minimap - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

minimap - দীর্ঘ DNA ক্রমগুলির মধ্যে দ্রুত ম্যাপিং

সাইনোপিসিস

মিনিম্যাপ [-lSOV] [-k কিমার] [-w winsize] [-I ব্যাচ আকার] [-d ডাম্প ফাইল] [-f occThres] [-r
ব্যান্ডউইথ] [-m minShared] [-c mincount] [-L minMatch] [-g maxGap] [-T dustThres] [-t
n থ্রেড] [-x পূর্বাহ্নে নির্ধারিত] target.fa query.fa > output.paf

বর্ণনাঃ

Minimap হল একটি টুল যা দক্ষতার সাথে দুটির মধ্যে একাধিক আনুমানিক ম্যাপিং অবস্থান খুঁজে বের করার জন্য
দীর্ঘ অনুক্রমের সেট, যেমন রিড এবং রেফারেন্স জিনোমের মধ্যে, জিনোম এবং
দীর্ঘ শোরগোল পড়ার মধ্যে। Minimap একটি সূচী এবং একটি ম্যাপিং ফেজ আছে. ইনডেক্সিং এ
ফেজ, এটি একটি হ্যাশ টেবিলে লক্ষ্য ক্রমগুলির একটি বড় ব্যাচের সমস্ত মিনিমাইজার সংগ্রহ করে; ভিতরে
ম্যাপিং ফেজ, এটি কলিনিয়ার মিনিমাইজার হিটগুলির ভাল ক্লাস্টার সনাক্ত করে। মিনিম্যাপ করে
লক্ষ্য এবং ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের মধ্যে বিস্তারিত প্রান্তিককরণ তৈরি করে না। এটা শুধুমাত্র
এই ক্লাস্টারগুলির আনুমানিক শুরু এবং শেষ স্থানাঙ্কগুলি আউটপুট করে।

বিকল্প

ইন্ডেক্সিং অপশন
-k INT মিনিমাইজার কে-মের দৈর্ঘ্য [15]

-w INT মিনিমাইজার উইন্ডোর আকার [কে-মের দৈর্ঘ্যের 2/3]। একটি মিনিমাইজার হল সবচেয়ে ছোট k-mer
w পরপর k-mers এর একটি উইন্ডোতে।

-I NUM টি সর্বাধিক লোড করুন NUM টি সূচীকরণের জন্য RAM এ লক্ষ্য ঘাঁটি [4G]। এর বেশি থাকলে
NUM টি মধ্যে ঘাঁটি target.fa, মিনিম্যাপ পড়তে হবে query.fa এটি মানচিত্র একাধিক বার
লক্ষ্য ক্রম প্রতিটি ব্যাচ বিরুদ্ধে. NUM টি k/K/m/M/g/G দিয়ে শেষ হতে পারে।

-d ফাইল মিনিমাইজার সূচক ডাম্প করুন ফাইল [কোন ডাম্প নেই]

-l যে ইঙ্গিত target.fa আসলে বিকল্প দ্বারা উত্পন্ন একটি মিনিমাইজার সূচক -d, না
একটি FASTA বা FASTQ ফাইল।

ম্যাপিং অপশন
-f ভাসা শীর্ষ উপেক্ষা করুন ভাসা সর্বাধিক সংঘটিত মিনিমাইজারের ভগ্নাংশ [0.001]

-r INT প্রাথমিক মিনিমাইজার হিট ক্লাস্টারিংয়ের জন্য আনুমানিক ব্যান্ডউইথ [500]। ক মিনিমাইজার
আঘাত লক্ষ্য এবং ক্যোয়ারী উভয় সিকোয়েন্সে উপস্থিত একটি মিনিমাইজার। ক মিনিমাইজার
আঘাত গুচ্ছ একটি লক্ষ্যের মধ্যে সম্ভাব্য কোলিনিয়ার মিনিমাইজার হিটগুলির একটি গ্রুপ
এবং একটি ক্যোয়ারী ক্রম.

-m ভাসা প্রাথমিক মিনিমাইজার হিট ক্লাস্টার মার্জ করুন যদি ভাসা বা মিনিমাইজারের উচ্চতর ভগ্নাংশ
ক্লাস্টারগুলির মধ্যে ভাগ করা হয় [0.5]

-c INT একটি মিনিমাইজার হিট ক্লাস্টার বজায় রাখুন যদি এটি থাকে INT বা তার বেশি মিনিমাইজার হিট [৪]

-L INT একটি মিনিমাইজার হিট ক্লাস্টার বাতিল করুন যদি কলিনিয়ারাইজেশনের পরে, মিলের সংখ্যা
বেস নিচে আছে INT [৪০]। এই বিকল্পটি প্রধানত আউটপুটের আকার হ্রাস করে। ইহা ছিল
গতি এবং শিখর মেমরি উপর সামান্য প্রভাব.

-g INT একটি ফাঁকে একটি মিনিমাইজার হিট ক্লাস্টার বিভক্ত করুন INT-বিপি বা তার বেশি যা থাকে না
যেকোনো মিনিমাইজার হিট [10000]

-T INT SDUST স্কোর থ্রেশহোল্ড সহ ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সে মাস্ক অঞ্চলগুলি INT; নিষ্ক্রিয় করতে 0
[০]। SDUST হল একটি অ্যালগরিদম যা নিম্ন-জটিলতার অনুসৃতি চিহ্নিত করতে পারে। এইটা না
ডিফল্টরূপে সক্রিয়। যদি SDUST পছন্দ করা হয়, 20 এবং 25 এর মধ্যে একটি মান
প্রস্তাবিত একটি উচ্চ থ্রেশহোল্ড মাস্ক কম ক্রম.

