predictprotein - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

প্রোটিন অনুমান করুন - প্রোটিন ক্রম বিশ্লেষণ করুন

সাইনোপিসিস

প্রোটিন ভবিষ্যদ্বাণী [--ব্লাস্ট-প্রসেসর] [--সংখ্যা-cpus|c] [--ডিবাগ|d] [--সহায়তা] [--মেক-ফাইল|মি]
[--মেকডিবাগ] [--মানুষ] [--পদ্ধতি] [--ড্রাইরান
[--প্রিন্ট-এক্সট-পদ্ধতি-মানচিত্র] [--প্রোফনমরেস্মিন] [--psicexe] [--prot-name|p] [--ক্রম|seq|s]
[--seqfile] [--spkeyidx] [--টার্গেট]* [--সংস্করণ|v] [--কাজ-নির্দেশ |

ভবিষ্যদ্বাণী করা প্রোটিন [--bigblastdb] [--big80blastdb] [--pfam2db] [--pfam3db] [--prodomblastdb]
[--prositedat] [-prositeconvdat] [--swissblastdb]

প্রোটিন ভবিষ্যদ্বাণী করুন [--setacl|acl] [-- ক্যাশে-মার্জ] [--- ফোর্স-ক্যাশে-স্টোর]
[--- use-cache]

বর্ণনাঃ

অনুমান প্রোটিন প্রোটিন সিকোয়েন্স বিশ্লেষণ পদ্ধতির একটি সেট চালায়:

মান পদ্ধতি
এই পদ্ধতিগুলি ডিফল্ট লক্ষ্য 'সমস্ত' দ্বারা চালিত হয়:

ফিচার টার্গেট এক্সটেনশন ম্যান পেজ
------- ------ --------- --------
পরমাণু গতিশীলতা profbval profbval, profb4snap profbval(1)
ব্যাকটেরিয়াল ট্রান্সমেম- proftmb proftmb, proftmbdat proftmb(1)
ব্রেন বিটা ব্যারেল
coiled-coils coiledcoils coils, coils_raw coils- মোড়ানো(1)
ncoils(1)
ডিসালফাইড ব্রিজ ডিসালফাইন্ডার ডিসালফাইন্ডার ডিসালফাইন্ডার(1)
জিন অনটোলজি পদ metastudent metastudent.BPO.txt, মেটাস্টুডেন্ট(1)
metastudent.CCO.txt,
metastudent.MFO.txt
স্থানীয় প্রান্তিককরণ বিস্ফোরণ blastPsiOutTmp, chk, blastpgp(1)
blastPsiMat,
blastPsiAli,
blastpSwissM8 ব্লাস্টাল(1)
স্থানীয় জটিলতা ncbi-seg segNorm, segNormGCG ncbi-seg(1)
অ-নিয়মিত মাধ্যমিক norsp nors, sumNors norsp(1)
গঠন
পারমাণবিক স্থানীয়করণ পূর্বাভাস nls, nlsDat, nlsSum predictnls(1)
Pfam স্ক্যান hmmer v2 hmm2pfam hmm2pfam hmm2pfam(1)
Pfam স্ক্যান hmmer v3 hmm3pfam hmm3pfam, hmm3pfamTbl, hmmscan(1)
hmm3pfamDomTbl
PROSITE স্ক্যান prosite prosite prosite_scan(1)
প্রোটিন-প্রোটিন profisis isis profisis(1)
মিথস্ক্রিয়া সাইট
মাধ্যমিক গঠন, অধ্যাপক profRdb অধ্যাপক(1)
থেকে অ্যাক্সেসযোগ্যতা
সিকোয়েন্স প্রোফাইল
মাধ্যমিক কাঠামো, অধ্যাপক prof1Rdb অধ্যাপক(1)
থেকে অ্যাক্সেসযোগ্যতা
একক ক্রম
গৌণ কাঠামো, reprof reprof reprof(1)
থেকে অ্যাক্সেসযোগ্যতা
একক ক্রম
ট্রান্সমেমব্রেন পিএইচডি পিএইচডিপ্রেড, পিএইচডিআরডিবি অধ্যাপক(1)
হেলিস
অসংগঠিত loops norsnet norsnet norsnet(1)

ঐচ্ছিক পদ্ধতি
এই পদ্ধতিগুলি অ-পুনঃবন্টনযোগ্য বা অ-পুনঃবন্টনযোগ্য সফ্টওয়্যারের উপর নির্ভর করে (উচিত
দ্বারা '*'). আপনি করার আগে আপনাকে অ-পুনঃবন্টনযোগ্য উপাদানগুলি অর্জন করতে হবে
এই পদ্ধতি ব্যবহার করুন।

