এটি হল ম্যাপ2স্লিম্প কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
map2slim - একটি 'স্লিম' অন্টোলজিতে জিন অ্যাসোসিয়েশনের মানচিত্র
সাইনোপিসিস
সিডি যান
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb
বর্ণনাঃ
একটি GO স্লিম ফাইল এবং একটি বর্তমান অন্টোলজি দেওয়া (এক বা একাধিক ফাইলে), এই স্ক্রিপ্টটি মানচিত্র করবে
একটি জিন অ্যাসোসিয়েশন ফাইল (সম্পূর্ণ GO-তে টীকা ধারণ করে) GO-এর শর্তাবলীতে
পাতলা
স্ক্রিপ্টটি হয় একটি নতুন জিন অ্যাসোসিয়েশন ফাইল তৈরি করতে ব্যবহার করা যেতে পারে, যার মধ্যে সর্বাধিক রয়েছে
প্রাসঙ্গিক GO স্লিম অ্যাক্সেস, বা কাউন্ট-মোডে, যে ক্ষেত্রে এটি স্বতন্ত্র জিন দেবে
প্রতিটি পাতলা মেয়াদের জন্য পণ্য গণনা
অ্যাসোসিয়েশন ফাইল বিন্যাস এখানে বর্ণনা করা হয়েছে:
<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#ফাইল>
যুক্তি
-b বালতি পাতলা ফাইল
এই যুক্তি যোগ করে বালতি শর্তাবলী স্লিম অন্টোলজিতে; জন্য নীচের ডকুমেন্টেশন দেখুন
একটি ব্যাখ্যা. নতুন স্লিম অন্টোলজি ফাইল, বালতি পদ সহ লিখিত হবে
বালতি পাতলা ফাইল
-আউটম্যাপ পাতলা ম্যাপিং ফাইল
এটি সম্পূর্ণ অন্টোলজিতে প্রতিটি পদের জন্য একটি ম্যাপিং ফাইল তৈরি করবে যা উভয়ই দেখাচ্ছে
সবচেয়ে প্রাসঙ্গিক স্লিম টার্ম এবং সমস্ত স্লিম টার্ম যা পূর্বপুরুষ। আপনি যদি এটি ব্যবহার করেন
বিকল্প, একটি জিন-অ্যাসোসিয়েশন ফাইল সরবরাহ করবেন না
শোনেম
(শুধুমাত্র -আউটম্যাপের সাথে কাজ করে)
স্লিম ম্যাপিং ফাইলে শব্দের নাম দেখান
-c এটি map2slim কে assoc ফাইলের গণনা দিতে বাধ্য করবে, ম্যাপ করার পরিবর্তে
-t এর সাথে ব্যবহার করা হলে -c আউটপুট ট্যাব করবে যাতে ইন্ডেন্টেশন প্রতিফলিত হয়
স্লিম ফাইলে গাছের শ্রেণিবিন্যাস
-o বাইরে ফাইল
এটি নির্দিষ্ট ফাইলে ম্যাপ করা অ্যাসোকস (বা গণনা) লিখবে, এর পরিবর্তে
পর্দাটি
ডাউনলোড
এই স্ক্রিপ্ট এর অংশ go-perl প্যাকেজ, CPAN থেকে উপলব্ধ
<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>
এই স্ক্রিপ্টটি go-perl ইনস্টল না করে কাজ করবে না
ম্যাপিং অ্যালগরিথ
GO একটি DAG, একটি গাছ নয়। এর মানে হল যে একটি GO শব্দ থেকে প্রায়শই একাধিক পথ থাকে
মূল Gene_Ontology নোড পর্যন্ত; পাথ পাতলা মধ্যে একাধিক পদ ছেদ করতে পারে
অন্টোলজি - যার মানে হল যে একটি টীকা একাধিক পাতলা পদে মানচিত্র করতে পারে!