-S সব বনাম সব ম্যাপিং সঞ্চালন. এই মোডে, যদি কোয়েরি সিকোয়েন্সের নাম হয়
আভিধানিকভাবে টার্গেট সিকোয়েন্স নামের চেয়ে বড়, তাদের মধ্যে হিট
দমন করা হবে; যদি ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের নাম টার্গেট নামের সমান হয়,
তির্যক মিনিমাইজার হিটগুলিও দমন করা হবে।

-O একটি মিনিমাইজার হিট ছেড়ে দিন যদি এটি অন্য হিট থেকে অনেক দূরে থাকে (পরীক্ষামূলক)। এই
দুটি ভিন্ন প্রজাতি থেকে দীর্ঘ ক্রোমোজোম ম্যাপ করার জন্য বিকল্পটি কার্যকর।

-x STR উপর ভিত্তি করে একাধিক সেটিংস পরিবর্তন STR [সেট না]. এটি আবেদন করার জন্য সুপারিশ করা হয়
এই বিকল্পটি অন্যান্য বিকল্পের আগে, যেমন নিম্নলিখিত বিকল্পগুলি ওভাররাইড করতে পারে
এই বিকল্প দ্বারা পরিবর্তিত একাধিক সেটিংস।

ava10k PacBio বা Oxford Nanopore all-vs-all read mapping (-Sw5 -L100 -m0) এর জন্য।

ইনপুট আউটপুট অপশন
-t INT থ্রেড সংখ্যা [3]. মিনিম্যাপ সংগ্রহ করার সময় সর্বাধিক তিনটি থ্রেড ব্যবহার করে
টার্গেট সিকোয়েন্সে মিনিমাইজার, এবং পর্যন্ত ব্যবহার করে INTম্যাপিং করার সময় +1 থ্রেড (
অতিরিক্ত থ্রেড হল I/O এর জন্য, যা প্রায়শই নিষ্ক্রিয় থাকে এবং CPU সময় নেয় কম)।

-V stdout সংস্করণ নম্বর প্রিন্ট করুন

আউটপুট বিন্যাসে

মিনিম্যাপ পেয়ারওয়াইজ ম্যাপিং ফরম্যাটে (PAF) ম্যাপিং পজিশন আউটপুট করে। PAF হল একটি TAB-
প্রতিটি লাইনের সাথে সীমাবদ্ধ পাঠ্য বিন্যাস যাতে বর্ণনা করা হয়েছে কমপক্ষে 12টি ক্ষেত্র থাকে
নিম্নলিখিত টেবিল:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ─────────────────────────────┐
│পর্বতমালার টোল │ আদর্শ │ বিবরণ │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────
│ 1 │ স্ট্রিং │ কোয়েরি সিকোয়েন্স নাম │
│ 2 │ int │ কোয়েরি ক্রম দৈর্ঘ্য │
│ 3 │ int │ কোয়েরি স্টার্ট কোঅর্ডিনেট (0-ভিত্তিক) │
│ 4 │ int │ কোয়েরি শেষ স্থানাঙ্ক (0-ভিত্তিক) │
│ 5 │ char │ `+' যদি একই স্ট্র্যান্ডে প্রশ্ন এবং লক্ষ্য থাকে; `-' যদি বিপরীত হয় │
│ 6 │ স্ট্রিং │ লক্ষ্য ক্রম নাম │
│ 7 │ int │ লক্ষ্য ক্রম দৈর্ঘ্য │
│ 8 │ int │ মূল স্ট্র্যান্ডে লক্ষ্য শুরু স্থানাঙ্ক │
│ 9 │ int │ মূল স্ট্র্যান্ডের লক্ষ্য শেষ স্থানাঙ্ক │
│ 10 │ int │ ম্যাপিং-এ মিলিত ঘাঁটির সংখ্যা │
│ 11 │ int │ নম্বর বেস, ফাঁক সহ, ম্যাপিং │
│ 12 │ int │ ম্যাপিং গুণমান (অনুপস্থিত জন্য 0 এর সাথে 255-255) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────

সারিবদ্ধকরণ উপলব্ধ হলে, কলাম 11 ক্রমিক মিলের মোট সংখ্যা দেয়,
অমিল এবং প্রান্তিককরণের ফাঁক; কলাম 10 কলাম 11 দ্বারা বিভক্ত প্রান্তিককরণ দেয়
পরিচয় যেহেতু মিনিম্যাপ বিশদ প্রান্তিককরণ তৈরি করে না, তাই এই দুটি কলাম
আনুমানিক PAF-এর ঐচ্ছিকভাবে SAM-এর মতো টাইপ করা কী-মানের অতিরিক্ত ক্ষেত্র থাকতে পারে
বিন্যাস মিনিম্যাপ সেমি ট্যাগে একটি ক্লাস্টারে মিনিমাইজার হিটের সংখ্যা লেখে।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে মিনিম্যাপ ব্যবহার করুন