এটি হল mkdssp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
mkdssp - একটি PDB ফাইলে প্রোটিনের জন্য গৌণ কাঠামো গণনা করুন
সাইনোপিসিস
mkdssp [বিকল্প] pdbfile [dsspfile]
বর্ণনাঃ
সার্জারির mkdssp প্রোগ্রামটি মূলত ওল্ফগ্যাং কাবচ এবং ক্রিস স্যান্ডার দ্বারা ডিজাইন করা হয়েছিল
সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার অ্যাসাইনমেন্টকে প্রমিত করা। DSSP হল সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের একটি ডাটাবেস
প্রোটিন ডেটা ব্যাঙ্কে (PDB) সমস্ত প্রোটিন এন্ট্রির জন্য অ্যাসাইনমেন্ট (এবং আরও অনেক কিছু)
mkdssp PDB এন্ট্রি থেকে DSSP এন্ট্রি গণনা করে এমন একটি অ্যাপ্লিকেশন। দয়া করে নোট করুন
যে mkdssp না না ভবিষ্যদ্বাণী করা গৌণ কাঠামো।
বিকল্প
আপনি যদি আহ্বান mkdssp শুধুমাত্র একটি প্যারামিটার সহ, এটি PDB ফাইল হিসাবে ব্যাখ্যা করা হবে
প্রক্রিয়া এবং আউটপুট stdout এ পাঠানো হবে। একটি দ্বিতীয় পরামিতি নির্দিষ্ট করা হলে এটি হয়
তৈরি করার জন্য DSSP ফাইলের নাম হিসাবে ব্যাখ্যা করা হয়েছে। ইনপুট এবং আউটপুট ফাইল উভয়ই
নামের .gz বা .bz2 এক্সটেনশন হিসেবে থাকতে পারে যার ফলে সঠিক কম্প্রেশন হয়।
-i, --ইনপুট ফাইলের নাম
একটি ফাইলের নাম পিডিবি প্রোটিন গঠন তথ্য ধারণকারী বিন্যাসিত ফাইল. এই
ফাইলটি gzip বা bzip2 দ্বারা সংকুচিত একটি ফাইল হতে পারে।
-o, --আউটপুট ফাইলের নাম
একটি ফাইলের নাম ডিএসএসপি তৈরি করার জন্য ফাইল। যদি ফাইলের নাম .gz বা .bz2 এ শেষ হয়
সংকুচিত ফাইল তৈরি করা হয়।
-v, -- ভারবোস
ডায়গনিসিটিক তথ্য লিখুন।
--সংস্করণ
সংস্করণ নম্বর প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন।
-h, --help
সাহায্য বার্তা প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন। এর জন্য পার্সার স্ক্রিপ্ট ধারণকারী ডিরেক্টরি
জনাবা.
তত্ত্ব
ডিএসএসপি প্রোগ্রামটি প্রদত্ত সম্ভবত সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার অ্যাসাইনমেন্ট গণনা করে কাজ করে
একটি প্রোটিনের 3D গঠন। এটি a তে পরমাণুর অবস্থান পড়ার মাধ্যমে এটি করে
প্রোটিন (একটি PDB ফাইলে ATOM রেকর্ড) তারপর এইচ-বন্ড শক্তির হিসাব
সমস্ত পরমাণুর মধ্যে। প্রতিটি পরমাণুর জন্য সেরা দুটি H-বন্ড তারপর সর্বাধিক নির্ধারণ করতে ব্যবহৃত হয়
প্রোটিনের প্রতিটি অবশিষ্টাংশের জন্য গৌণ কাঠামোর সম্ভাব্য শ্রেণি।
এর মানে হল প্রোটিনের সক্ষম হওয়ার জন্য আপনার একটি পূর্ণ এবং বৈধ 3D কাঠামো থাকতে হবে
গৌণ কাঠামো গণনা করুন। ডিএসএসপিতে কোন জাদু নেই, তাই এটি অনুমান করতে পারে না
একটি পরিবর্তিত প্রোটিনের গৌণ কাঠামো যার জন্য আপনার 3D কাঠামো নেই।
ডিএসএসপি ফাইল বিন্যাসে
প্রতিটি DSSP ফাইলের শিরোনাম অংশ স্ব-ব্যাখ্যাকারী, এতে কিছু তথ্য রয়েছে
PDB ফাইল থেকে অনুলিপি করা হয়েছে এবং গণনা করার সময় কিছু পরিসংখ্যান সংগ্রহ করা হয়েছে
গৌণ কাঠামো।
ফাইলের দ্বিতীয়ার্ধে গণনা করা গৌণ কাঠামোর তথ্য রয়েছে
অবশিষ্টাংশ নিম্নলিখিতটি প্রতিটি কলামের জন্য একটি সংক্ষিপ্ত ব্যাখ্যা।
স্তম্ভ নাম বিবরণ
────────────────────────────────────────────────── ──────────────────────────────────
# mkdssp দ্বারা গণনাকৃত অবশিষ্টাংশ সংখ্যা
অবশিষ্টাংশ PDB ফাইল দ্বারা নির্দিষ্ট করা অবশিষ্টাংশ নম্বর
একটি চেইন শনাক্তকারী দ্বারা অনুসরণ করা হয়.
