Dies ist der Befehl kalign, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
kalign – führt eine mehrfache Ausrichtung biologischer Sequenzen durch.
ZUSAMMENFASSUNG
kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [Optionen]
kalign [-ich infile.fasta] [-Ö outfile.fasta] [Optionen]
kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Optionen]
BESCHREIBUNG
Kalign ist ein Befehlszeilentool zur Durchführung mehrerer Alignments biologischer Sequenzen. Es
verwendet den String-Matching-Algorithmus von Muth?Manber, um sowohl die Genauigkeit als auch die Geschwindigkeit zu verbessern
der Ausrichtung. Es verwendet einen globalen, progressiven Ausrichtungsansatz, der durch den Einsatz eines erweitert wird
Näherungs-String-Matching-Algorithmus zur Berechnung von Sequenzabständen und durch Einbindung
lokale Übereinstimmungen in die ansonsten globale Ausrichtung.
OPTIONAL
-s -gpo -gapopen -gap_open x
Lückenöffnungsstrafe.
-e -gpe -gap_ext -Gapextension x
Strafe für Lückenverlängerung.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Strafen für Endlücken.
-m -Bonus -matrix_bonus x
Eine der Substitutionsmatrix hinzugefügte Konstante.
-c -Sortieren <Eingabe, Baum, Lücken.>
Die Reihenfolge, in der die Sequenzen im Ausgabe-Alignment erscheinen.
-g -Feature
Wählt den Funktionsmodus aus und gibt an, welche Funktionen verwendet werden sollen: z. B. alle, maxplp,
STRUKT, PFAM-A?
-same_feature_score
Bewertung für die Ausrichtung derselben Features.
-diff_feature_score
Strafe für die Ausrichtung verschiedener Features.
-d -Entfernung <wu, Paar>
Distanzmethode
-b -Baum -Führerbaum <nj, upgma>
Leitbaummethode.
-z -zcutoff
Parameter, der bei der Wu-Manber-basierten Entfernungsberechnung verwendet wird.
-i -in -Eingang
Name der Eingabedatei.
-o -aus -Ausgang
Name der Ausgabedatei.
-a -gap_inc
Erhöht die Lückenstrafen abhängig von der Anzahl der vorhandenen Lücken.
-f -Format <fasta, msf, aln, kl, macsim>
Das Ausgabeformat.
-q -ruhig
Nichts an STDERR drucken. Nichts von STDIN lesen.
REFERENZEN
· Timo Lassmann und Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign – ein präzises und schnelles Multiple
Sequenzausrichtungsalgorithmus. BMC Bioinformatik 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings und Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
Hochleistungs-Multiple-Alignment von Protein- und Nukleotidsequenzen ermöglicht
äußere Merkmale. Nukleinsäureforschung 3:858–865.
AUTOREN
Thymian Lassmann <timolassmann@gmail.com>
Upstream-Autor von Kalign.
Frank Plessy <plessy@debian.org>
Habe die Manpage geschrieben.
COPYRIGHT
Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign ist freie Software. Sie können es gemäß den Bedingungen weiterverbreiten und/oder ändern
GNU General Public License, veröffentlicht von der Free Software Foundation.
Diese Handbuchseite wurde von Charles Plessy geschriebenplessy@debian.org> für Debian(TM)
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Ändern Sie dieses Dokument unter den gleichen Bedingungen wie Kalign selbst.
Auf Debian-Systemen kann der vollständige Text der GNU General Public License Version 2 sein
gefunden in /usr/share/common-licenses/GPL-2.
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