এই পদ্ধতিগুলি লক্ষ্য 'ঐচ্ছিক' দ্বারা চালিত হয়।

ফিচার টার্গেট এক্সটেনশন ম্যান পেজ
------- ------ --------- --------
বিশৃঙ্খল অঞ্চল মেটাডিসর্ডার mdisorder মেটাডিসর্ডার(1)
উপকোষীয় লোকট্রি৩ {arch,bact,euka}.lc3 loctree3(1)
tmhmm* tmhmm না
প্রোটিন-আরএনএ, সোমেনা সোমেনা somena(1)
প্রোটিন-ডিএনএ
মিথস্ক্রিয়া সাইট
অবস্থান-নির্দিষ্ট psic* psic, clustalngz মানসিক(২০১১),
স্বাধীন গণনা রাননিউপিএসআইসি(২০১১),
এবং এর ভিত্তি বহু- ক্লাসাল(1)
ple প্রান্তিককরণ
transmembrane helices tmhmm tmhmm na
tmseg tmseg tmseg(1)
কার্যকরী অঞ্চল consurf _consurf.grades consurf(1)

Resources
ডাটাবেস সিএমডি লাইন আর্গুমেন্ট
---------------------------
big (Uniprot+PDB) ব্লাস্ট ডাটাবেস --bigblastdb
big_80 (বিগ @ 80% সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি --big80blastdb
অপ্রয়োজনীয়তা স্তর) বিস্ফোরণ ডাটাবেস
সুইস বিস্ফোরণ ডাটাবেস --swissblastdb
pfam v2 ডাটাবেস --pfam2db
pfam v3 ডাটাবেস --pfam3db
prosite_convert.dat --prositeconvdat

Resources উন্নত ঐচ্ছিক লক্ষ্যমাত্রা

ডাটাবেস সিএমডি লাইন আর্গুমেন্ট
---------------------------
big (Uniprot+PDB) ব্লাস্ট ডাটাবেস --bigblastdb
prosite.dat --prositedat
সুইস-প্রোট কীওয়ার্ড-টু-অ্যাক্সেশন --spkeyidx
লক্টরির জন্য 'সূচক'

উৎপাদক Resources
উইক্টর জুরকোস্কির সৌজন্যে:

* rostlab-data-prosite_convert prosite.dat prosite_convert.dat
* perl /usr/share/loctree/perl/keyindex4loctree.pl < keyindex.txt > keyindex_loctree.txt
* hmmpress Pfam-A.hmm

আউটপুট বিন্যাস
পদ্ধতি আউটপুট জমা হয় --আউটপুট-ডির. প্রতিটি পদ্ধতির এক বা একাধিক ফাইলের নাম রয়েছে
এর সাথে যুক্ত এক্সটেনশন, উপরের টেবিলটি দেখুন। এর ম্যান পেজ পড়ুন
আরও বিস্তারিত জানার জন্য পৃথক পদ্ধতি। 'gz' দিয়ে শেষ হওয়া এক্সটেনশনগুলি সংকুচিত হয়
gzip,(1).

তথ্যসূত্র

Rost, B., Yachdav, G., এবং Liu, J. (2004)। PredictProtein সার্ভার। নিউক্লিক অ্যাসিড রেস,
32(ওয়েব সার্ভার সমস্যা), W321-6.

আপনি যদি ভবিষ্যদ্বাণীমূলক প্রোটিন খুঁজে পান এবং দরকারী টুলগুলির মধ্যে অনুগ্রহ করে উল্লেখ করুন:

* PredictProtein এর রেফারেন্স, উপরে দেখুন

* আপনি যে টুল ব্যবহার করেছেন তার রেফারেন্স, টুলের ম্যান পেজে রেফারেন্স দেখুন

বিকল্প

--ব্লাস্ট-প্রসেসর
ব্যবহার করার জন্য প্রসেসরের সংখ্যা, ডিফল্ট = 1

-c, --সংখ্যা-সিপিস
কাজ করুন, ডিফল্ট = 1

-d, --ডিবাগ
--help
একটি সংক্ষিপ্ত সাহায্য বার্তা প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন।

-m, --মেক-ফাইল
ব্যবহার করার জন্য ফাইল তৈরি করুন, ডিফল্ট = /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk

--মেকডিবাগ
তৈরির জন্য ডিবাগ যুক্তি, দেখুন করা(1)

--মানুষ
এই ডকুমেন্টেশন পাতা

--পদ্ধতি
পদ্ধতি নিয়ন্ত্রণ পরামিতি বর্ণনা করে এবং কখন চালানোর জন্য পদ্ধতির অনুরোধ করে --লক্ষ্য এটি না
সব. বিন্যাস উদাহরণ:

