Dies ist der Befehl macs2_bdgopt, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
macs2_bdgopt – Modellbasierte Analyse für ChIP-Sequenzierung
BESCHREIBUNG
Verwendung: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {multiplizieren, addieren, p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFIL
optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-i IFILE, --ifile IFILE
MACS-Score in bedGraph. Hinweis: Dies muss eine bedGraph-Datei sein, die das GESAMTE abdeckt
Genom. ERFORDERLICH
-m {multiplizieren, addieren, p2q}, --Methode {multiplizieren, addieren, p2q}
Methode zum Ändern der Score-Spalte der bedGraph-Datei. Verfügbare Optionen sind:
multiplizieren, addieren oder p2q. 1) multiplizieren, das EXTRAPARAM ist erforderlich und wird es sein
multipliziert mit der Punktespalte. Wenn Sie beabsichtigen, die Punktespalte durch X zu dividieren, verwenden Sie
Wert von 1/X als EXTRAPARAM. 2) hinzufügen, das EXTRAPARAM ist erforderlich und wird hinzugefügt
die Punktespalte. Wenn Sie beabsichtigen, die Bewertungsspalte um X zu subtrahieren, verwenden Sie den Wert von -X
als EXTRAPARAM. 3) p2q, hiermit werden p-Wert-Scores in q-Wert-Scores konvertiert
Benjamini-Hochberg-Prozess. Das EXTRAPARAM ist nicht erforderlich. Diese Methode geht davon aus
Die Noten sind -log10 p-Wert von MACS2. Alle anderen Arten von Punkten führen dazu
unerwartete Fehler.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --extra-param [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
Der zusätzliche Parameter für METHOD. Überprüfen Sie die Details von -m .
--outdir AUSSEN
Wenn angegeben, werden alle Ausgabedateien in dieses Verzeichnis geschrieben. Standard: die
aktuelles Arbeitsverzeichnis
-o OFIL, --ofile OFIL
BEDGraph-Dateiname ausgeben.
Verwenden Sie macs2_bdgopt online über die Dienste von onworks.net