ হেলিক্সের জন্য ব্যাসার্ধ হল 0.23 nm।
· টুইস্ট (ফাইল twist.xvg) প্রতি অবশিষ্টাংশের গড় হেলিকাল কোণ গণনা করা হয়। একটি জন্য
আলফা-হেলিক্স এটি 100 ডিগ্রি, 3-10 হেলিসের জন্য এটি ছোট হবে এবং 5-হেলিসের জন্য
এটা বড় হবে।
· অবশিষ্টাংশ প্রতি বৃদ্ধি (ফাইল rise.xvg) অবশিষ্টাংশ প্রতি হেলিকাল বৃদ্ধি হিসাবে প্লট করা হয়
মধ্যে পার্থক্য z- ক্যালফা পরমাণুর মধ্যে সমন্বয় সাধন। একটি আদর্শ হেলিক্সের জন্য, এটি 0.15 এনএম।
· মোট হেলিক্স দৈর্ঘ্য (ফাইল len-ahx.xvg) হেলিক্সের মোট দৈর্ঘ্য nm. এই
কেবল গড় বৃদ্ধি (উপরে দেখুন) হেলিকাল অবশিষ্টাংশের সংখ্যা (নীচে দেখুন)।
· হেলিক্স ডাইপোল, ব্যাকবোন শুধুমাত্র (ফাইল dip-ahx.xvg).
· আদর্শ হেলিক্স থেকে RMS বিচ্যুতি, শুধুমাত্র ক্যালফা পরমাণুর জন্য গণনা করা হয় (ফাইল
rms-ahx.xvg).
গড় ক্যালফা - ক্যালফা ডিহেড্রাল অ্যাঙ্গেল (ফাইল phi-ahx.xvg).
· গড় phi এবং psi কোণ (ফাইল phipsi.xvg).
· হার্স্ট এবং ব্রুকস অনুসারে 222 এনএমে উপবৃত্তাকার।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ইনডেক্স ফাইল
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-আর 0 (1)
অনুক্রমের প্রথম অবশিষ্টাংশ সংখ্যা
- [না] q (NO)
প্রতিটি ধাপে অনুক্রমের কোন অংশটি হেলিকাল তা পরীক্ষা করুন
-[না]এফ (হ্যাঁ)
একটি নিখুঁত হেলিক্সে ফিট টগল করুন
-[না] ডিবি (NO)
ডিবাগ তথ্য মুদ্রণ করুন
-[না]ইভ (NO)
ED-এর জন্য একটি নতুন 'ট্রাজেক্টোরি' ফাইল লিখুন
-ahxstart (0)
হেলিক্সে প্রথম অবশিষ্টাংশ
-ahxend (0)
হেলিক্সের শেষ অবশিষ্টাংশ
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-helix ব্যবহার করুন