এটি হল কমান্ড স্ফেচ যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
sfetch - একটি ফ্ল্যাটফাইল ডাটাবেস থেকে একটি ক্রম পান।
সাইনোপিসিস
sfetch [বিকল্প] অনুক্রম
বর্ণনাঃ
sfetch নামের ক্রম উদ্ধার করে অনুক্রম একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেস থেকে।
কোন ডাটাবেস ব্যবহার করা হয় তা দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয় -d এবং -D অপশন, বা "ছোট ডাটাবেস" এবং
"বড় ডাটাবেস"। "বড় ডেটাবেস" এর ডিরেক্টরি অবস্থান দ্বারা নির্দিষ্ট করা যেতে পারে
এনভায়রনমেন্ট ভেরিয়েবল, যেমন সুইসপ্রট এর জন্য $SWDIR এবং Genbank এর জন্য $GBDIR (দেখুন -D উন্নত
সম্পূর্ণ তালিকা)। একটি সম্পূর্ণ ফাইল পাথ "ছোট ডাটাবেস" এর জন্য নির্দিষ্ট করা আবশ্যক। দ্বারা
ডিফল্ট, যদি কোন বিকল্প নির্দিষ্ট করা না থাকে এবং নামটি একটি Swissprot শনাক্তকারীর মত দেখায়
(যেমন এটির একটি _ অক্ষর রয়েছে), $SWDIR এনভায়রনমেন্ট ভেরিয়েবল চেষ্টা করার জন্য ব্যবহৃত হয়
ক্রম পুনরুদ্ধার করুন অনুক্রম সুইসপ্রট থেকে।
অন্যান্য বিভিন্ন বিকল্প উপলব্ধ রয়েছে যা পরবর্তীগুলি পুনরুদ্ধারের অনুমতি দেয় (-f, -t);
নামের পরিবর্তে যোগদান নম্বর দ্বারা পুনরুদ্ধার (-a); নিষ্কাশিত ক্রম পুনরায় ফরম্যাট করা
অন্যান্য বিভিন্ন ফরম্যাটে (-F); ইত্যাদি
যদি ডাটাবেস SSI সূচী করা হয়, ক্রম পুনরুদ্ধার অত্যন্ত দক্ষ হবে;
অন্যথায়, পুনরুদ্ধার বেদনাদায়কভাবে ধীর হতে পারে (সম্পূর্ণ ডাটাবেস মেমরিতে পড়তে হতে পারে
খুঁজতে অনুক্রম) SSI সূচীকরণ সমস্ত বড় বা স্থায়ী ডাটাবেসের জন্য সুপারিশ করা হয়। দ্য
কার্যক্রম sindex যেকোনো সিকোয়েন্স ফাইলের জন্য SSI সূচী তৈরি করে।
sfetch মূলত নামকরণ করা হয়েছিল গেটসেক, এবং এর নাম পরিবর্তন করা হয়েছে কারণ এটি একটি GCG প্রোগ্রামের সাথে সংঘর্ষে লিপ্ত হয়েছে
একই নাম
বিকল্প
-a ব্যাখ্যা করা অনুক্রম একটি অ্যাক্সেস নম্বর হিসাবে, একটি শনাক্তকারী নয়।
-d
নামের একটি সিকোয়েন্স ফাইল থেকে ক্রমটি পুনরুদ্ধার করুন . যদি একটি জিএসআই সূচক
.gsi বিদ্যমান, এটি পুনরুদ্ধারের গতি বাড়াতে ব্যবহৃত হয়।
-f
অবস্থান থেকে শুরু করে একটি পরবর্তী অংশ বের করুন , বরং 1 থেকে। দেখুন -টি
If চেয়ে বড় (যেমন দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে -t বিকল্প), তারপর ক্রম
এর বিপরীত পরিপূরক হিসাবে নিষ্কাশিত হয় (এটি নিউক্লিক অ্যাসিড ক্রম বলে ধরে নেওয়া হয়)।
-h সংক্ষিপ্ত সাহায্য মুদ্রণ; সংস্করণ নম্বর এবং সমস্ত বিকল্পের সারাংশ অন্তর্ভুক্ত, সহ
বিশেষজ্ঞের বিকল্প।
-o
নামের একটি ফাইলে আউটপুট নির্দেশ করুন . ডিফল্টরূপে, আউটপুট যেতে হবে
stdout
-r
অনুক্রমের নাম পরিবর্তন করুন নিষ্কাশনের পরে আউটপুটে। ডিফল্টরূপে,
মূল ক্রম শনাক্তকারী বজায় রাখা হবে। দরকারী, উদাহরণস্বরূপ, যদি পুনরুদ্ধার করা হয়
একটি ক্রম খণ্ড; নামের সাথে খণ্ডের স্থানাঙ্ক যোগ করা যেতে পারে
(এটা Pfam করে)।
-t
অবস্থানে শেষ হয় এমন একটি অনুবর্তন বের করুন , বরং শেষে
ক্রম. দেখা -চ If কম (যেমন দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে -f বিকল্প),
তারপর ক্রমটি এর বিপরীত পরিপূরক হিসাবে বের করা হয় (এটি অনুমান করা হয়
নিউক্লিক অ্যাসিড ক্রম)
-D
কোডেড মূল ক্রম ডাটাবেস থেকে ক্রমটি পুনরুদ্ধার করুন . জন্য প্রতি
কোড, সেখানে is an পরিবেশ ভেরিয়েবল যে ডিরেক্টরির পাথ নির্দিষ্ট করে
তথ্যশালা. স্বীকৃত কোড এবং তাদের সংশ্লিষ্ট পরিবেশ ভেরিয়েবল হয় -Dsw
(Swissprot, $SWDIR); -ডিপির (PIR, $PIRDIR); -ডেম (EMBL, $EMBLDIR); -ডিজিবি (জেনব্যাঙ্ক,
$GBDIR); -Dwp (Wormpep, $WORMDIR); এবং -ডাউল (OWL, $OWLDIR)। প্রতিটি ডাটাবেস পড়া হয়
এর নেটিভ ফ্ল্যাটফাইল বিন্যাসে।
-F
নিষ্কাশিত ক্রমটিকে একটি ভিন্ন বিন্যাসে পুনরায় ফর্ম্যাট করুন৷ (ডিফল্টরূপে, ক্রম
ডাটাবেসের মতো একই বিন্যাসে ডাটাবেস থেকে বের করা হয়।) উপলব্ধ
বিন্যাস হয় প্রতীক, ফাস্তা, জেনব্যাঙ্ক, জিসিজি, স্ট্রাইডার জুকার, ig, পীর, স্কুইড, এবং কাঁচা
বিশেষজ্ঞের বিকল্প
-- তথ্য
সিকোয়েন্স ফাইল ফরম্যাটে আছে তা উল্লেখ করুন , ডিফল্ট FASTA এর পরিবর্তে
বিন্যাস সাধারণ উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
বা ফিলিপ; গৃহীত বিন্যাসের সম্পূর্ণ তালিকার জন্য মুদ্রিত ডকুমেন্টেশন দেখুন
নাম এই বিকল্পটি ডিফল্ট বিন্যাস (FASTA) ওভাররাইড করে -B বাবেলফিশ
স্বয়ংক্রিয় সনাক্তকরণ বিকল্প।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে স্ফেচ ব্যবহার করুন