রিমেপ - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

remap - একটি নিউক্লিওটাইড ক্রমানুসারে সীমাবদ্ধতা এনজাইম বাইন্ডিং সাইটগুলি প্রদর্শন করুন

সাইনোপিসিস

পুনর্নির্মাণ -ক্রম seqall -এমফাইল তথ্য ফাইল -এনজাইম স্ট্রিং - সাইটলেন পূর্ণসংখ্যা [-মিনকাট পূর্ণসংখ্যা]
[-ম্যাক্সকাটস পূর্ণসংখ্যা] [-একক বুলিয়ান] [-ভোঁতা বুলিয়ান] [- আঠালো বুলিয়ান]
[-অস্পষ্টতা বুলিয়ান] [- প্লাজমিড বুলিয়ান] [-মিথিলেশন বুলিয়ান] [-ব্যবসায়িক বুলিয়ান]
[-টেবিল তালিকা] [-ফ্রেম তালিকা] -আউটফাইল আউটফাইল [-কাটলিস্ট বুলিয়ান]
[- সমতল বিন্যাস বুলিয়ান] [-সীমা বুলিয়ান] -অনুবাদ বুলিয়ান - বিপরীত বুলিয়ান
-orfminsize পূর্ণসংখ্যা -বড় হাতের অক্ষর পরিসর -লক্ষণীয় করা পরিসর -ত্রিলেটার বুলিয়ান
-সংখ্যা বুলিয়ান -প্রস্থ পূর্ণসংখ্যা -দৈর্ঘ্য পূর্ণসংখ্যা - মার্জিন পূর্ণসংখ্যা -আম বুলিয়ান
- বর্ণনা বুলিয়ান -অফসেট পূর্ণসংখ্যা -html বুলিয়ান

পুনর্নির্মাণ -হেল্প

বর্ণনাঃ

পুনর্নির্মাণ এটি EMBOSS ("ইউরোপীয় মলিকুলার বায়োলজি ওপেন সফটওয়্যার) থেকে একটি কমান্ড লাইন প্রোগ্রাম
সুইট"). এটি "ডিসপ্লে,নিউক্লিক:রিস্ট্রিকশন,নিউক্লিক:ট্রান্সলেশন" কমান্ডের অংশ
দল(গুলি)।

বিকল্প

ইনপুট অধ্যায়
-ক্রম seqall

-এমফাইল তথ্য ফাইল
ডিফল্ট মান: Emethylsites.dat

প্রয়োজনীয় অধ্যায়
-এনজাইম স্ট্রিং
REBASE ডাটাবেস থেকে সমস্ত এনজাইমের নামের মধ্যে 'সমস্ত' নামটি পড়ে। আপনি নির্দিষ্ট করতে পারেন
এনজাইমের মধ্যে কমা দিয়ে তাদের নাম দিয়ে, যেমন:
'HincII, hinfI, ppiI, হিন্দি'। নামের ক্ষেত্রে গুরুত্বপূর্ণ নয়। আপনি একটি নির্দিষ্ট করতে পারেন
এনজাইম ধারণ করা ফাইলের নাম দিয়ে এনজাইমের নামের ফাইলটি পড়তে হবে
এর সামনে একটি '@' অক্ষর সহ নাম, উদাহরণস্বরূপ, '@enz.list'। ফাঁকা লাইন এবং
হ্যাশ অক্ষর বা '!' দিয়ে শুরু হওয়া লাইন উপেক্ষা করা হয় এবং অন্যান্য সমস্ত লাইন হয়
একটি কমা অক্ষর ',' এর সাথে একত্রে সংযুক্ত এবং তারপরের তালিকা হিসাবে গণ্য করা হয়
অনুসন্ধান করার জন্য এনজাইম। এনজাইম নামের একটি ফাইলের উদাহরণ হল: ! আমার এনজাইম HincII,
ppiII! অন্যান্য এনজাইম hindiii HinfI PpiI ডিফল্ট মান: সব

- সাইটলেন পূর্ণসংখ্যা
এটি সীমাবদ্ধতা এনজাইম স্বীকৃতি সাইটের সর্বনিম্ন দৈর্ঘ্য সেট করে। যে কোনো এনজাইম
এর চেয়ে ছোট সাইটগুলিকে উপেক্ষা করা হবে। ডিফল্ট মান: 4

অতিরিক্ত অধ্যায়
-মিনকাট পূর্ণসংখ্যা
এটি যে কোনো সীমাবদ্ধতা এনজাইমের জন্য কাটের ন্যূনতম সংখ্যা নির্ধারণ করে
বিবেচনা করা যেকোনো এনজাইম যা এর চেয়ে কম বার কেটে যায় তা উপেক্ষা করা হবে। ডিফল্ট মান:
1

