ipcress - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

ipcress - ইন-সিলিকো পিসিআর পরীক্ষার সিমুলেশন সিস্টেম

সাইনোপিসিস

ipcress [ অপশন ] <প্রাইমার ফাইল> <ক্রম পথ >

বর্ণনাঃ

ipcress হয় In-সিলিকো পিসিআর Eএক্সপেরিমেন্ট Sঅনুকরণ Sসিস্টেম

এটি পিসিআর পরীক্ষা-নিরীক্ষার অনুকরণের একটি হাতিয়ার। আপনি প্রাইমার ধারণকারী একটি ফাইল সরবরাহ করুন
এবং ক্রমগুলির একটি সেট, এবং এটি পিসিআর পণ্যগুলির পূর্বাভাস দেয়।

Ipcress NCBI থেকে ই-PCR প্রোগ্রামের অনুরূপ, কিন্তু অনেক দ্রুত, এবং না
প্রাইমারের কাছাকাছি অস্পষ্টতা চিহ্ন থাকলে মিল শনাক্ত করতে সমস্যা হয়
শেষ।

আপনি যদি একসাথে অনেক প্রাইমার জোড়া সরবরাহ করেন, তাহলে ipcress PCR পরীক্ষাগুলি অনুকরণ করবে
সমান্তরাল, বিপুল সংখ্যক পরীক্ষার জিনোম ওয়াইড সিমুলেশনের অনুমতি দেয়। এটা অনেক ব্যবহার করে
থেকে লাইব্রেরি ক্ষালন করা ক্রম তুলনা টুল।

ইনপুট বিন্যাসে

ipcress-এর জন্য ইনপুট হল একটি সাধারণ সাদা-স্পেস সীমাবদ্ধ ফাইল যা প্রতি একটি পরীক্ষা বর্ণনা করে
লাইন প্রতিটি লাইনে নিম্নলিখিত 5টি ক্ষেত্র রয়েছে:

id এই পরীক্ষার জন্য একটি শনাক্তকারী
primer_A প্রথম প্রাইমারের জন্য ক্রম
primer_B দ্বিতীয় প্রাইমারের জন্য ক্রম
min_product_len রিপোর্ট করার জন্য ন্যূনতম পণ্যের দৈর্ঘ্য
max_product_len রিপোর্ট করার জন্য পণ্যের সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য

এখানে এই বিন্যাসে একটি উদাহরণ লাইন আছে:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

আউটপুট বিন্যাসে

আউটপুট বিন্যাস প্রতি লাইনে একটি পিসিআর পণ্য বর্ণনা করে,
এবং "ipcress:" দ্বারা উপসর্গযুক্ত, নিম্নলিখিত 11টি ক্ষেত্র অনুসরণ করে:

sequence_id ক্রম শনাক্তকারী
পরীক্ষা_আইডি পিসিআর পরীক্ষা আইডি
পণ্য_দৈর্ঘ্য পিসিআর পণ্যের দৈর্ঘ্য
প্রাইমার_5 5' প্রাইমার (হয় A বা B)
pos_5 5' প্রাইমারের অবস্থান
অমিল_5 5' প্রাইমারে অমিলের সংখ্যা
প্রাইমার_3 |
pos_3 | 3' প্রাইমারের জন্য একই ক্ষেত্র
অমিল_3 |
বিবরণ পিসিআর পণ্যের একটি বিবরণ

বর্ণনা ক্ষেত্রটি নিম্নলিখিত 4টি স্ট্রিংগুলির মধ্যে একটি:

অগ্রবর্তী সাধারণ পণ্য, প্রাইমার A এর পরে B
revcomp সাধারণ পণ্য, প্রাইমার B এর পরে A
একক_এ শুধুমাত্র primer_A দ্বারা উত্পন্ন খারাপ পণ্য
একক_বি শুধুমাত্র primer_B দ্বারা উত্পন্ন খারাপ পণ্য

এছাড়াও একটি মানব-পঠনযোগ্য আউটপুট প্রদর্শিত হয়, পার্সিংয়ের জন্য ডিজাইন করা হয়নি (দেখুন:
--বেশ নিচে)।

সাধারণ বিকল্প

বেশিরভাগ আর্গুমেন্টের সংক্ষিপ্ত এবং দীর্ঘ ফর্ম আছে। দীর্ঘ ফর্ম
সময়ের সাথে সাথে স্থিতিশীল হওয়ার সম্ভাবনা বেশি, এবং তাই স্ক্রিপ্টগুলিতে ব্যবহার করা উচিত যা
ipcress কল করুন।

-h | -- সংক্ষিপ্ত সাহায্য
সাহায্য দেখান। এটি উপলব্ধ বিকল্প, ডিফল্টগুলির একটি সংক্ষিপ্ত সারাংশ প্রদর্শন করবে
এবং মান বর্তমানে সেট করা হয়েছে।

