Dies ist der Befehl delta-filter, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Delta-Filter – liest eine Delta-Alignment-Datei entweder von Nucmer oder Promer und filtert sie
Ausrichtungen
ZUSAMMENFASSUNG
Delta-Filter [Optionen]
BESCHREIBUNG
-1 1-zu-1-Ausrichtung, die Neuanordnungen ermöglicht (Schnittpunkt von -r und -q Ausrichtungen)
-g Globale 1-zu-1-Ausrichtung, die keine Neuanordnungen zulässt
-h Hilfeinformationen anzeigen
-i schweben
Legen Sie die minimale Ausrichtungsidentität fest [0, 100], Standard 0
-l int Legt die minimale Ausrichtungslänge fest, Standard 0
-m Viele-zu-viele-Ausrichtung, die Neuordnungen ermöglicht (Vereinigung von -r und -q Ausrichtungen)
-q Ordnet jede Position jeder Abfrage ihrem besten Treffer in der Referenz zu und berücksichtigt dabei
Referenzüberschneidungen
-r Ordnet jede Position jeder Referenz dem besten Treffer in der Abfrage zu und berücksichtigt dabei
Abfrageüberschneidungen
-u float Legt die minimale Eindeutigkeit der Ausrichtung fest, z. B. den Prozentsatz
Die Ausrichtung entspricht der eindeutigen Referenz-UND-Abfragesequenz [0, 100], Standard 0
-o schweben
Legen Sie die maximale Ausrichtungsüberlappung für fest -r und -q Optionen als Prozentsatz der
Ausrichtungslänge [0, 100], Standard 100
-v Drucken Sie die verworfenen Ausrichtungen anstelle derjenigen, die Filter bestehen
-b Kartenduplikationen (XOR von -r und -q Ausrichtungen, die eine oder die andere, aber nicht beide)
Liest eine Delta-Alignment-Datei entweder von Nucmer oder Promer und filtert die Alignments basierend darauf
auf den Befehlszeilenschaltern, so dass nur die gewünschten Ausrichtungen übrig bleiben, an die ausgegeben werden soll
stdout im gleichen Delta-Format wie die Eingabe. Bei mehreren Schaltern Reihenfolge der Vorgänge
ist wie folgt: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Wenn eine Ausrichtung durch eine vorangehende ausgeschlossen wird
Vorgang ausgeführt wird, wird er von den nachfolgenden Vorgängen ignoriert.
Ein wichtiger Unterschied zwischen der -g Option und die -1 und -m Optionen ist das -g
erfordert, dass die Ausrichtungen in ihrer Reihenfolge untereinander konsistent sind, während die -1 und -m
Optionen müssen nicht gegenseitig konsistent sein und tolerieren daher Translokationen.
Inversionen usw. Im Allgemeinen ist die -m Option ist jedoch die beste Wahl -1 kann sein
Praktisch für Anwendungen wie die SNP-Suche, die eine 1-zu-1-Zuordnung erfordern. Schließlich, z
Verwendung zum Zuordnen von Abfrage-Contigs oder Sequenzierungs-Reads zu einem Referenzgenom -qdem „Vermischten Geschmack“. Seine
Vervielfältigungen, die mit dem gedruckt wurden -b Option sind -r und -q Ausrichtungen, die in nicht vorhanden sind
die 1-zu-1-Ausrichtung. Diese Ausrichtungen sind auch der Unterschied zwischen den -1 und -m
Ausrichtungen
Nutzen Sie Delta-Filter online über die Dienste von onworks.net