-ম্যাক্সকাটস পূর্ণসংখ্যা
এটি কোন সীমাবদ্ধতা এনজাইমের জন্য সর্বোচ্চ সংখ্যক কাট নির্ধারণ করে
বিবেচনা করা যে কোনো এনজাইম যা এর চেয়ে বেশি বার কাটে তা উপেক্ষা করা হবে। ডিফল্ট মান:
2000000000

-একক বুলিয়ান
যদি এটি সেট করা থাকে তাহলে এটি mincuts এবং maxcuts কোয়ালিফায়ারগুলির মানগুলিকে জোর করে৷
উভয়ই 1। অন্য যে কোনো মান আপনি তাদের সেট করতে পারেন তা উপেক্ষা করা হবে। ডিফল্ট মান: N

-ভোঁতা বুলিয়ান
এটি সেই এনজাইমগুলিকে অনুমতি দেয় যা এগিয়ে এবং বিপরীত দিকে একই অবস্থানে কাটা হয়
বিবেচনা করা strands. ডিফল্ট মান: Y

- আঠালো বুলিয়ান
এটি সেই এনজাইমগুলিকে অনুমতি দেয় যা সামনের দিকে এবং বিপরীত দিকে বিভিন্ন অবস্থানে কাটা হয়
strands, একটি overhang রেখে, বিবেচনা করা. ডিফল্ট মান: Y

-অস্পষ্টতা বুলিয়ান
এটি সেই এনজাইমগুলির অনুমতি দেয় যেগুলির প্যাটার্নে এক বা একাধিক 'N' অস্পষ্টতা কোড রয়েছে
ডিফল্ট মান হিসাবে বিবেচিত হবে: Y

- প্লাজমিড বুলিয়ান
যদি এটি সেট করা থাকে তবে এটি সীমাবদ্ধতা এনজাইম সনাক্তকরণ সাইট এবং অনুসন্ধানের অনুমতি দেয়
বিবেচ্য অনুক্রমের শেষ পর্যন্ত বিস্তৃত অবস্থানগুলি কাটুন। ডিফল্ট মান: N

-মিথিলেশন বুলিয়ান
যদি এটি সেট করা থাকে তবে RE স্বীকৃতি সাইটগুলি মিথাইলেড বেসের সাথে মিলবে না। ডিফল্ট
মান: এন

-ব্যবসায়িক বুলিয়ান
যদি এটি সেট করা হয়, তবে শুধুমাত্র বাণিজ্যিক সরবরাহকারীর সাথে সেই এনজাইমগুলি অনুসন্ধান করা হবে
জন্য আপনি যদি এনজাইমগুলির একটি সুস্পষ্ট তালিকা নির্দিষ্ট করে থাকেন তবে এই কোয়ালিফায়ারটিকে উপেক্ষা করা হয়
REBASE ডাটাবেসের 'সমস্ত' এনজাইমের মাধ্যমে অনুসন্ধান করার পরিবর্তে অনুসন্ধান করুন। এটা
অনুমান করা হয় যে, আপনি যদি একটি সুস্পষ্ট এনজাইমের জন্য জিজ্ঞাসা করছেন, তাহলে আপনি সম্ভবত জানেন
কোথা থেকে এটি পেতে হবে এবং তাই সমস্ত এনজাইমের নাম যা আপনি অনুসন্ধান করতে বলেছেন,
এবং কোন কাটা, তাদের একটি বাণিজ্যিক সরবরাহকারী আছে কিনা তা রিপোর্ট করা হবে।
ডিফল্ট মান: Y

-টেবিল তালিকা

-ফ্রেম তালিকা
এটি আপনাকে অনুবাদ করা ফ্রেমগুলি নির্দিষ্ট করতে দেয়। আপনি যদি প্রদর্শন না করা হয়
বিপরীত অর্থে সাইট কাট, তাহলে বিপরীত অর্থে অনুবাদ হবে না
আপনি ফ্রেম 4, 5 বা 6 অনুরোধ করলেও প্রদর্শিত হবে। ডিফল্টরূপে, সমস্ত ছয়টি ফ্রেম হবে
প্রদর্শিত হবে ডিফল্ট মান: 6

আউটপুট অধ্যায়
-আউটফাইল আউটফাইল

-কাটলিস্ট বুলিয়ান
এটি কাটা এনজাইমগুলির আউটপুটে তালিকা তৈরি করে, যেগুলি কাটে কিন্তু হয়৷
বাদ দেওয়া হয়েছে কারণ যেটি mincut থেকে কম বার বা maxcut এবং সেইগুলির চেয়ে বেশি বার কাটে
এনজাইম যা কাটে না। ডিফল্ট মান: Y

