এটি ISVASE নামের লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশ ISVASE1.1.tar.gz হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
ডাউনলোড করুন এবং অনলাইনে ISVASE নামের এই অ্যাপটি OnWorks সহ বিনামূল্যে চালান।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রিনশট:
ISVASE
বর্ণনাঃ
সঠিক পরিপক্ক mRNAs তৈরি করতে, exons চিহ্নিত করতে হবে এবং RNA স্প্লাইসিং মেকানিজম দ্বারা সুনির্দিষ্টভাবে এবং দক্ষতার সাথে একত্রে যোগ দিতে হবে। উল্লেখ্য যে সমস্ত রোগ-সৃষ্টিকারী মিউটেশনের প্রায় এক তৃতীয়াংশ বা অর্ধেক RNA স্প্লিসিংকে প্রভাবিত করে। যাইহোক, RNA-seq ডেটার উপর ভিত্তি করে স্প্লিসিং ইভেন্ট (SVASE) এর সাথে যুক্ত সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্টগুলিকে সরাসরি সনাক্ত করার জন্য সামান্য বায়োইনফরমেটিক্স সরঞ্জাম রয়েছে। আমরা ISVASE তৈরি করেছি, RNA-seq ডেটা ব্যবহার করে সরাসরি SVASE সনাক্ত করার জন্য একটি সহজ এবং সুবিধাজনক টুল। বিদ্যমান সফ্টওয়্যার PVAAS-এর সাথে তুলনা করে, আমাদের পদ্ধতিতে বেশ কিছু সুবিধা রয়েছে যেমন প্রতিটি ধাপে কঠোর নিয়ম-নির্ভর ফিল্টার এবং পরিসংখ্যানগত ফিল্টার, পরিচিত স্প্লাইসিং ইভেন্টগুলির জন্য সনাক্তকরণ ক্রম ভেরিয়েন্ট, পৃথকভাবে স্প্লিসিং (জাংশন) এর দুটি অংশে সনাক্তকরণ ক্রম ভেরিয়েন্ট, সনাক্তকরণ জংশন শিফট ঘটনাগুলি যদি পরিচিত স্প্লিসিং টীকা প্রদান করে, স্প্লিসিং সংকেত মূল্যায়ন করে, পরিচিত ডিএনএ মিউটেশন এবং/অথবা আরএনএ সম্পাদনা ডেটার সাথে তুলনা করে, এবং স্বল্প চলমান সময়।
বৈশিষ্ট্য
- এটি নতুন স্প্লিসিং ভেরিয়েন্ট এবং পরিচিত স্প্লিসিং ভেরিয়েন্ট উভয়ের জন্য স্প্লিসিং ইভেন্টের সাথে যুক্ত সিকোয়েন্স বৈকল্পিক সনাক্ত করার প্রথম টুল।
- ISVASE প্রথমে প্রতিটি স্প্লিসিং ভেরিয়েন্টের জন্য সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্ট সনাক্ত করে, তারপর তুলনা বিশ্লেষণ এবং পরিসংখ্যান পরীক্ষার জন্য সমস্ত সম্পর্কিত স্প্লিসিং ভেরিয়েন্টের (একই জংশন শুরু বা শেষ) জন্য সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্ট সনাক্ত করে।
- ISVASE পৃথকভাবে জংশনের উভয় অংশের জন্য সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্ট সনাক্ত করে এবং বিচার করে, যা জংশনের বিভিন্ন অংশের জন্য সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্টের প্রভাবকে আরও আলাদা করতে পারে।
- ISVASE বিভিন্ন ধাপে বেশ কিছু কঠোর নিয়ম-নির্ভর ফিল্টার এবং পরিসংখ্যানগত ফিল্টার প্রয়োগ করে।
- ISVASE জংশন শিফ্ট ইভেন্ট এবং জংশন সিগন্যাল (5' ss এবং 3' ss) মিথ্যা স্প্লিসিং ভেরিয়েন্টগুলিকে সরাতে বিবেচনা করে৷
- ISVASE ব্যবহারকারীর প্রদত্ত ডিএনএ মিউটেশন এবং আরএনএ এডিটিং ডেটা ব্যবহার করতে পারে সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্টের উৎসের ধরন নির্ধারণ করতে।
- ISVASE বহিরাগত স্প্লাইসিং বর্ধক মোটিফ অনুসন্ধানের জন্য সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্টের ফ্ল্যাঙ্কিং সিকোয়েন্স পায়।
- ISVASE ডিফল্ট সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্ট ফাইলটিকে ANNOVAR ইনপুট ফরম্যাট ফাইলে রূপান্তর করতে পারে বৈকল্পিক টীকা করার জন্য।
- ISVASE 8টি পরিসংখ্যান ব্যবহার করে স্প্লিসিং ইভেন্টের সাথে যুক্ত সিকোয়েন্স ভেরিয়েন্টের বৈশিষ্ট্য দেখাতে।
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
প্রোগ্রামিং ভাষা
পার্ল
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/isvase/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।