Dies ist der Befehl proteinortho5, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
proteinortho5 – Orthologie-Erkennungstool
ZUSAMMENFASSUNG
Proteinortho5 [OPTIONAL] SCHNELL1 SCHNELL2 [SCHNELL...]
BESCHREIBUNG
Proteinortho ist ein eigenständiges Tool, das auf große Datensätze ausgerichtet ist und diese nutzt
verteilte Rechentechniken, wenn sie auf Multi-Core-Hardware ausgeführt werden. Es implementiert eine
erweiterte Version der reziproken Best-Alignment-Heuristik. Proteinortho wurde angewendet
Berechnen Sie orthologe Proteine im vollständigen Satz aller 717 verfügbaren eubakteriellen Genome
am NCBI Anfang 2009. Den Autoren gelang es, dreißig darin vorhandene Proteine zu identifizieren
99 % aller bakteriellen Proteome.
OPTIONAL
-e= E-Wert für Explosion [Standard: 1e-05]
-p= Blast-Programm {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [Standard: Blastp+]
-Projekt=
Präfix für alle Ergebnisdateinamen [Standard: myproject]
-Syntenie
Aktivieren Sie die PoFF-Erweiterung, um ähnliche Sequenzen durch kontextbezogene Nachbarschaften zu trennen
(erfordert .gff für jede .fasta)
-dups= PoFF: Anzahl der Wiederholungen für die Adjazenzheuristik, um Duplikate zu ermitteln
Regionen (Standard: 0)
-cs= PoFF: Größe eines Maximum Common Substring (MCS) für Adjazenzübereinstimmungen (Standard: 3)
-alpha=
PoFF: Gewichtung von Adjazenzen vs. Sequenzähnlichkeit (Standard: 0.5)
-absteigend Beschreibungsdateien schreiben (nur für NCBI FASTA-Eingabe)
-halten Speichert temporäre Sprengergebnisse zur Wiederverwendung
-Macht erzwingt in jedem Fall eine Neuberechnung der Explosionsergebnisse
-cpus= Anzahl der zu verwendenden Prozessoren [Standard: Auto]
-Selbstexplosion
Selfblast anwenden, erkennt Paraloge ohne Orthologe
-Einzel
Melden Sie Singleton-Gene ohne Treffer
-identität=
Mindest. Prozentuale Identität der besten Explosionstreffer [Standard: 25]
-cov= Mindest. Abdeckung der besten Explosionsausrichtungen in % [Standard: 50]
-conn= Mindest. algebraische Konnektivität [Standard: 0.1]
-sim= Mindest. Ähnlichkeit für zusätzliche Treffer (0..1) [Standard: 0.95]
-step= 1 -> Indizes generieren 2 -> Blast ausführen (und ff-adj, falls -Syntenie gesetzt ist) 3 ->
Clustering 0 -> alle (Standard)
-blastpath=
Pfad zu Ihrem lokalen Blast (falls nicht global installiert)
-verbose
hält Sie über den Fortschritt auf dem Laufenden
-reinigen Entfernen Sie nach der Verarbeitung alle unnötigen Dateien
-Graph Generieren von .graph-Dateien (paarweise Orthologiebeziehungen)
-debuggen Bietet detaillierte Informationen zur Fehlerverfolgung
Spezifischere Strahlparameter können durch definiert werden
-blastParameters='[Parameter]' (z. B -blastParameters='-seg no')
Falls Aufträge auf mehrere Maschinen verteilt werden sollen, verwenden Sie
-startat= Dateinummer zu Beginn (Standard: 0)
-stopat= Dateinummer, mit der enden soll (Standard: -1)
Nutzen Sie proteinortho5 online über die Dienste von onworks.net