--method=norsp,win=50

* পদ্ধতির নাম দিয়ে শুরু করুন, যেমন `norsp'

* তালিকা পদ্ধতি নিয়ন্ত্রণ পরামিতি, যেমন win=50

সমস্ত পদ্ধতি তাদের আদিম কারণে এই ভাবে পাসিং নিয়ন্ত্রণ পরামিতি সমর্থন করে না
কমান্ড লাইন ইন্টারফেস।

-n, --ড্রাইরান
চালানো হবে না, শুধু দেখায় কি চালানো হবে

--সংখ্যা
সর্বাধিক ক্রম দৈর্ঘ্য, ডিফল্ট: 6000. এই তুলনায় দীর্ঘ ক্রম করতে হবে
সংশ্লিষ্ট ত্রুটি কোডের সাথে প্রোটিন ব্যর্থ হওয়ার পূর্বাভাস, ত্রুটি দেখুন।

-o, --আউটপুট-ডির
আউটপুট ফাইলের চূড়ান্ত অবস্থান, ক্যাশিং ব্যবহার না করা পর্যন্ত প্রয়োজনীয়।

--প্রিন্ট-এক্সট-পদ্ধতি-মানচিত্র
প্রিন্ট এক্সটেনশন থেকে পদ্ধতি মানচিত্র. ধারাবাহিকতা পরীক্ষকদের জন্য ইনপুট ফাইল হিসাবে দরকারী।
বিন্যাস: .

--প্রফনুমরেসমিন
ন্যূনতম ক্রম দৈর্ঘ্য প্রফেসর দ্বারা প্রয়োজনীয়, ডিফল্ট: 17. এর চেয়ে ছোট সিকোয়েন্স
সংশ্লিষ্ট ত্রুটি কোড দিয়ে অনুমান করা প্রোটিন ব্যর্থ হবে, ত্রুটি দেখুন।

--psicexe
psic wrapper এক্সিকিউটেবল, ডিফল্ট: /usr/share/rost-runpsic/runNewPSIC.pl

-p, --প্রোট-নাম
ফলাফল ফাইলের বেস নাম এবং প্রোটিন নাম - উদাহরণস্বরূপ - FASTA ফাইল। ডিফল্ট =
`query'।

বৈধ নামগুলি অক্ষর সেটের "[[:alnum:]._-]"।

-s, --সেক, --ক্রম
এক অক্ষর অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স ইনপুট

--seqfile
FASTA অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স ফাইল; যদি `-', স্ট্যান্ডার্ড ইনপুট পড়া হয়

--spkeyidx
এর জন্য সুইস-প্রোট কীওয়ার্ড-টু-আইডেন্টিফায়ার 'সূচক' ফাইল লক্টরি(1).

--লক্ষ্য=স্ট্রিং
চালানোর জন্য পদ্ধতি গ্রুপ. আপনার প্রয়োজন প্রতিটি লক্ষ্যের জন্য এই যুক্তি দিন। ডিফল্ট: the
কনফিগারেশন ফাইলে `default_targets'-এর মান; 'সব' যদি দেওয়া না হয়।

আগ্রহের কিছু লক্ষ্য:

সব পদ্ধতি যা GPL বা অ-বাণিজ্যিক সত্ত্বাগুলিতে পুনরায় বিতরণযোগ্য

ঐচ্ছিক
যে পদ্ধতির সাথে খাপ খায় না সব

লক্ষ্যগুলির একটি তালিকার জন্য /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk দেখুন ("উৎস ব্যবহার করুন
লুক")।

-v, --সংস্করণ
প্রিন্ট প্যাকেজ সংস্করণ

-w, --ওয়ার্ক-ডির
ওয়ার্কিং ডিরেক্টরি, ঐচ্ছিক

ডেটাবেস অপশন
--bigblastdb
ব্যাপক বিস্ফোরণ ডাটাবেসের পথ

--big80blastdb
80% সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি রিডানডেন্সি লেভেলে ব্যাপক বিস্ফোরণ ডাটাবেসের পথ

--pfam2db
Pfam v2 ডাটাবেস, যেমন Pfam_ls

--pfam3db
Pfam v3 ডাটাবেস, যেমন Pfam-A.hmm

--prodomblastdb
অপ্রচলিত। এই যুক্তিটি শুধুমাত্র পুরানো সংস্করণগুলির সাথে সামঞ্জস্য বজায় রাখার জন্য রাখা হয়েছে।

