Dies ist der Befehl ipig, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
ipig – Integration von PSMs in Genom-Browservisualisierungen
ZUSAMMENFASSUNG
ipig <psm Datei> |-g|-c|-cg [ ]
BESCHREIBUNG
iPiG zielt auf die Integration von Peptidspektrum-Matches (PSMs) aus der Massenspektrometrie ab
(MS)-Peptididentifizierungen in Genomvisualisierungen, die von Genombrowsern bereitgestellt werden, z
als UCSC-Genombrowser (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG übernimmt PSMs aus dem MS-Standardformat mzIdentML (*.mzid) oder im Textformat und
liefert Ergebnisse in Genom-Track-Formaten (BED- und GFF3-Dateien), die einfach verarbeitet werden können
in Genombrowser importiert.
OPTIONAL
<psm Datei>
zeigt die Datei mit den Peptidspektrum-Übereinstimmungen an (mzid/txt)
-g, -gui
startet die grafische Benutzeroberfläche von iPiG
-c, -steuern
startet die Gensteuerung, notwendige Dateien müssen in der Konfiguration angegeben werden
Datei
-cg, -controlgui
startet die grafische Benutzeroberfläche der Gensteuerung
-d, -Downloader
startet die Download-GUI
Es kann eine andere Konfigurationsdatei angegeben werden (ansonsten wird ipig.conf geladen).
Standard)
zusätzliche Anforderungen:
Bei Verwendung eines Nicht-GUI-Modus muss eine Konfigurationsdatei (standardmäßig ipig.conf) mehrere enthalten
zusätzliche Parameter, z. B. Angabe des Referenzgenoms etc.
in einem GUI-Modus (-g und -cg) können zusätzliche Parameter auf zwei Arten angegeben werden
über die Schnittstelle oder auch mit einer Konfigurationsdatei.
Schauen Sie sich readme.txt und ipig.conf an, um Beispiele und weitere Details dazu zu finden
zusätzliche Parameter
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