Dies ist der Befehl „bowtie2-inspect“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bowtie2-inspect – Wrapper für den Index „bowtie2-inspect-*“.
ZUSAMMENFASSUNG
bowtie2-inspect [Optionen]*
BESCHREIBUNG
Bowtie 2 Version 2.2.6 von Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea)
bt2-Dateiname minus abschließendes .1.bt2/.2.bt2
Standardmäßig werden FASTA-Datensätze der indizierten Nukleotidsequenzen standardmäßig gedruckt
aus. Mit -n, druckt nur Namen. Mit -s, druckt lediglich eine Zusammenfassung des Index
Parameter und Sequenzen. Mit -e, behält gegebenenfalls die Farben bei.
OPTIONAL
--großer-index
Erzwingen Sie die Überprüfung des „großen“ Index, auch wenn ein „kleiner“ vorhanden ist.
-a/--über
Anzahl der Zeichen in der FASTA-Ausgabe (Standard: 60)
-n/--Namen
Nur Referenzsequenznamen drucken
-s/--Zusammenfassung
Zusammenfassung drucken inkl. Referenznamen, Längen, Indexeigenschaften
-e/--bt2-ref
Referenz aus .bt2 rekonstruieren (langsam, Farben bleiben erhalten)
-v/--verbose
Ausführliche Ausgabe (zum Debuggen)
-h/--Hilfe
Drucken Sie eine detaillierte Beschreibung des Tools und seiner Optionen aus
--help Drucken Sie diese Nutzungsnachricht
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