Dies ist die Linux-App namens PTESFinder, deren neueste Version als ptesfinder_v1.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens PTESFinder mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
PTESFinder
BESCHREIBUNG:
PTESFinder ist eine rechnerische Pipeline zur Identifizierung posttranskriptioneller Exon-Shuffling-Ereignisse aus Hochdurchsatz-RNAseq-Daten. PTESFinder nutzt die Leistungsfähigkeit etablierter RNASeq-Tools und schließt systematisch alle bekannten Klassen falsch-positiver Strukturen aus, indem es strenge Filter anwendet, die gezielt auf diese falsch-positiven Strukturen abzielen. PTESFinder vergleicht die Ausrichtungsqualitäten von Reads, die auf mutmaßliche PTES-Strukturen abgebildet werden, mit den Qualitäten derselben Reads, wenn sie auf genomische Regionen und kanonisch gespleißte Transkripte abgebildet werden. Dieser Ansatz erhöht das Vertrauen in PTES, das Lesevorgänge unterstützt. Lesevorgänge, die von Template-Switching-Ereignissen ausgehen, zeichnen sich häufig durch große Indels aus, wenn sie am Transkriptom ausgerichtet sind. PTESFinder verwendet zusätzliche Filter, um Lesevorgänge mit mehrdeutigen Ausrichtungen rund um PTES-Exon-Exon-Übergänge auszuschließen, wodurch das Vertrauen in diese unterstützenden Lesevorgänge weiter erhöht wird. PTESFinder identifiziert mehr PTES-Strukturen als andere veröffentlichte Methoden und behält dabei gleichzeitig eine hohe Spezifität bei.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Unix-Shell, Java
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.