এটি hhsearch কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
hhsearch - একটি ক্যোয়ারী সারিবদ্ধকরণ বা HMM ক্যোয়ারী সহ HMM এর একটি ডাটাবেস অনুসন্ধান করুন
সাইনোপিসিস
hhsearch -i প্রশ্ন -d ডাটাবেজ [অপশন]
বর্ণনাঃ
HHsearch সংস্করণ 2.0.16 (জানুয়ারি 2013) একটি ক্যোয়ারী প্রান্তিককরণ সহ HMM-এর একটি ডাটাবেস অনুসন্ধান করুন বা
প্রশ্ন এইচএমএম (সি) জোহানেস সোডিং, মাইকেল রেমার্ট, আন্দ্রেয়াস বিগার্ট, আন্দ্রেস হাউসার সোডিং,
J. HMM-HMM তুলনা দ্বারা প্রোটিন হোমোলজি সনাক্তকরণ। বায়োইনফরমেটিক্স 21:951-960 (2005)।
-i
ইনপুট/কোয়েরি একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ (a2m, a3m, FASTA) বা HMM
-d
hhm, HMMER, বা a3m ফরম্যাটে, অথবা, যদি ফাইল থাকে
এক্সটেনশন পাল, HMM ফাইলের নামের তালিকা, প্রতি লাইনে একটি। একাধিক dbs, HMMs, বা pal
সঙ্গে ফাইল -d ' ...'
জুড়ে 'stdin' বা 'stdout' হতে পারে।
আউটপুট বিকল্প:
-o
ফাইলে স্ট্যান্ডার্ড ফরম্যাটে ফলাফল লিখুন (default= )
-অফাস
FASTA ফরম্যাটে অ্যানালগাস-এ উল্লেখযোগ্য ম্যাচের জোড়া সারিবদ্ধকরণ লিখুন
a3m, a2m, এবং psi ফরম্যাটে আউটপুট (যেমন -Oa3m)
-oa3 মি
a3m, psi-এ আউটপুটের জন্য এনালগাস a2m ফরম্যাটে উল্লেখযোগ্য মিলের MSA লিখুন,
এবং hhm বিন্যাস (যেমন -ওহম)
-e [0,1]
একাধিক প্রান্তিককরণে অন্তর্ভুক্তির জন্য ই-মান কাটঅফ (def=0.001)
-সেক
সর্বোচ্চ ক্যোয়ারী/টেমপ্লেট সিকোয়েন্সের সংখ্যা প্রদর্শিত (def=1) ওভারফ্লো থেকে সাবধান! সব
এই ক্রমগুলি মেমরিতে সংরক্ষণ করা হয়।
-অপরাধ ক্যোয়ারী MSA-এর মাস্টার সিকোয়েন্স হিসেবে সম্মতি ক্রম দেখান
-নোকনস
প্রান্তিককরণে ঐকমত্য ক্রম দেখাবেন না (ডিফল্ট=দেখান)
-নোপ্রেড
প্রান্তিককরণে পূর্বাভাসিত ২য় কাঠামো দেখাবেন না (ডিফল্ট=শো)
-nodssp
প্রান্তিককরণে DSSP 2ndary স্ট্রাকচার দেখাবেন না (default=show)
-ssconf
প্রান্তিককরণে পূর্বাভাসিত ২য় কাঠামোর জন্য আত্মবিশ্বাস দেখান
-p
সারাংশ এবং প্রান্তিককরণ তালিকায় ন্যূনতম সম্ভাবনা (def=20)
-E
সারাংশ এবং প্রান্তিককরণ তালিকায় সর্বাধিক ই-মান (def=1E+06)
-Z
সারাংশ হিট লিস্টে সর্বোচ্চ সংখ্যক লাইন (def=500)
-z
সারাংশ হিট লিস্টে ন্যূনতম সংখ্যক লাইন (def=10)
-B
প্রান্তিককরণ তালিকায় সর্বাধিক সংখ্যক প্রান্তিককরণ (def=500)
-b
প্রান্তিককরণ তালিকায় সর্বনিম্ন সংখ্যার প্রান্তিককরণ (def=10)
-আলিউ [40, ..
