Dies ist der Befehl tigr-extract, der im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online-Emulator oder MAC OS Online-Emulator ausgeführt werden kann.
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
tigr-glimmer – Feine Start-/Stopppositionen von Genen in der Genomsequenz
ZUSAMMENFASSUNG
Tigr-Extrakt [Genom-Datei Optionen]
BESCHREIBUNG
Der Programmauszug verwendet eine Sequenzdatei im FASTA-Format und eine Datei mit einer Liste von Start-/Stopp-
Positionen in dieser Datei (z. B. wie sie vom Programm long-orfs erzeugt werden) und extrahiert und
gibt die angegebenen Sequenzen aus.
Das erste Kommandozeilenargument ist der Name der Sequenzdatei, die im FASTA-Format vorliegen muss.
Format.
Das zweite Kommandozeilenargument ist der Name der Koordinatendatei. Es muss einen
Liste der Positionspaare in der ersten Datei, eines pro Zeile. Das Format jedes Eintrags ist:
>
Diese Datei sollte keine weiteren Informationen enthalten. Wenn Sie also die Ausgabe von Glimmer verwenden,
oder long-orfs müssen Sie die Kopfzeilen abschneiden.
Die Ausgabe des Programms erfolgt auf der Standardausgabe und besteht aus einer Zeile für jede Zeile in
die Koordinatendatei. Jede Zeile enthält den IDstring , gefolgt von Leerzeichen, gefolgt
durch den Teilstring der Sequenzdatei, der durch das Koordinatenpaar angegeben wird. Insbesondere die
Teilzeichenfolge beginnt an der ersten Position des Paares und endet an der zweiten Position
(einschließlich). Wenn die erste Position größer ist als die zweite, dann ist die DNA-Reverse
Komplement jeder Position wird generiert. Start/Stop-Paare, die das Ende von
des Genoms sind erlaubt.
OPTIONAL
-überspringen bewirkt, dass die Ausgabe die ersten 3 Zeichen jeder Sequenz auslässt, d. h., sie überspringt
über das Startcodon. Dies war das Verhalten der vorherigen Version des
-l lässt die Ausgabe eine Sequenz aus, die kürzer als n Zeichen ist. n beinhaltet die
3 übersprungene Zeichen, wenn der Schalter -skip auf Eins steht.
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