এটি PTESFinder নামের লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশ ptesfinder_v1.tar.gz হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
বিনামূল্যের OnWorks সহ PTESFinder নামের এই অ্যাপটি অনলাইনে ডাউনলোড করুন এবং চালান৷
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
পিটিইএসফাইন্ডার
বর্ণনাঃ
PTESFinder উচ্চ-থ্রুপুট RNAseq ডেটা থেকে পোস্ট-ট্রান্সক্রিপশনাল এক্সন শাফলিং ইভেন্টগুলি সনাক্ত করার জন্য একটি গণনামূলক পাইপলাইন। PTESFinder প্রতিষ্ঠিত RNASeq সরঞ্জামগুলির শক্তিকে কাজে লাগায় এবং এই মিথ্যা ইতিবাচকগুলিকে বিশেষভাবে লক্ষ্য করার জন্য ডিজাইন করা কঠোর ফিল্টার প্রয়োগ করে পদ্ধতিগতভাবে মিথ্যা ইতিবাচক কাঠামোর সমস্ত পরিচিত শ্রেণিকে বাদ দেয়। PTESFinder রিডস ম্যাপিং-এর সারিবদ্ধ গুণাবলীকে পুটেটিভ PTES কাঠামোর সাথে তুলনা করে একই রিডের গুণাবলীর সাথে যখন জিনোমিক অঞ্চলে ম্যাপ করা হয় এবং ক্যানোনিকভাবে স্প্লাইড ট্রান্সক্রিপ্ট। এই পদ্ধতিটি পিটিইএস সমর্থনকারী পাঠের প্রতি আস্থা বাড়ায়। টেমপ্লেট-স্যুইচিং ইভেন্ট থেকে উদ্ভূত রিডগুলি ট্রান্সক্রিপ্টোমের সাথে সারিবদ্ধ করা হলে প্রায়শই বড় ইনডেল দ্বারা চিহ্নিত করা হয়। PTESFinder অতিরিক্ত ফিল্টার ব্যবহার করে PTES এক্সন-এক্সন জংশনের চারপাশে অস্পষ্ট প্রান্তিককরণ সহ রিডগুলি বাদ দিতে, এই সমর্থনকারী রিডগুলিতে আরও আস্থা বাড়ায়। PTESFinder উচ্চ নির্দিষ্টতা বজায় রাখার সময় অন্যান্য প্রকাশিত পদ্ধতির চেয়ে বেশি PTES কাঠামো সনাক্ত করে।
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
কমান্ড লাইন
প্রোগ্রামিং ভাষা
ইউনিক্স শেল, জাভা
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।