এটি হল gt-ltrharvest কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gt-ltrharvest - LTR retrotransposons পূর্বাভাস।
সাইনোপিসিস
gt ফসল কাটা [বিকল্প...] -সূচী
বর্ণনাঃ
- সূচক [স্ট্রিং]
বর্ধিত প্রত্যয় অ্যারে সূচকের নাম উল্লেখ করুন (আবশ্যিক) (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-আরঙ্গ [শুরু শেষ]
ইনপুট ক্রম(গুলি) এর মধ্যে পরিসীমা নির্দিষ্ট করুন যেখানে LTR জোড়া অনুসন্ধান করা হয় (ডিফল্ট:
[০..০])
-বীজ [মূল্য]
সঠিক পুনরাবৃত্তির জন্য ন্যূনতম বীজের দৈর্ঘ্য নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 30)
-minlenltr [মূল্য]
প্রতিটি LTR এর জন্য ন্যূনতম দৈর্ঘ্য নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 100)
-maxlenltr [মূল্য]
প্রতিটি LTR এর জন্য সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 1000)
-mindistltr [মূল্য]
LTR স্টার্টপজিশনের ন্যূনতম দূরত্ব নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 1000)
-maxdistltr [মূল্য]
LTR স্টার্টপজিশনের সর্বোচ্চ দূরত্ব নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 15000)
-অনুরূপ [মূল্য]
পরিসীমা [1..100%] (ডিফল্ট: 85.000000) এর মধ্যে মিলের প্রান্তিকতা নির্দিষ্ট করুন
-mintsd [মূল্য]
প্রতিটি টিএসডির জন্য ন্যূনতম দৈর্ঘ্য নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 4)
-maxtsd [মূল্য]
প্রতিটি TSD এর জন্য সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 20)
- মোটিফ [স্ট্রিং]
2 নিউক্লিওটাইড স্টার্টমোটিফ + 2 নিউক্লিওটাইড এন্ডমোটিফ নির্দিষ্ট করুন: ** (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
- মোটিফিস [মূল্য]
মোটিফ [0,3] (ডিফল্ট: 4) এ সর্বাধিক সংখ্যক অমিল উল্লেখ করুন
-ভিক [মূল্য]
নিউক্লিওটাইডের সংখ্যা নির্দিষ্ট করুন (বাম এবং ডানে) যা অনুসন্ধান করা হবে
টিএসডি এবং/অথবা মোটিফের জন্য পূর্বাভাসিত LTR রেট্রোট্রান্সপোসনের 5' এবং 3' সীমানার কাছাকাছি
(ডিফল্ট: 60)
-ওভারল্যাপ [...]
উল্লেখ করুন কোন|সর্বোত্তম|সমস্ত (ডিফল্ট: সেরা)
-এক্সড্রপ [মূল্য]
এক্সটেনশন-সারিবদ্ধকরণের জন্য xdropbelowscore নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 5)
- মাদুর [মূল্য]
এক্সটেনশন-সারিবদ্ধকরণের জন্য ম্যাচস্কোর নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: 2)
-মিস [মূল্য]
এক্সটেনশন-সারিবদ্ধকরণের জন্য অমিল স্কোর নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: -2)
-ins [মূল্য]
এক্সটেনশন-সারিবদ্ধকরণের জন্য সন্নিবেশ স্কোর নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: -3)
-ডেল [মূল্য]
এক্সটেনশন-সারিবদ্ধকরণের জন্য মুছে ফেলার স্কোর নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: -3)
-v [হ্যাঁ|না]
ভার্বোস মোড (ডিফল্ট: না)
- ট্যাবউট [হ্যাঁ|না]
প্রদর্শনী পুরাতন stdout-এ GFF3 এর পরিবর্তে ট্যাবুলার আউটপুট (ডিফল্ট: হ্যাঁ)
-সেকিদস [হ্যাঁ|না]
GFF3 আউটপুটে ক্রম সংখ্যার পরিবর্তে ক্রম বিবরণ ব্যবহার করুন (ডিফল্ট: না)
-md5 [হ্যাঁ|না]
GFF5 আউটপুটে seqids এ MD3 হ্যাশ যোগ করুন (ডিফল্ট: না)
-লংআউটপুট [হ্যাঁ|না]
অতিরিক্ত মোটিফ/টিএসডি আউটপুট (ডিফল্ট: না)
-out [স্ট্রিং]
FASTA আউটপুট ফাইলের নাম নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
- বহিরাগত [স্ট্রিং]
অভ্যন্তরীণ অঞ্চলগুলির জন্য FASTA আউটপুট ফাইলের নাম নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-gff3 [স্ট্রিং]
GFF3 আউটপুট ফাইলের নাম নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-অফসেট [মূল্য]
GFF3 স্থানাঙ্কে অফসেট যোগ করা হয়েছে (ডিফল্ট: 0)
-স্ক্যান [হ্যাঁ|না]
সম্পূর্ণরূপে মেমরিতে ম্যাপ করার পরিবর্তে সূচীটিকে ক্রমানুসারে স্ক্যান করুন (ডিফল্ট: হ্যাঁ)
-হেল্প
মৌলিক বিকল্প এবং প্রস্থানের জন্য সাহায্য প্রদর্শন করুন
-সহায়তা+
সমস্ত বিকল্পের জন্য সাহায্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
-version
সংস্করণ তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
অতিরিক্ত তথ্য
বিস্তারিত তথ্যের জন্য, অনুগ্রহ করে ltrharvest এর ম্যানুয়াল পড়ুন।
প্রতিবেদনের বাগ
বাগ রিপোর্ট করুনgt-users@genometools.org>.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gt-ltrharvest ব্যবহার করুন