This is the Linux app named clusterProfiler whose latest release can be downloaded as clusterProfilersourcecode.tar.gz. It can be run online in the free hosting provider OnWorks for workstations.
Laden Sie diese App namens clusterProfiler mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS:
clusterProfiler
BESCHREIBUNG:
clusterProfiler ist ein R/Bioconductor-Paket, das einen einheitlichen Workflow für die funktionale Anreicherungsanalyse zur Interpretation von Hochdurchsatz-Omics-Ergebnissen bietet. Es unterstützt sowohl die Überrepräsentationsanalyse als auch die Genset-Anreicherungsanalyse und ermöglicht Ihnen die Arbeit mit ungeordneten Genlisten oder geordneten Statistiken aus differenziellen Pipelines. Das Paket verbindet sich über eine konsistente Schnittstelle mit mehreren Wissensdatenbanken – wie Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH und anderen –, sodass Sie verschiedene biologische Linsen abfragen können, ohne Code neu schreiben zu müssen. Es ist auf Breite ausgelegt und deckt kodierende und nicht-kodierende Merkmale sowie Tausende von Organismen ab, indem es kontinuierlich aktualisierte Anmerkungen nutzt. Die Ergebnisse werden in übersichtlichen, manipulierbaren Strukturen zurückgegeben und lassen sich auf natürliche Weise mit umfangreichen Visualisierungsfunktionen (über Begleittools) kombinieren, um Pfade, Begriffe und Gen-Set-Beziehungen zusammenzufassen.
Eigenschaften
- Einheitliche ORA- und GSEA-Workflows über mehrere Anmerkungsquellen hinweg
- Breite Artenunterstützung durch aktuelle Genannotationen
- Ordentliche Ausgaben, die sich nahtlos in nachgelagerte R-Datenpipelines integrieren lassen
- Integrierte Visualisierung der Anreicherungsergebnisse durch begleitende Plot-Tools
- Dienstprogramme für den Vergleich mehrerer Gruppen (z. B. compareCluster) für die bedingungsübergreifende Analyse
- Detaillierte Vignetten und Handbücher für reproduzierbare, durchgängige Anreicherungsstudien
Programmiersprache
R
Kategorien
Diese Anwendung kann auch von https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/ heruntergeladen werden. Sie wurde in OnWorks gehostet, um sie auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme aus ausführen zu können.