(বিঃদ্রঃ নীচের ছবিটি দেখতে আপনাকে এটি অনলাইনে দেখতে হবে - যদি আপনি এটি দেখতে না পান
দ্য http://www.geneontology.org সাইট, আপনি নিম্নলিখিত URL দেখতে পারেন:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*চেকআউট*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)
একটি অনুমানমূলক উদাহরণ নীল চেনাশোনাগুলি GO স্লিমে পদগুলি দেখায় এবং হলুদ বৃত্তগুলি দেখায়৷
সম্পূর্ণ অন্টোলজিতে শর্তাবলী। সম্পূর্ণ অন্টোলজি স্লিম সাবসুম করে, তাই নীল পদ
অন্টোলজিতেও।
স্লিম আইডি সমস্ত স্লিম পূর্বপুরুষদের আইডি ম্যাপ যান
====================================
5 2+3 2,3,1
6 3 মাত্র 3,1
7 4 মাত্র 4,3,1
8 3 মাত্র 3,1
9 4 মাত্র 4,3,1
10 2+3 2,3,1
2য় কলামটি সরাসরি ম্যাপিংয়ের স্লিম মধ্যে সবচেয়ে প্রাসঙ্গিক আইডি(গুলি) দেখায়। ৩য়
কলাম স্লিম সব পূর্বপুরুষ দেখায়.
আইডি 9 এর ম্যাপিং বিশেষভাবে নোট করুন যদিও এটি রুট এর মাধ্যমে দুটি পথ আছে
3 এবং 4, 3 এর মাধ্যমে স্লিমটি বাতিল করা হয়েছে কারণ এটি 4 দ্বারা সাবমিড হয়েছে।
অন্যদিকে, 10 এবং 2 উভয়ের জন্য 3টি মানচিত্র কারণ এই দুটিই প্রথম স্লিম আইডি
মূলের দুটি বৈধ পথ, এবং কোনটিই অন্যটিকে সাবসম করে না।
ব্যবহৃত অ্যালগরিদম হল:
সম্পূর্ণ অন্টোলজিতে যেকোন একটি টার্ম ম্যাপ করতে: রুট নোডের মাধ্যমে সমস্ত বৈধ পথ খুঁজুন
সম্পূর্ণ অ্যান্টোলজি
প্রতিটি পথের জন্য, পাথের সম্মুখীন হওয়া প্রথম পাতলা শব্দটি নিন
এই সেটে যেকোনো অপ্রয়োজনীয় স্লিম পদ বাদ দিন অর্থাৎ অন্যান্য স্লিম পদ দ্বারা সংযোজিত স্লিম পদ
সেটে
বালতি শর্তগুলি
আপনি যদি -b বিকল্পের সাথে স্ক্রিপ্টটি চালান, তাহলে বালতি পদ যোগ করা হবে। যেকোনো মেয়াদের জন্য P ইন
পাতলা, যদি P এর অন্তত একটি শিশু C থাকে, P এর অধীনে একটি বালতি শব্দ P' তৈরি হবে।
সম্পূর্ণ অন্টোলজিতে যে কোনও শব্দ ম্যাপ করার জন্য একটি ক্যাচ-অল শব্দ যা P এর বংশধর, কিন্তু
স্লিম অন্টোলজিতে P-এর কোনো সন্তানের বংশধর নয়।
উদাহরণস্বরূপ, slim generic.0208 এর নিম্নলিখিত শর্তাবলী এবং কাঠামো রয়েছে:
%ডিএনএ বাঁধাই ; যান: 0003677
% ক্রোমাটিন বাঁধাই; যান: 0003682
প্রতিলিপি ফ্যাক্টর কার্যকলাপ; GO:0003700, GO:0000130
বালতি পদ যোগ করার পরে, এটি এই মত দেখাবে:
%ডিএনএ বাঁধাই ; যান: 0003677
% ক্রোমাটিন বাঁধাই; যান: 0003682
প্রতিলিপি ফ্যাক্টর কার্যকলাপ; GO:0003700 ; প্রতিশব্দ:GO:0000130
@বালতি:Z-OTHER-DNA বাঁধাই ; slim_temp_id:12
সম্পূর্ণ অন্টোলজির শর্তাবলী যা ডিএনএ বাঁধাইয়ের অন্যান্য সন্তান, যেমন একক-
স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ বাইন্ডিং এবং এর ডিসেন্ডেন্টরা বালতি টার্মে ম্যাপ করবে।
বালতি শব্দটিতে একটি পাতলা আইডি রয়েছে যা ক্ষণস্থায়ী এবং শুধুমাত্র সুবিধার জন্য রয়েছে
ম্যাপিং. এটি বাহ্যিকভাবে ব্যবহার করা উচিত নয়।
বালতি শব্দের উপসর্গ Z-OTHER আছে; Z শব্দটি নিশ্চিত করার জন্য একটি হ্যাক
সর্বদা বর্ণানুক্রমিক ক্রমানুসারে সর্বশেষ তালিকাভুক্ত।
বালতি পদ ব্যবহার করা হলে অ্যালগরিদম সামান্য পরিবর্তিত হয়। বালতি শব্দ একটি আছে
অন্য সব ভাইবোনের সাথে অন্তর্নিহিত সম্পর্ক স্লিম নয়।
Do I প্রয়োজন বালতি শর্তাবলী?
