এই কমান্ড kissreads যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
kissreads - kissreads এর জন্য ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা 1.2.6
বর্ণনাঃ
NAME kissReads, সংস্করণ kissreads মডিউল 1.2.6 - কপিরাইট INRIA - CeCILL লাইসেন্স
SYNOPSIS kissreads/kissreads [
[
[-I] [-i index_stride] [-m align_file] [-s] [-f][-h]
বর্ণনা toCheck.fasta এর মধ্যে থাকা প্রতিটি ক্রম পরীক্ষা করে যদি এটি পড়া হয়
সুসঙ্গত (প্রতিটি অবস্থান কমপক্ষে "মিনিমাম_কভারেজ" রিড(গুলি) দ্বারা আচ্ছাদিত হয়) এর থেকে পড়া সহ
readsA.fasta বা readsB.fasta toCheck থেকে একটি ক্রম অনুসরণ করা হয়:
যদি (অন্তত একটি পঠিত সেটের সাথে সুসঙ্গত হয়): নিম্নরূপ অনুক্রমটি আউটপুট করুন
>অরিজিনাল ফাস্তা মন্তব্য|C1:মিনিট s
A:মিন সহ
readsA.fasta-তে কভারেজ < readsA.fasta-তে গড় কভারেজ - R-squarred সংশোধন করা হয়েছে
readsA.fa এ গড় < অবস্থানের মান যেখানে সর্বাধিক কভারেজ রয়েছে৷
readsA.fasta কভারেজ হল পড়ার সংখ্যা যা একটি অবস্থানকে পুরোপুরি ম্যাপ করেছে
অন্য কোন পরিস্থিতি (কোনটির সাথে সুসঙ্গত নয়): যুগল নন রিড সুসংগত, নয়
আউটপুট
বিকল্প
-k size_seed: দৈর্ঘ্যের বীজ ব্যবহার করবে সাইজ_বীজ। ডিফল্ট: 25।
-O minimal_read_overlap: একটি রিড ম্যাপ করা যেতে পারে যদি এর ওভারল্যাপ অন্তত হয়
"ন্যূনতম_পড়া_ওভারল্যাপ"। ডিফল্ট: k
-c min_coverage: একটি ক্রম কমপক্ষে min_coverage সমন্বিত পাঠ দ্বারা আচ্ছাদিত হয়। ডিফল্ট: 2
-d max_substitutions: একটি রিড এবং a এর মধ্যে অনুমোদিত প্রতিস্থাপনের সর্বাধিক সংখ্যা৷
টুকরা. উল্লেখ্য যে কেন্দ্রীয় অবস্থানে কোন প্রতিস্থাপন অনুমোদিত নয়
kissnp আউটপুট বিশ্লেষণ করা। ডিফল্ট: 1.
-o file_name: পঠন-সুসংগত আউটপুট লিখুন। ডিফল্ট: স্ট্যান্ডার্ড আউটপুট
-u file_name: অপঠিত-সুসংগত আউটপুট লিখুন। ডিফল্ট: স্ট্যান্ডার্ড আউটপুট
-n ইনপুট ফাইল (toCheck.fasta) একটি kissnp আউটপুট (এর সাথে বেমানান -I বিকল্প)
এই ক্ষেত্রে: 1/ শুধুমাত্র উপরের অক্ষরগুলি বিবেচনা করা হয় (এতে কোনও ম্যাপিং করা হয়নি
এক্সটেনশন) এবং 2/ কেন্দ্রীয় অবস্থান (যেখানে SNP ঘটে) কঠোরভাবে ম্যাপ করা হয়,
এই অবস্থানে কোন প্রতিস্থাপন অনুমোদিত হয়.
-I ইনপুট ফাইল (toCheck.fasta) হল একটি Intl আউটপুট (এর সাথে বেমানান -n বিকল্প)
-i index_stride (int মান)। এটি মেমরি পদচিহ্ন সীমিত করার জন্য একটি হিউরিস্টিক।
toCheck.fasta-এ থাকা সিকোয়েন্সের প্রতিটি কিলোমিটারকে ইন্ডেক্স করার পরিবর্তে,
kissreads indexes kmers প্রতিটি "index_stride" অবস্থানে ঘটে। ডিফল্ট = 1 (নং
হিউরিস্টিক)
-t থ্রেডের সর্বোচ্চ সংখ্যা (ইনপুট ফাইলের সংখ্যা দ্বারাও সীমিত)
-m align_file, ফাইল align_file-এ সিকোয়েন্সে ম্যাপ করা রিডের একটি ফাইল লিখুন
-s নিঃশব্দ অবস্থা
-f একটি স্ট্যান্ডার্ড ফাস্টা ফাইল ফরম্যাটে সুসঙ্গত ঘটনা আউটপুট করে
-h এই বার্তাটি প্রিন্ট করে এবং প্রস্থান করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে kissreads ব্যবহার করুন