প্রান্তিককরণ তালিকায় প্রতি লাইনে কলামের সংখ্যা (def=80)
-dbstrlen
ডাটাবেস স্ট্রিং এর সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য hhr ফাইলে প্রিন্ট করতে হবে
ফিল্টার ক্যোয়ারী একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণ
-আইডি [0,100] সর্বাধিক পেয়ারওয়াইজ সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (%) (def=90)
- পার্থক্য [0, inf[
অন্তত এই অনেকগুলি রেখে সর্বাধিক বৈচিত্র্যপূর্ণ সিকোয়েন্স নির্বাচন করে MSA ফিল্টার করুন
50 (def=100) দৈর্ঘ্যের প্রতিটি MSA ব্লকে seq
-cov [0,100] ক্যোয়ারী সহ সর্বনিম্ন কভারেজ (%) (def=0)
-কিদ [0,100] ক্যোয়ারী সহ ন্যূনতম সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (%) (def=0)
-qsc [0,100] কোয়েরি সহ কলাম প্রতি সর্বনিম্ন স্কোর (def=-20.0)
-নেফ [1, inf]
প্রান্তিককরণের লক্ষ্য বৈচিত্র্য (ডিফল্ট=বন্ধ)
ইনপুট শ্রেণীবিন্যাস বিন্যাস:
-M a2m ব্যবহার করুন A2M/A3M (ডিফল্ট): বড় হাতের অক্ষর = ম্যাচ; Lower case = সন্নিবেশ; '-' = মুছুন; '।' =
সন্নিবেশের সাথে সারিবদ্ধ ফাঁক (বাদ দেওয়া হতে পারে)
-M প্রথম
FASTA ব্যবহার করুন: 1ম অনুক্রমের অবশিষ্টাংশ সহ কলামগুলি হল ম্যাচ স্টেট
-M [0,100]
FASTA ব্যবহার করুন: X% এর কম ফাঁক সহ কলামগুলি হল ম্যাচ স্টেট
-ট্যাগ হিস-, সি-মাইক-, ফ্ল্যাগ-ট্যাগ এবং ট্রিপসিন স্বীকৃতি ক্রমকে নিরপেক্ষ করবেন না
পটভূমি বিতরণ
HMM-HMM শ্রেণীবিন্যাস বিকল্প:
-নরেলাইন
MAC অ্যালগরিদম (def=realign) দিয়ে প্রদর্শিত হিটগুলিকে পুনরায় সাজান না
-ম্যাক্ট [০,১
ম্যাক রি-অ্যালাইনমেন্ট (def=0.350) প্যারামিটার কন্ট্রোলের জন্য পোস্টেরিয়র প্রোবাবিলিটি থ্রেশহোল্ড
প্রান্তিককরণ লোভ: 0: বিশ্ব > 0.1: স্থানীয়
-গ্লোব/-loc
সার্চ/র্যাঙ্কিংয়ের জন্য গ্লোবাল/লোকাল অ্যালাইনমেন্ট মোড ব্যবহার করুন (def=স্থানীয়)
-alt
এই অনেকগুলি উল্লেখযোগ্য বিকল্প প্রান্তিককরণ দেখান(def=2)
-ভিট অনুসন্ধান/র্যাঙ্কিংয়ের জন্য ভিটারবি অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন (ডিফল্ট)
-ম্যাক সার্চ/র্যাঙ্কিংয়ের জন্য সর্বোচ্চ নির্ভুলতা (MAC) অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন
- সামনে
অনুসন্ধানের জন্য ফরোয়ার্ড সম্ভাবনা ব্যবহার করুন
-এক্সক্ল
প্রান্তিককরণ থেকে ক্যোয়ারী পজিশন বাদ দিন, যেমন '1-33,97-168'
- শিফট [-১,১]
স্কোর অফসেট (def=-0.03)
-কর [0,1]
জোড়া পারস্পরিক সম্পর্কের মেয়াদের ওজন (def=0.10)
-sc অ্যামিনো অ্যাসিড স্কোর (tja: টেমপ্লেট HMM কলাম j এ) (def=1)
0 = log2 যোগফল(tja*qia/pa) (pa: aa ব্যাকগ্রাউন্ড ফ্রিকোয়েন্সি)
1 = log2 যোগফল(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )
2 = log2 যোগফল(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs in টেমপ্লেট)
3 = log2 যোগফল(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs in query)
5 স্থানীয় অ্যামিনো অ্যাসিড রচনা সংশোধন
-ssm {0,...,4}
0: কোন ss স্কোরিং নেই 1,2: ss স্কোরিং পরে বা প্রান্তিককরণের সময় [ডিফল্ট=2] 3,4: ss
প্রান্তিককরণের পরে বা সময় স্কোরিং, পূর্বাভাসিত বনাম পূর্বাভাসিত