আজকাল বেশিরভাগ স্লিম ফাইলগুলি সম্পূর্ণ বা প্রায় 'সম্পূর্ণ', অর্থাৎ কোনও ফাঁক নেই।
এর মানে হল -b বিকল্পটি লক্ষণীয় ভিন্ন ফলাফল তৈরি করবে না। উদাহরণ স্বরূপ,
আপনি দেখতে পারেন একটি বালতি শব্দ OTHER-বাইন্ডিং তৈরি করা হয়েছে, এতে কিছু টীকা নেই: কারণ সব
GO-তে বাইন্ডিংয়ের বাচ্চাদের স্লিম ফাইলে উপস্থাপন করা হয়েছে।
বালতি বিকল্পটি সত্যিই শুধুমাত্র কিছু পুরানো আর্কাইভ করা স্লিম ফাইলের জন্য প্রয়োজনীয়,
যা স্থির এবং মোটামুটি অ্যাড-হক উপায়ে তৈরি করা হয়েছে; তারা 'ফাঁক' জমা করতে থাকে
সময়ের সাথে সাথে (যেমন GO বাঁধাইয়ের একটি নতুন শিশু যোগ করবে, কিন্তু স্ট্যাটিক স্লিম ফাইলটি হবে না
তারিখ, তাই এই নতুন টার্মে টীকা করা যেকোন জিন প্রোডাক্ট OTHER-বাইন্ডিং-এ ম্যাপ করবে
পাতলা)
চিত্রলেখ ভুল
মনে রাখবেন যে স্লিম অন্টোলজি ফাইল(গুলি) বর্তমানের সাপেক্ষে পুরানো হতে পারে
অন্টোলজি
বর্তমানে map2slim স্লিম গ্রাফ এবং গ্রাফের মধ্যে গ্রাফের অমিলকে পতাকাঙ্কিত করে না
সম্পূর্ণ অন্টোলজি ফাইল; এটি বাস্তব গ্রাফ হিসাবে সম্পূর্ণ অন্টোলজি নেয়। তবে
আপনি নির্বাচন করলে ফলাফল ফরম্যাট করতে স্লিম অন্টোলজি ব্যবহার করা হবে -t -c বিকল্প হিসাবে।
আউটপুট
সাধারণ মোডে, একটি স্ট্যান্ডার্ড ফরম্যাট জিন-অ্যাসোসিয়েশন ফাইল লেখা হবে। GO ID কলাম
(5) GO স্লিম আইডি থাকবে। ম্যাপিং টেবিলের ২য় কলামের সাথে মিলে যায়
উপরে মনে রাখবেন যে আউটপুট ফাইলে ইনপুট ফাইলের চেয়ে বেশি লাইন থাকতে পারে। এই
কারণ কিছু পূর্ণ GO আইডির একাধিক প্রাসঙ্গিক স্লিম আইডি থাকে।
COUNT টি মোড
map2slim -c বিকল্পের সাথে চালানো যেতে পারে, যা স্বতন্ত্র জিনের গণনা দেবে
পণ্য প্রতিটি পাতলা শব্দ ম্যাপ. কলামগুলি নিম্নরূপ
GO মেয়াদ
প্রথম কলামটি হল GO ID এবং তারপরে শব্দের নাম (শব্দের নামটি হিসাবে দেওয়া হয়েছে৷
এটি সম্পূর্ণ GO এবং স্লিম অনটোলজি উভয় ক্ষেত্রেই পাওয়া যায় - এগুলি সাধারণত একই হবে
তবে মাঝে মাঝে স্লিম ফাইলটি GO ফাইলের পরিবর্তনের পিছনে থাকবে)
জিন পণ্যের সংখ্যা যার জন্য এটি সবচেয়ে প্রাসঙ্গিক স্লিম শব্দ
স্বতন্ত্র জিন পণ্যের সংখ্যা যার জন্য এটি সবচেয়ে প্রাসঙ্গিক/সরাসরি পাতলা