- সমতল বিন্যাস বুলিয়ান
এটি আউটপুট বিন্যাসকে এমন একটিতে পরিবর্তন করে যেখানে স্বীকৃতি সাইটটি একটি সারি দ্বারা নির্দেশিত হয়
এর '===' অক্ষর এবং কাট সাইট ফরওয়ার্ডে একটি '>' অক্ষর দ্বারা নির্দেশিত হয়
অর্থ, বা বিপরীত অর্থে একটি '<'। ডিফল্ট মান: N

-সীমা বুলিয়ান
এটি প্রতিটি গ্রুপ থেকে শুধুমাত্র একটি এনজাইমে এনজাইমের রিপোর্টিং সীমাবদ্ধ করে
isoschizomers একটি আইসোশিজোমার গ্রুপের প্রতিনিধিত্ব করার জন্য নির্বাচিত এনজাইমটি হল প্রোটোটাইপ
প্রোগ্রাম দ্বারা তৈরি করা ডেটা ফাইল 'embossre.equ'-এ নির্দেশিত
'rebaseextract'। আপনি যদি বিভিন্ন প্রোটোটাইপ ব্যবহার করতে পছন্দ করেন তবে এর একটি অনুলিপি তৈরি করুন
আপনার হোম ডিরেক্টরিতে embossre.equ এবং এটি সম্পাদনা করুন। এই মান মিথ্যা হতে সেট করা হলে
ইনপুট এনজাইম সব রিপোর্ট করা হবে. আপনি যদি এটি মিথ্যা সেট করতে পছন্দ করতে পারেন
তাদের 'সমস্ত' অনুসন্ধান করার পরিবর্তে এনজাইমের একটি সুস্পষ্ট সেট সরবরাহ করছে। ডিফল্ট
মান: Y

-অনুবাদ বুলিয়ান
এটি আউটপুটে সিকোয়েন্সের 6-ফ্রেম অনুবাদ প্রদর্শন করে। ডিফল্ট মান: Y

- বিপরীত বুলিয়ান
এটি কাটা সাইট এবং বিপরীত অর্থের অনুবাদ প্রদর্শন করে। ডিফল্ট মান: Y

-orfminsize পূর্ণসংখ্যা
এটি প্রদর্শনের জন্য ওপেন রিডিং ফ্রেম (ORFs) এর সর্বনিম্ন আকার সেট করে৷
অনুবাদ অন্য সব অনুবাদ অঞ্চলে অ্যামিনো অ্যাসিড পরিবর্তন করে মুখোশ করা হয়
'-' চরিত্র.

-বড় হাতের অক্ষর পরিসর
অঞ্চলগুলিকে বড় হাতের অক্ষরে রাখতে হবে৷ যদি এটি খালি রাখা হয়, তাহলে সিকোয়েন্স কেসটি বাকি থাকে
একা অঞ্চলগুলির একটি সেট জোড়া অবস্থানের একটি সেট দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়। পদগুলো হলো
পূর্ণসংখ্যা এগুলি যে কোনও অ-অঙ্ক, অ-আলফা অক্ষর দ্বারা পৃথক করা হয়। অঞ্চলের উদাহরণ
স্পেসিফিকেশন হল: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-লক্ষণীয় করা পরিসর
HTML এর জন্য বিন্যাস করা হলে অঞ্চলগুলিকে রঙ করতে হবে৷ যদি এটি খালি রাখা হয়, তাহলে ক্রমটি
একা থাকতে দাও. অঞ্চলগুলির একটি সেট জোড়া অবস্থানের একটি সেট দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়। দ্য
অবস্থান পূর্ণসংখ্যা। তারা যে কোনো বৈধ HTML ফন্ট রঙ দ্বারা অনুসরণ করা হয়. উদাহরন স্বরুপ
অঞ্চলের বৈশিষ্ট্যগুলি হল: 24-45 নীল 56-78 কমলা 1-100 সবুজ 120-156 লাল এর একটি ফাইল
রং থেকে রেঞ্জ (প্রতি লাইনে এক রেঞ্জ) '@filename' হিসেবে নির্দিষ্ট করা যেতে পারে।

-ত্রিলেটার বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N

-সংখ্যা বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N

-প্রস্থ পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্ট মান: 60

-দৈর্ঘ্য পূর্ণসংখ্যা

- মার্জিন পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্ট মান: 10

-আম বুলিয়ান
আপনি যদি ডিফল্ট সিকোয়েন্সের আইডি নাম প্রদর্শন করতে না চান তবে এটিকে মিথ্যা হিসাবে সেট করুন
মান: Y

- বর্ণনা বুলিয়ান
আপনি যদি অনুক্রমের বর্ণনা প্রদর্শন করতে না চান তবে এটিকে মিথ্যা হিসাবে সেট করুন
ডিফল্ট মান: Y

-অফসেট পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্ট মান: 1

-html বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে রিমেপ ব্যবহার করুন