--help
এটি ডিফল্ট, বর্তমানে সেট করা মান সহ সমস্ত সহায়তা বিকল্পগুলি দেখায়,
এবং পরিবেশ পরিবর্তনশীল যা প্রতিটি প্যারামিটার সেট করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। সেখানে হবে
কোন বিকল্পগুলি বাধ্যতামূলক তার একটি ইঙ্গিত হতে পারে৷ বাধ্যতামূলক বিকল্প কোন আছে
ডিফল্ট, এবং ipcress চালানোর জন্য একটি মান সরবরাহ করা আবশ্যক। যদি বাধ্যতামূলক বিকল্প
ক্রমানুসারে ব্যবহার করা হয়, তাদের পতাকা কমান্ড লাইন থেকে এড়িয়ে যেতে পারে (উদাহরণ দেখুন
নিচে). এই ম্যান পেজ থেকে ভিন্ন, এই বিকল্প থেকে তথ্য সবসময় আপ থাকবে
প্রোগ্রামের সর্বশেষ সংস্করণের সাথে তারিখ থেকে

-v | --সংস্করণ
সংস্করণ নম্বর প্রদর্শন করুন। এছাড়াও অন্যান্য তথ্য যেমন বিল্ড তারিখ প্রদর্শন করে
এবং গ্লিব সংস্করণ ব্যবহার করা হয়েছে।

ফাইল ইনপুট বিকল্প

-i | --ইনপুট
উপরে বর্ণিত ipcress ফাইল বিন্যাসে PCR পরীক্ষার ডেটা।

-s | --ক্রম
ক্রমগুলি নির্দিষ্ট করুন। একাধিক ফাইল এখানে নির্দিষ্ট করা হতে পারে, যা FSM কমিয়ে দেয়
ওভারহেড তৈরি করে, এবং ipcress প্রক্রিয়া চালানোর চেয়ে দ্রুত চালায়
আলাদাভাবে।

আইপিপ্রেস প্যারামিটার

-m | --অমিল
প্রাইমার প্রতি অনুমোদিত অমিলের সংখ্যা উল্লেখ করুন। অমিলের অনুমতি দিলে কমে যায়
একটি বৃহৎ প্রাইমার আশেপাশের হিসাবে প্রোগ্রামের গতি নির্মাণ করা আবশ্যক, এবং
সিকোয়েন্সের প্রতিটি স্ক্যান করার আগে কম পরীক্ষা মেমরিতে লাগানো যেতে পারে
ডাটাবেস।

-M | --স্মৃতি
প্রোগ্রামটি যে পরিমাণ মেমরি ব্যবহার করবে তা নির্দিষ্ট করুন। যত বেশি স্মৃতি তৈরি হয়
উপলব্ধ ipcress, এটি দ্রুত চলবে, কারণ আরও পিসিআর পরীক্ষা চালানো যেতে পারে
সিকোয়েন্স ডাটাবেসের প্রতিটি স্ক্যানে। এই সময় ব্যবহৃত মেমরি অন্তর্ভুক্ত নয়
স্ক্যান (আংশিক ফলাফল এবং ক্রম সংরক্ষণের জন্য), তাই প্রকৃত পরিমাণ
ব্যবহৃত মেমরি কিছুটা বেশি হবে।

-p | --সুন্দর
পার্সিংয়ের জন্য ডিজাইন করা হয়নি এমন একটি মানব-পাঠযোগ্য বিন্যাসে ফলাফল প্রদর্শন করুন।

-P | -- পণ্য
একটি FASTA বিন্যাস ক্রম হিসাবে PCR পণ্য প্রদর্শন করুন.

-S | --বীজ
FSM-এর জন্য প্রতিবেশী শব্দের জন্য বীজের দৈর্ঘ্য নির্দিষ্ট করুন। যদি শূন্য সেট করা হয়,
সম্পূর্ণ প্রাইমার ব্যবহার করা হয়। সংক্ষিপ্ত শব্দ আশেপাশের আকার কমিয়ে দেয়, কিন্তু
মিথ্যা ইতিবাচক মিল ফিল্টার করার জন্য ipcress দ্বারা নেওয়া সময় বৃদ্ধি করুন।

পরিবেশ

এখনো নথিভুক্ত করা হয়নি.

উদাহরণ

ipcress test.ipcress sequence.fasta
এটি হল সবচেয়ে সহজ উপায় যা ipcress ব্যবহার করা যেতে পারে।
ipcress dbsts_human.ipcress --ক্রম ncbi30/*.fasta --অমিল 1
ফাস্টা ফাইলগুলির একটি সেটের সাথে একটি ইনপুট ফাইলের তুলনা করুন, প্রতিটিতে একটি অমিলের অনুমতি দেয়
প্রাইমার

সংস্করণ

এই ডকুমেন্টেশনটি বহিষ্কৃত প্যাকেজের 2.2.0 সংস্করণের সাথে রয়েছে।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ipcress ব্যবহার করুন