এটি হল xplor2gmx কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
xplor2gmx - XPLOR দূরত্ব সীমাবদ্ধতাকে Gromacs বিন্যাসে রূপান্তর করুন
সাইনোপিসিস
xplor2gmx (অবশিষ্ট অফসেট) input.pdb
বর্ণনাঃ
xplor2gmx দূরত্ব সংযম ডেটা সহ একটি XPLOR ইনপুট ফাইল পড়ে যেমন কখনও কখনও পাওয়া যায়
পিডিবি ডাটাবেস (http://www.pdb.org) এই ইনপুট ফাইল থেকে ডিহেড্রাল রেস্ট্রিন্ট হওয়া উচিত
সরানো হয়েছে, যাতে শুধুমাত্র দূরত্বের সীমাবদ্ধতা বাকি থাকে। স্ক্রিপ্ট অস্পষ্ট হ্যান্ডেল করতে পারেন
সংযম এটি দূরত্বের সংযমগুলিকে GROMACS বিন্যাসে রূপান্তর করে।
STDIN-এ একটি রেস্ট্রেন্টস ফাইল (.dat) প্রদান করা উচিত এবং একটি উপযুক্ত আউটপুট ফাইল (.itp)
STDOUT এ পাঠানো হয়েছে।
উদাহরণ
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
বিকল্প
xplor2gmx দুটি কমান্ড লাইন বিকল্প প্রয়োজন: প্রথম, অবশিষ্টাংশ অফসেট (পূর্ণসংখ্যা); দ্বিতীয়,
.pdb ফাইলের নাম। pdb ফাইলে অবশ্যই সঠিক পরমাণু সংখ্যা থাকতে হবে।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে xplor2gmx ব্যবহার করুন