আইডি সর্বাধিক প্রত্যক্ষ দ্বারা আমরা বলতে চাচ্ছি যে হয় সমিতি এই শব্দটি সরাসরি তৈরি করা হয়েছে,
অথবা সমিতি এই স্লিম শব্দের একটি শিশুর জন্য করা হয় এবং কোন শিশু পাতলা নেই
যে শব্দটি সমিতি মানচিত্র করে।
বেশিরভাগ স্লিমদের জন্য, এই গণনা সরাসরি অ্যাসোসিয়েশনের সংখ্যার সমতুল্য হবে
এই পাতলা শব্দ ম্যাপ. যাইহোক, কিছু পুরানো স্লিম ফাইল "স্পটি" যে তারা
"শূন্যতা" স্বীকার করুন। উদাহরণস্বরূপ, যদি স্লিমের সাথে "জৈবিক প্রক্রিয়া" এর সমস্ত শিশু থাকে
"আচরণ" এর ব্যতিক্রম তারপর "আচরণ" বা এর বাচ্চাদের সমস্ত টীকা হবে
এখানে গণনা করা হয়েছে
নীচের উদাহরণ দেখুন
স্লিম শব্দের সাথে যুক্ত হতে অনুমানকৃত জিন পণ্যের সংখ্যা
এবং স্বতন্ত্র জিন পণ্যের সংখ্যা যা এর যেকোনো বংশধরের কাছে টীকা করা হয়েছে
স্লিম আইডি (বা সরাসরি স্লিম আইডিতে টীকা)।
অপ্রচলিত পতাকা
অন্টোলজিতে যান
একটি উদাহরণ নিতে; যদি আমরা এইভাবে -t এবং -c ব্যবহার করি:
map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb
তারপর ফলাফলের অংশ এই মত দেখতে পারে:
GO:0008150 জৈবিক_প্রক্রিয়া (জৈবিক_প্রক্রিয়া) 34 10025 জৈবিক_প্রক্রিয়া
GO:0007610 আচরণ (আচরণ) 632 632 জৈবিক_প্রক্রিয়া
GO:0000004 জৈবিক প্রক্রিয়া অজানা (জৈবিক প্রক্রিয়া অজানা) 832 832 biological_process
GO:0007154 সেল কমিউনিকেশন (সেল কমিউনিকেশন) 333 1701 biological_process
GO:0008037 সেল রিকগনিশন (কোষ স্বীকৃতি) 19 19 জৈবিক_প্রক্রিয়া
19টি পণ্য GO:0008037 বা এর একটি সন্তানের সাথে ম্যাপ করা হয়েছে৷ (GO:0008037 হল একটি লিফ নোড স্লিম, তাই দুটি সংখ্যা অভিন্ন)।
অন্যদিকে, GO:0008150 শুধুমাত্র 34টি পণ্য পায় যার জন্য এটি সবচেয়ে প্রাসঙ্গিক
মেয়াদ এর কারণ হল বেশিরভাগ টীকাগুলি GO:0008150-এর কিছু শিশুকে স্লিম অবস্থায় ম্যাপ করবে,
যেমন GO:0007610 (আচরণ)। এই 34 জিন পণ্য হয় সরাসরি টীকা করা হয়
GO:0008150, অথবা এই শব্দের কিছু শিশুর কাছে যা স্লিম নয়। এই নির্দেশ করতে পারেন
পাতলা মধ্যে 'ফাঁক'. মনে রাখবেন যে -b বিকল্পের সাথে ম্যাপ2স্লিম চালানো এই ফাঁকগুলিকে 'প্লাগ' করবে
কৃত্রিম ফিলার শর্তাবলী সঙ্গে.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে map2slimp ব্যবহার করুন