AA অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য এক অক্ষরের কোড। এই যদি
অক্ষর ছোট হাতের এর মানে হল এটি একটি
cysteine যে সঙ্গে একটি সালফার সেতু গঠন
একই সঙ্গে এই কলামে অন্যান্য অ্যামিনো অ্যাসিড
ছোট হাতের অক্ষর.
স্ট্রাকচার এটি একটি জটিল কলাম যাতে একাধিক সাব থাকে
কলাম. প্রথম কলামে একটি অক্ষর রয়েছে
নির্ধারিত গৌণ কাঠামো নির্দেশ করে
এই অবশিষ্টাংশ. বৈধ মান হল:
কোড বিবরণ
এইচ আলফা হেলিক্স
বি বেটা ব্রিজ
ই স্ট্র্যান্ড
জি হেলিক্স-3
আই হেলিক্স-৫
টি টার্ন
এস বেন্ড
নিচের তিনটি কলাম যা নির্দেশ করে
তিনটি হেলিক্স প্রকারের প্রতিটি (3, 4 এবং 5)
এই অবশিষ্টাংশ ফর্ম একটি প্রার্থী কিনা
এই হেলিক্স ক > অক্ষর নির্দেশ করে যে এটি শুরু হয়
হেলিক্স, একটি সংখ্যা নির্দেশ করে যে এটি একটি ভিতরে আছে
হেলিক্স এবং ক < অক্ষর মানে এটি হেলিক্স শেষ করে।
পরবর্তী কলামে একটি S অক্ষর রয়েছে যদি এটি থাকে
অবশিষ্টাংশ একটি সম্ভাব্য মোড়.
তারপরে একটি কলাম রয়েছে যা চিরালিটি নির্দেশ করে
এবং এটি ইতিবাচক বা নেতিবাচক হতে পারে
(অর্থাৎ আলফা টর্শন হয় ধনাত্মক বা
নেতিবাচক).
শেষ দুটি কলামে বিটা ব্রিজ লেবেল রয়েছে।
এখানে লোয়ার কেস মানে সমান্তরাল সেতু এবং এভাবে
বড় হাতের অর্থ সমান্তরাল বিরোধী।
BP1 এবং BP2 প্রথম ও দ্বিতীয় সেতুর প্রার্থী, এই
শীট ইঙ্গিত একটি চিঠি দ্বারা অনুসরণ করা হয়.
দুদকের সহজলভ্যতা এই অবশিষ্টাংশ, এই
বর্গাকার Ångstrom যে পৃষ্ঠ এলাকা প্রকাশ করা হয়
জলের অণু দ্বারা অ্যাক্সেস করা যেতে পারে।
NH-->O..O-->HN চারটি কলাম, তারা প্রতিটি অবশিষ্টাংশের জন্য দেয়
এইচ-বন্ড শক্তি অন্য অবশিষ্টাংশ যেখানে
বর্তমান অবশিষ্টাংশ হয় গ্রহণকারী বা দাতা।
প্রতিটি কলামে দুটি সংখ্যা থাকে, প্রথমটি
বর্তমান অবশিষ্টাংশ থেকে একটি অফসেট
এই এইচ-বন্ডে অংশীদার অবশিষ্টাংশ (DSSP-তে
সংখ্যায়ন), দ্বিতীয় সংখ্যাটি গণনা করা হয়
এই এইচ-বন্ডের জন্য শক্তি।
TCO-এর C=O-এর মধ্যবর্তী কোণের কোসাইন
বর্তমান অবশিষ্টাংশ এবং পূর্ববর্তী অবশিষ্টাংশের C=O। জন্য
আলফা-হেলিসেস, বিটা-শীটের জন্য TCO +1 এর কাছাকাছি
TCO -1 এর কাছাকাছি। কাঠামোর জন্য ব্যবহৃত হয় না
সংজ্ঞা
Kappa ভার্চুয়াল বন্ধন কোণ (বাঁক কোণ) দ্বারা সংজ্ঞায়িত
অবশিষ্টাংশের তিনটি সি-আলফা পরমাণু
- 2, কারেন্ট এবং কারেন্ট + 2। সংজ্ঞায়িত করতে ব্যবহৃত হয়
bend (কাঠামো কোড 'S')।
PHI এবং PSI IUPAC পেপটাইড ব্যাকবোন টর্শন কোণ।
X-CA, Y-CA এবং Z-CA সি-আলফা স্থানাঙ্ক
ইতিহাস
আসল DSSP আবেদনটি লিখেছেন ওল্ফগ্যাং কাবশ এবং ক্রিস স্যান্ডার প্যাসকেলে।
এই সংস্করণটি মূল সোর্স কোডের উপর ভিত্তি করে C++ এ সম্পূর্ণ পুনর্লিখন। কয়েক বাগ
থেকে স্থির করা হয়েছে এবং অ্যালগরিদমগুলি এখানে এবং সেখানে টুইক করা হয়েছে৷
করণীয়
কোডের নিদারুণভাবে একটি আপডেট প্রয়োজন। বাস্তবায়ন করা প্রয়োজন যে প্রথম জিনিস
পাই-হেলিসের উন্নত স্বীকৃতি। একটি দ্বিতীয় উন্নতি কোণ নির্ভর ব্যবহার করা হবে
এইচ-বন্ড শক্তি গণনা।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে mkdssp অনলাইন ব্যবহার করুন