nipy_tsdiffana – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

nipy_tsdiffana – Analysieren und zeichnen Sie Zeitreihendifferenzmetriken

BESCHREIBUNG

Verwendung: nipy_tsdiffana [-h] [--out-file OUT_FILE] [--write-results]

[--out-path OUT_PATH]
[--out-fname-label OUT_FNAME_LABEL] [--time-axis TIME_AXIS] [--slice-axis
SLICE_AXIS] Dateiname

Analysieren und zeichnen Sie Zeitreihendifferenzmetriken

positionell Argumente:
Dateinamen
Dateiname des 4D-Bildes

optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden

--out-Datei OUT_FILE
Grafikdatei, in die geschrieben werden soll, anstatt das Bild auf dem Bildschirm zu belassen

--write-results
Falls angegeben, Diagnosebilder und Analysevariablen schreiben und in OUT_PATH darstellen.
Gegenseitig inkompatibel mit OUT_FILE

--out-path OUT_PATH
Pfad für Ausgabebilddateien (Standard vom FILENAME-Pfad).

--out-fname-label OUT_FNAME_LABEL
mittlerer Teil der Ausgabebild-/Plotdateinamen

--Zeitachse ZEIT_ACHSE
Bildachse für Zeit

--slice-axis SLICE_AXIS
Bildachse für Slice

nipy_tsdiffana führt den Zeitreihendifferenzalgorithmus häufig über ein 4D-Bildvolumen aus
FMRI-Volumen.

Es funktioniert in einem von drei Modi:

* interaktiv: Das Diagramm der Zeitreihendifferenz wird auf dem Bildschirm angezeigt. Dies ist das

Standardmodus

* nicht interaktiv, nur Diagramm: Zeitreihen-Differenzdiagramm in Grafik schreiben

Datei. Verwenden Sie die Datei „--out-file= " Option, um diesen Modus zu aktivieren

* nicht interaktiv, Plot, Bilder und Variablen schreiben: Plot in Datei schreiben und

Schreiben Sie generierte Diagnosebilder und Variablen auch in Dateien. Benutzen Sie die
Flag „--write-results“, um diese Option zu aktivieren. Die generierten Dateinamen stammen von
die Ergebnisse der Optionen „--out-path“ und „--out-fname-label“ (siehe Hilfe).

Option zum Schreiben von Ergebnissen, generierte Dateien -------------------------------------

Bei der Zeitpunktanalyse ermitteln wir zwischen den einzelnen Zeitpunkten ein Differenzvolumen
Punkt und der nächste Zeitpunkt in der Serie. Wenn wir T-Volumina haben, dann wird es welche geben
(T-1) Differenzvolumina. Nennen Sie den Vektor der Differenzvolumina DV und den ersten
Differenzvolumen DV[0]. DV[0] ergibt sich also aus der Subtraktion des zweiten Volumens im 4D
Eingabebild vom ersten Volumen im 4D-Eingabebild. Die elementweisen quadrierten Werte
von DV[0] ist *DV2[0]*.

Die folgenden Bilder werden generiert. ist die Erweiterung des Eingabedateinamens (z. B
'.nii'):

* "dv2_max_ " : 3D-Bildvolumen, aus dem jedes Slice S ein Slice ist

alle DV2[0] (Slice S) bis DV2[T-1] (Slice S), die das Maximum summiert haben
quadrierte Werte. Dieses Volumen gibt einen Eindruck von den schlechtesten (größten Differenz-)Slices
über die gesamte Zeitreihe.

* "dv2_mean_ " : der Mittelwert aller DV2-Volumen DV2[0] .. DV[T-1]

über die Volumen-(Zeit-)Dimension.
Höhere Voxelwerte in diesem Volumen bedeuten

dass die Unterschiede von Zeitpunkt zu Zeitpunkt in diesem Voxel tendenziell hoch waren.

Wir schreiben auch das mittlere Signal zu jedem Zeitpunkt und die mittlere quadratische Differenz dazwischen
jedes Zeitfenster als Variablen in einer „npz“-Datei mit dem Namen „tsdiff_.npz “

Die Dateinamen für die Ausgaben haben die Form /
Wo ist der durch die angegebene Pfad --out-path Option oder den Pfad der Eingabe
Dateiname; ist eines der oben genannten Standardpräfixe und wird durch angegeben
--out-label, oder durch den Dateinamen des Eingabebildes (ohne Pfad und Erweiterung) und
ist „.png“ für Grafiken oder die Erweiterung des Eingabedateinamens für Volume
Bilder. Wenn Sie beispielsweise nur den Eingabedateinamen „/some/path/fname.img“ angeben, wird dies der Fall sein
Generieren Sie Dateinamen der Form „/some/path/tsdiff_fname.png“,
/some/path/dv2_max_fname.img`` usw.

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