--প্রোসিটেড্যাট
`prosite.dat' ফাইলের পথ, দেখুন


--prositeconvdat
`prosite_convert.dat' ফাইলের পথ, দেখুন


--swissblastdb
SwissProt ব্লাস্ট ডাটাবেসের পথ

আচ্ছাদন সংশ্লিষ্ট অপশন
--acl, --সেটাক্ল
অ্যাক্সেস নিয়ন্ত্রণ তালিকা সেট করুন। অ্যাক্সেস নিয়ন্ত্রণ তালিকা সেট করা হয় কেবল ক্ষেত্রে ফলাফল হয়
ক্যাশে সংরক্ষিত। এই বিকল্পটি অন্যথায় অকার্যকর। পূর্ববর্তী সব ACL হয়
হারিয়ে গেছে - একত্রিত হয়নি। রিড বিট ফলাফলের ব্রাউজযোগ্যতা নিয়ন্ত্রণ করে। অন্যান্য বিট না
ব্যবহৃত যেমন

u:lkajan:4,u:gyachdav:4,g:lkajan:4,o::0

--ক্যাশে-মার্জ
--nocache-merge
ক্যাশে ফলাফল মার্জ/মার্জ করবেন না। --ক্যাশে-মার্জ ইতিমধ্যে ক্যাশে ফলাফল পুনরায় ব্যবহার;
এই বাঁক --ব্যবহার-ক্যাশে স্বয়ংক্রিয়ভাবে চালু --ক্যাশে-মার্জ এর সাথে বেমানান
--ফোর্স-ক্যাশে-স্টোর.

--nocache-merge ডিফল্ট যদি না হয়

· --ব্যবহার-ক্যাশে চালু আছে এবং

· --নোফোর্স-ক্যাশে-স্টোর কার্যকর হয় এবং

· --লক্ষ্য ব্যবহৃত হয় এবং

· ক্যাশে খালি নয়

--ক্যাশে-মার্জ ক্যাশে খালি থাকলে নীরবে উপেক্ষা করা হয়।

--ফোর্স-ক্যাশে-স্টোর
--নোফোর্স-ক্যাশে-স্টোর
ক্যাশে ফলাফলের জোর করে সঞ্চয়স্থান সক্ষম/অক্ষম করুন। বোঝায় --ব্যবহার-ক্যাশে. ডিফল্ট:
--নোফোর্স-ক্যাশে-স্টোর

সঙ্গে --নোফোর্স-ক্যাশে-স্টোর যখন অনুমান করা প্রোটিন ক্যাশে ফলাফল খুঁজে পায় তখন এটি সহজভাবে নিয়ে আসে
এগুলি ক্যাশে থেকে এবং কোন প্রক্রিয়াকরণ করে না (যদিও ফলাফলগুলি অসম্পূর্ণ হয়)। সঙ্গে
--ফোর্স-ক্যাশে-স্টোর predictprotein ক্যাশে থেকে কিছু আনয়ন না কিন্তু করে
ফলাফলগুলি সঞ্চয় করুন, যা ক্যাশে করা হয়েছিল তা সম্পূর্ণরূপে প্রতিস্থাপন করুন।

--ফোর্স-ক্যাশে-স্টোর এর সাথে বেমানান --ক্যাশে-মার্জ.

--ব্যবহার-ক্যাশে
--nouse-cache
প্রোটিন ফলাফলের পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য ক্যাশে ব্যবহার/ব্যবহার করবেন না। ডিফল্ট: --nouse-cache.

ডিফল্ট ওভাররাইড করতে কনফিগারেশন ফাইলগুলিতে বিকল্প `use_cache' দেওয়া যেতে পারে।

ত্রুটি

253 ক্রম খুব দীর্ঘ, দেখুন --সংখ্যা

254 ক্রম খুব ছোট, প্রফেসর দ্বারা প্রয়োজনীয় ন্যূনতম দৈর্ঘ্যের চেয়ে ছোট। দেখা
--প্রফনুমরেসমিন.

উদাহরণ

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp --target query.profRdb --target loctree3

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --output-dir /tmp/pp

আচ্ছাদন উদাহরণ
ক্যাশে ফলাফল সঞ্চয় করুন, ফাইল সংরক্ষণের বিষয়ে চিন্তা করবেন না --আউটপুট-ডির:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7

ক্যাশে স্টোরে না থাকলে, অন্যথায় ক্যাশে থেকে ফলাফল আনুন --আউটপুট-ডির:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7 --output-dir /tmp/pp

পরিবেশ

প্রিডিক্টপ্রোটিনকনফ
অন্যান্য কনফিগারেশন ওভাররাইড করে ব্যবহার করার জন্য predictproteinrc কনফিগারেশন ফাইলের অবস্থান
নথি পত্র

onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে প্রেডিক্টপ্রোটিন ব্যবহার করুন