-ssw [0,1] কলাম স্কোরের তুলনায় ss স্কোরের ওজন (def=0.11)
-সা [0,1] SS প্রতিস্থাপন ম্যাট্রিক্স = (1-ssa)*I + ssa*পূর্ণ-SS-সাবস্টিটিউশন-ম্যাট্রিক্স
[def=1.00)
ফাঁক মূল্য বিকল্প:
-গপবি [0, inf[
ট্রানজিশন সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=1.00)
- gapd [0, inf[
ওপেন গ্যাপের জন্য ট্রানজিশন সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (ডিফল্ট=0.15)
- ফাঁক [0,1.5]
প্রসারিত ব্যবধানের জন্য ট্রানজিশন সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=1.00)
- gapf ]0, inf]
মুছে ফেলার জন্য ফাঁক খোলা জরিমানা বৃদ্ধি/কমানোর ফ্যাক্টর (def=0.60)
- gapg ]0, inf]
সন্নিবেশের জন্য ফাঁক খোলা জরিমানা বৃদ্ধি/কমানোর ফ্যাক্টর (def=0.60)
-গফ ]0, inf]
ব্যবধান বাড়াতে/কমানোর ফ্যাক্টর ডিলিট করার জন্য জরিমানা বাড়ায়(def=0.60)
-গাপি ]0, inf]
ব্যবধান বাড়াতে/কমানোর ফ্যাক্টর সন্নিবেশের জন্য জরিমানা বাড়ায়(def=0.60)
-egq [0,inf[ জরিমানা (বিট) কোয়েরির অবশিষ্টাংশের সাথে সারিবদ্ধ শেষ ফাঁকগুলির জন্য (def=0.00)
-যেমন টেমপ্লেট অবশিষ্টাংশের সাথে সারিবদ্ধ শেষ ফাঁকগুলির জন্য [0,inf[ জরিমানা (বিট) (def=0.00)
সিউডোকাউন্ট (পিসি) বিকল্প:
-পিসিএম {0,...,3}
পিসি মিশ্রনের অবস্থান নির্ভরতা 'টাউ' (পিসি মোড, ডিফল্ট = 2) 0: কোন ছদ্ম গণনা নেই:
tau = 0 1: ধ্রুবক tau = a 2: বৈচিত্র্য-নির্ভর: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: কলাম i এর আশেপাশে স্থানীয় MSA-তে কার্যকর সিকিউয়ের সংখ্যা)
3: ধ্রুবক বৈচিত্র্য সিউডোকাউন্টস
-পিসিএ [0,1] সামগ্রিক সিউডোকাউন্ট মিশ্রণ (def=1.0)
-পিসিবি [1,inf[ এর জন্য Neff থ্রেশহোল্ড মান -পিসিএম 2 (def=1.5)
-পিসিসি [0,3] বিলুপ্তির সূচক গ এর জন্য -পিসিএম 2 (def=1.0)
প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট ছদ্ম-গণনা:
-nocontxt
প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট সিউডোকাউন্টের পরিবর্তে প্রতিস্থাপন-ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করুন
-contxt প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট pseudocounts গণনার জন্য প্রসঙ্গ ফাইল
(default=./data/context_data.lib)
-cslib
দ্রুত ডাটাবেস প্রিফিল্টারিংয়ের জন্য কলাম স্টেট ফাইল (default=./data/cs219.lib)
-csw CS pseudocount মোডে কেন্দ্রীয় অবস্থানের ওজন [0,inf] (def=1.6)
-সিএসবি [0,1] CS পিসি মোডে অবস্থানের জন্য ওজন ক্ষয় পরামিতি (def=0.9)
অন্যান্য বিকল্প:
-সিপিইউ
ব্যবহার করার জন্য CPU এর সংখ্যা (শেয়ার করা মেমরি এসএমপিগুলির জন্য) (ডিফল্ট = 1)
-v
ভার্বোজ মোড: 0:কোনও স্ক্রীন আউটপুট নেই 1:শুধুমাত্র ওয়ারিংস 2: ভার্বোস
-maxres
HMM কলামের সর্বাধিক সংখ্যা (def=15002)
-ম্যাক্সমেম [1,inf[ GB তে সর্বাধিক উপলব্ধ মেমরি (def=3.0)
-স্কোর ফাইলে সব জোড়ার তুলনার জন্য স্কোর লিখুন
- শান্ত {0,...,3} 0:query 1:টেমপ্লেট 2:উভয়-এর পরীক্ষামূলক স্কোর ক্রমাঙ্কন
ডিফল্ট 3: EVD প্যারামের নিউরাল নেটওয়ার্ক-ভিত্তিক অনুমান
উদাহরণ: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে hhsearch ব্যবহার করুন