sak - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

সাক - slicing এবং FASTA / FASTQ ফাইলের dicing ..

সাইনোপিসিস

sak [বিকল্প] [\Bo আউট{fa,fq}] IN।{fa,fq}

বর্ণনাঃ

"এটি টুকরো টুকরো করে, ডাইস করে এবং লন্ড্রি করে!"

Manuel Holtgrewe দ্বারা মূল SAK টুলের পুনর্লিখন।

-h, --help

এই সাহায্য বার্তা প্রদর্শন করে.

--সংস্করণ

সংস্করণ তথ্য প্রদর্শন করুন

আউটপুট বিকল্প:

-o, --আউট-পথ ফাস্টএক্স

ফলস্বরূপ ফাইলের পাথ। যদি বাদ দেওয়া হয়, ফলাফল stdout এ মুদ্রিত হয়। ফাইল ব্যবহার করুন
.fq বা তে শেষ হচ্ছে। FASTQ লিখতে। বৈধ ফাইলের প্রকারগুলি হল: .fq, .fastq, .fa,
.fasta, .faa, .ffn, .fna, এবং .frn.

-rc, --revcomp

বিপরীত-পরিপূরক আউটপুট।

-l, --সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য LEN এর

লেখার জন্য সর্বাধিক সংখ্যক সিকোয়েন্স অক্ষর।

ফিল্টার বিকল্প:

-s, --ক্রম NUM টি

0-ভিত্তিক সূচক দ্বারা নিষ্কাশনের জন্য প্রদত্ত ক্রম নির্বাচন করুন।

-sn, --ক্রম-নাম NAME এর

নাম উপসর্গ সহ ক্রম নির্বাচন করুন NAME।

-এসএস, -- ক্রম শ্রেণিটি

0-ভিত্তিক সূচকগুলি থেকে কোথা থেকে এবং যেখান থেকে ক্রম নির্বাচন করুন।

-i, --ইনফিক্স শ্রেণিটি

0-ভিত্তিক সূচকগুলি থেকে কোথা থেকে এবং থেকে অক্ষর নির্বাচন করুন।

-ll, --লাইন দৈর্ঘ্য LEN এর

আউটপুট ফাইলে লাইনের দৈর্ঘ্য সেট করুন। বিস্তারিত জানার জন্য বিভাগ লাইন দৈর্ঘ্য দেখুন. সীমার মধ্যে
[-1..inf]।

লাইন দৈর্ঘ্য

আপনি সেটিং ব্যবহার করতে পারেন --লাইন দৈর্ঘ্য রেখার দৈর্ঘ্য নির্ধারণের জন্য। দ্বারা
ডিফল্ট, FASTA ফাইলের সিকোয়েন্সগুলি প্রতি লাইনে সর্বাধিক 70টি অক্ষর দিয়ে লেখা হয়
এবং FASTQ ফাইলের ক্রমগুলি কোন লাইন বিরতি ছাড়াই লেখা হয়। মান
FASTQ ফাইলে ক্রমটি অবশিষ্টাংশের অনুক্রমের মতোই লেখা হয়।

ডিফল্ট একটি দিয়ে নির্বাচন করা হয় --লাইন দৈর্ঘ্য মান -1 এবং লাইন ব্রেক হতে পারে
0 এর মান দিয়ে নিষ্ক্রিয়।

ব্যবহারের উদাহরণ

সাক -s 10 IN.fa

IN.fa থেকে 11 তম সিকোয়েন্স কেটে ফেলুন এবং stdout-এ FASTA লিখুন।

সাক -এসএস 10-12 -এসএস 100-200 IN.fq

11 তম থেকে এবং 12 তম এবং 101 তম পর্যন্ত এবং 199 তম ক্রম সহ বাদ দিন
IN.fq থেকে এবং FASTA হিসাবে stdout-এ লিখুন।

সংস্করণ

sak সংস্করণ: 0.2 সর্বশেষ আপডেট নভেম্বর 2012

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে sak অনলাইন ব্যবহার করুন